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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7top | |||||||||||||||
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タイトル | Yeast 80S ribosome bound with the ALS/FTD-associated dipeptide repeat protein PR20 | |||||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / Ribosomal binding peptide / ALS/FTD-associated dipeptide repeat protein | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / protein-RNA complex assembly / 90S preribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / macroautophagy / ribosomal large subunit assembly / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||||||||
![]() | Loveland, A.B. / Svidritskiy, E. / Susorov, D. / Lee, S. / Park, A. / Zvornicanin, S. / Demo, G. / Gao, F.B. / Korostelev, A.A. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Ribosome inhibition by C9ORF72-ALS/FTD-associated poly-PR and poly-GR proteins revealed by cryo-EM. 著者: Anna B Loveland / Egor Svidritskiy / Denis Susorov / Soojin Lee / Alexander Park / Sarah Zvornicanin / Gabriel Demo / Fen-Biao Gao / Andrei A Korostelev / ![]() ![]() 要旨: Toxic dipeptide-repeat (DPR) proteins are produced from expanded GC repeats in the C9ORF72 gene, the most common genetic cause of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal dementia (FTD). ...Toxic dipeptide-repeat (DPR) proteins are produced from expanded GC repeats in the C9ORF72 gene, the most common genetic cause of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal dementia (FTD). Two DPR proteins, poly-PR and poly-GR, repress cellular translation but the molecular mechanism remains unknown. Here we show that poly-PR and poly-GR of ≥20 repeats inhibit the ribosome's peptidyl-transferase activity at nanomolar concentrations, comparable to specific translation inhibitors. High-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) reveals that poly-PR and poly-GR block the polypeptide tunnel of the ribosome, extending into the peptidyl-transferase center (PTC). Consistent with these findings, the macrolide erythromycin, which binds in the tunnel, competes with poly-PR and restores peptidyl-transferase activity. Our results demonstrate that strong and specific binding of poly-PR and poly-GR in the ribosomal tunnel blocks translation, revealing the structural basis of their toxicity in C9ORF72-ALS/FTD. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 189.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 336.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26034MC ![]() 7tooC ![]() 7toqC ![]() 7torC ![]() 7tosC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 4種, 4分子 A25SA58SA5SAPTN
#1: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#47: RNA鎖 | 分子量: 24802.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+60S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 AL02AL06AL07AL08AL09AL13AL14AL15AL16AL17AL18AL19AL20AL21AL22AL23AL25AL26AL27AL28AL30AL31AL33AL34AL35AL36AL37AL39AL41AL42AL43
-タンパク質 , 12種, 12分子 AL03AL04AL05AL10AL11AL12AL24AL29AL32AL38AL40ALP0
#5: タンパク質 | 分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#6: タンパク質 | 分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 33764.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 25410.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 19755.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 13209.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#26: タンパク質 | 分子量: 17661.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#31: タンパク質 | 分子量: 6691.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#34: タンパク質 | 分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#40: タンパク質 | 分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#42: タンパク質 | 分子量: 14583.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#46: タンパク質 | 分子量: 23773.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 5分子 PR![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#48: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5104.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#49: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Yeast 80S ribosome bound with the ALS/FTD-associated dipeptide repeat protein PR20 タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#48 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 3.5 MDa / 実験値: NO |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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3次元再構成 | 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 203089 / 対称性のタイプ: POINT |