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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tmr | ||||||
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タイトル | V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 1 | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / V-ATPase | ||||||
機能・相同性 | ![]() cell wall mannoprotein biosynthetic process / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / cellular response to alkaline pH / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification ...cell wall mannoprotein biosynthetic process / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / cellular response to alkaline pH / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / P-type proton-exporting transporter activity / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / vacuolar transport / vacuole organization / protein targeting to vacuole / proton-transporting V-type ATPase complex / fungal-type vacuole / cellular hyperosmotic response / fungal-type vacuole membrane / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / vacuolar acidification / proton transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / endomembrane system / ATP metabolic process / H+-transporting two-sector ATPase / proton transmembrane transport / Neutrophil degranulation / RNA endonuclease activity / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / cell periphery / transmembrane transport / endocytosis / ATPase binding / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / early endosome / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
![]() | Vasanthakumar, T. / Keon, K.A. / Bueler, S.A. / Jaskolka, M.C. / Rubinstein, J.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Coordinated conformational changes in the V complex during V-ATPase reversible dissociation. 著者: Thamiya Vasanthakumar / Kristine A Keon / Stephanie A Bueler / Michael C Jaskolka / John L Rubinstein / ![]() ![]() 要旨: Vacuolar-type ATPases (V-ATPases) are rotary enzymes that acidify intracellular compartments in eukaryotic cells. These multi-subunit complexes consist of a cytoplasmic V region that hydrolyzes ATP ...Vacuolar-type ATPases (V-ATPases) are rotary enzymes that acidify intracellular compartments in eukaryotic cells. These multi-subunit complexes consist of a cytoplasmic V region that hydrolyzes ATP and a membrane-embedded V region that transports protons. V-ATPase activity is regulated by reversible dissociation of the two regions, with the isolated V and V complexes becoming autoinhibited on disassembly and subunit C subsequently detaching from V. In yeast, assembly of the V and V regions is mediated by the regulator of the ATPase of vacuoles and endosomes (RAVE) complex through an unknown mechanism. We used cryogenic-electron microscopy of yeast V-ATPase to determine structures of the intact enzyme, the dissociated but complete V complex and the V complex lacking subunit C. On separation, V undergoes a dramatic conformational rearrangement, with its rotational state becoming incompatible for reassembly with V. Loss of subunit C allows V to match the rotational state of V, suggesting how RAVE could reassemble V and V by recruiting subunit C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 166 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 276.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26000MC ![]() 7tmmC ![]() 7tmoC ![]() 7tmpC ![]() 7tmqC ![]() 7tmsC ![]() 7tmtC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 ACEBDFbf
#1: タンパク質 | 分子量: 67796.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 57815.023 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #10: タンパク質 | | 分子量: 29694.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #14: タンパク質 | | 分子量: 9369.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-V-type proton ATPase subunit ... , 12種, 23分子 GIKHJLMNOPacdeghijklmno
#3: タンパク質 | 分子量: 26508.393 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 12738.706 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | | 分子量: 29235.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | | 分子量: 13479.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | | 分子量: 44241.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #8: タンパク質 | | 分子量: 54482.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #9: タンパク質 | | 分子量: 95625.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #11: タンパク質 | | 分子量: 22610.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #12: タンパク質 | | 分子量: 39822.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #13: タンパク質 | | 分子量: 8387.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #15: タンパク質 | 分子量: 16357.501 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #16: タンパク質 | | 分子量: 17046.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 1種, 1分子 ![](data/chem/img/ADP.gif)
#17: 化合物 | ChemComp-ADP / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: V-ATPase, State 1 / タイプ: COMPLEX / 詳細: Intact V-ATPase in State 1 from yeast V-ATPase / Entity ID: #1-#16 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.99 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 43 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104106 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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