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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tjj | ||||||||||||
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タイトル | S. cerevisiae ORC bound to 84 bp ARS1 DNA and Cdc6 (state 1) with docked Orc6 N-terminal domain | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | REPLICATION/DNA / initiator / helicase loader / AAA+ ATPase / REPLICATION-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MCM complex loading / CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / nuclear origin of replication recognition complex / Activation of the pre-replicative complex / nucleosome organization / nuclear pre-replicative complex ...MCM complex loading / CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / nuclear origin of replication recognition complex / Activation of the pre-replicative complex / nucleosome organization / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / silent mating-type cassette heterochromatin formation / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Orc1 removal from chromatin / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / nucleosome binding / subtelomeric heterochromatin formation / DNA replication initiation / G1/S transition of mitotic cell cycle / chromosome / chromosome, telomeric region / cell division / GTPase activity / chromatin binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Schmidt, J.M. / Yang, R. / Kumar, A. / Hunker, O. / Bleichert, F. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: A mechanism of origin licensing control through autoinhibition of S. cerevisiae ORC·DNA·Cdc6. 著者: Jan Marten Schmidt / Ran Yang / Ashish Kumar / Olivia Hunker / Jan Seebacher / Franziska Bleichert / 要旨: The coordinated action of multiple replicative helicase loading factors is needed for the licensing of replication origins prior to DNA replication. Binding of the Origin Recognition Complex (ORC) to ...The coordinated action of multiple replicative helicase loading factors is needed for the licensing of replication origins prior to DNA replication. Binding of the Origin Recognition Complex (ORC) to DNA initiates the ATP-dependent recruitment of Cdc6, Cdt1 and Mcm2-7 loading, but the structural details for timely ATPase site regulation and for how loading can be impeded by inhibitory signals, such as cyclin-dependent kinase phosphorylation, are unknown. Using cryo-electron microscopy, we have determined several structures of S. cerevisiae ORC·DNA·Cdc6 intermediates at 2.5-2.7 Å resolution. These structures reveal distinct ring conformations of the initiator·co-loader assembly and inactive ATPase site configurations for ORC and Cdc6. The Orc6 N-terminal domain laterally engages the ORC·Cdc6 ring in a manner that is incompatible with productive Mcm2-7 docking, while deletion of this Orc6 region alleviates the CDK-mediated inhibition of Mcm7 recruitment. Our findings support a model in which Orc6 promotes the assembly of an autoinhibited ORC·DNA·Cdc6 intermediate to block origin licensing in response to CDK phosphorylation and to avert DNA re-replication. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tjj.cif.gz | 589 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tjj.ent.gz | 452.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tjj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7tjj_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7tjj_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7tjj_validation.xml.gz | 84 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7tjj_validation.cif.gz | 129.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/7tjj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/7tjj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 25927MC 7tjfC 7tjhC 7tjiC 7tjkC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Origin recognition complex subunit ... , 6種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 104818.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: ORC1, YML065W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P54784 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 71342.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: ORC2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P32833 |
#3: タンパク質 | 分子量: 72161.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: ORC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P54790 |
#4: タンパク質 | 分子量: 61044.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: ORC4, YPR162C, P9325.5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P54791 |
#5: タンパク質 | 分子量: 55347.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: ORC5, YNL261W, N0834 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P50874 |
#6: タンパク質 | 分子量: 50369.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: ORC6, AAP1, YHR118C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P38826 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 GH
#7: DNA鎖 | 分子量: 25820.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039022860 |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 25977.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039022860 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 I
#9: タンパク質 | 分子量: 58384.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: CDC6, YJL194W, J0347 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P09119 |
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-非ポリマー , 3種, 168分子
#10: 化合物 | ChemComp-ATP / #11: 化合物 | ChemComp-MG / #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ORC in complex with ARS1 DNA and Cdc6 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 6.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 88859 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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