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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tik | |||||||||
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タイトル | Structure of the SARS-CoV-2 Omicron spike post-fusion bundle | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Omicron / postfusion bundle | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion ...oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Nostoc punctiforme PCC 73102 (バクテリア) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang, K. / Brunger, A.T. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Structure-based design of a SARS-CoV-2 Omicron-specific inhibitor. 著者: Kailu Yang / Chuchu Wang / Alex J B Kreutzberger / K Ian White / Richard A Pfuetzner / Luis Esquivies / Tomas Kirchhausen / Axel T Brunger / 要旨: The Omicron variant of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) introduced a relatively large number of mutations, including three mutations in the highly conserved heptad repeat ...The Omicron variant of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) introduced a relatively large number of mutations, including three mutations in the highly conserved heptad repeat 1 (HR1) region of the spike glycoprotein (S) critical for its membrane fusion activity. We show that one of these mutations, N969K induces a substantial displacement in the structure of the heptad repeat 2 (HR2) backbone in the HR1HR2 postfusion bundle. Due to this mutation, fusion-entry peptide inhibitors based on the Wuhan strain sequence are less efficacious. Here, we report an Omicron-specific peptide inhibitor designed based on the structure of the Omicron HR1HR2 postfusion bundle. Specifically, we inserted an additional residue in HR2 near the Omicron HR1 K969 residue to better accommodate the N969K mutation and relieve the distortion in the structure of the HR1HR2 postfusion bundle it introduced. The designed inhibitor recovers the loss of inhibition activity of the original longHR2_42 peptide with the Wuhan strain sequence against the Omicron variant in both a cell-cell fusion assay and a vesicular stomatitis virus (VSV)-SARS-CoV-2 chimera infection assay, suggesting that a similar approach could be used to combat future variants. From a mechanistic perspective, our work suggests the interactions in the extended region of HR2 may mediate the initial landing of HR2 onto HR1 during the transition of the S protein from the prehairpin intermediate to the postfusion state. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tik.cif.gz | 80.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tik.ent.gz | 57 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tik.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7tik_validation.pdf.gz | 637.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7tik_full_validation.pdf.gz | 643.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7tik_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7tik_validation.cif.gz | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/7tik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/7tik | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 25912MC 8fa1C 8fa2C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28818.164 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme PCC 73102 (バクテリア), (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 株: ATCC 29133 / PCC 73102 / 遺伝子: Npun_R5799 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2J981, UniProt: A0A7U1MAX9 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4935.439 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: scaffolded HR1HR2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 51.7 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 546372 / 対称性のタイプ: POINT |