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- PDB-7tfj: Atomic model of S. cerevisiae clamp-clamp loader complex PCNA-RFC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tfj
タイトルAtomic model of S. cerevisiae clamp-clamp loader complex PCNA-RFC bound to DNA with a closed clamp ring
要素
  • (Replication factor C subunit ...) x 5
  • Primer strand
  • Proliferating cell nuclear antigen
  • Template strand
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA replication / DNA damage repair / RFC loader / PCNA clamp / DNA polymerase processivity factor / DNA binding protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA clamp unloader activity / DNA clamp unloading / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Ctf18 RFC-like complex / Rad17 RFC-like complex / DNA replication factor C complex ...DNA clamp unloader activity / DNA clamp unloading / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Ctf18 RFC-like complex / Rad17 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Polymerase switching / SUMOylation of DNA replication proteins / positive regulation of DNA metabolic process / maintenance of DNA trinucleotide repeats / DNA clamp loader activity / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / DNA replication checkpoint signaling / PCNA complex / Activation of ATR in response to replication stress / Termination of translesion DNA synthesis / lagging strand elongation / postreplication repair / sister chromatid cohesion / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / mismatch repair / translesion synthesis / positive regulation of DNA repair / positive regulation of DNA replication / replication fork / DNA damage checkpoint signaling / nucleotide-excision repair / DNA-templated DNA replication / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / cell division / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Replication factor C subunit 1 / DNA replication factor RFC1, C-terminal / Replication factor RFC1 C terminal domain / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site ...Replication factor C subunit 1 / DNA replication factor RFC1, C-terminal / Replication factor RFC1 C terminal domain / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / Proliferating cell nuclear antigen / Replication factor C subunit 5 / Replication factor C subunit 3 / Replication factor C subunit 1 / Replication factor C subunit 4 / Replication factor C subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zheng, F. / Georgescu, R. / Yao, Y.N. / O'Donnell, M.E. / Li, H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131754 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115809 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures reveal that RFC recognizes both the 3'- and 5'-DNA ends to load PCNA onto gaps for DNA repair.
著者: Fengwei Zheng / Roxana Georgescu / Nina Y Yao / Huilin Li / Michael E O'Donnell /
要旨: RFC uses ATP to assemble PCNA onto primed sites for replicative DNA polymerases δ and ε. The RFC pentamer forms a central chamber that binds 3' ss/ds DNA junctions to load PCNA onto DNA during ...RFC uses ATP to assemble PCNA onto primed sites for replicative DNA polymerases δ and ε. The RFC pentamer forms a central chamber that binds 3' ss/ds DNA junctions to load PCNA onto DNA during replication. We show here five structures that identify a second DNA binding site in RFC that binds a 5' duplex. This 5' DNA site is located between the N-terminal BRCT domain and AAA+ module of the large Rfc1 subunit. Our structures reveal ideal binding to a 7-nt gap, which includes 2 bp unwound by the clamp loader. Biochemical studies show enhanced binding to 5 and 10 nt gaps, consistent with the structural results. Because both 3' and 5' ends are present at a ssDNA gap, we propose that the 5' site facilitates RFC's PCNA loading activity at a DNA damage-induced gap to recruit gap-filling polymerases. These findings are consistent with genetic studies showing that base excision repair of gaps greater than 1 base requires PCNA and involves the 5' DNA binding domain of Rfc1. We further observe that a 5' end facilitates PCNA loading at an RPA coated 30-nt gap, suggesting a potential role of the RFC 5'-DNA site in lagging strand DNA synthesis.
履歴
登録2022年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replication factor C subunit 1
B: Replication factor C subunit 4
C: Replication factor C subunit 3
D: Replication factor C subunit 2
E: Replication factor C subunit 5
F: Proliferating cell nuclear antigen
G: Proliferating cell nuclear antigen
H: Proliferating cell nuclear antigen
I: Template strand
J: Primer strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)358,41119
ポリマ－355,79310
非ポリマー2,6179
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Replication factor C subunit ... , 5種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 Replication factor C subunit 1 / Replication factor C1 / Activator 1 95 kDa subunit / Cell division control protein 44


分子量: 95048.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RFC1, CDC44, YOR217W, YOR50-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38630
#2: タンパク質 Replication factor C subunit 4 / Replication factor C4 / Activator 1 37 kDa subunit


分子量: 36201.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RFC4, YOL094C, O0923 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40339
#3: タンパク質 Replication factor C subunit 3 / Replication factor C3 / Activator 1 40 kDa subunit


分子量: 38254.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RFC3, YNL290W, N0533 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38629
#4: タンパク質 Replication factor C subunit 2 / Replication factor C2 / Activator 1 41 kDa subunit


分子量: 39794.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RFC2, YJR068W, J1808 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40348
#5: タンパク質 Replication factor C subunit 5 / Replication factor C5 / Activator 1 40 kDa subunit


分子量: 39993.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RFC5, YBR087W, YBR0810 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38251

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タンパク質 , 1種, 3分子 FGH

#6: タンパク質 Proliferating cell nuclear antigen / PCNA


分子量: 29383.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: POL30, YBR088C, YBR0811 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15873

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DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#7: DNA鎖 Template strand


分子量: 12214.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#8: DNA鎖 Primer strand


分子量: 6136.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 9分子

#9: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#10: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1RFC-PCNA-DNA1COMPLEX#1-#80MULTIPLE SOURCES
2dsDNACOMPLEX#7-#81NATURALsynthetic DNA
3ProteinsCOMPLEX#1-#61RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12synthetic construct (人工物)32630
23Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm
撮影電子線照射量: 65 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 166348 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00321036
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.59828619
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.143118
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0413331
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053485

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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