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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tcn | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of CH235.12 in complex with HIV-1 Env trimer CH505TF.N279K.SOSIP.664 with high-mannose glycans | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / HIV-1 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / CH235.12 / IMMUNE SYSTEM / complex glycans / CH505TF / SOSIP | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||
![]() | Manne, K. / Henderson, R. / Acharya, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of CH235.12 in complex with HIV-1 Env trimer CH505TF.N279K.G458Y.SOSIP.664 著者: Manne, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 532.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 437 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 76.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 116.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 25814MC ![]() 7t9tC ![]() 7tcoC ![]() 25766 ![]() 7t9s C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 AEIBFJ
#1: タンパク質 | 分子量: 54456.352 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: env / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 18146.699 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: env / 発現宿主: ![]() |
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-抗体 , 2種, 6分子 CGKDHL
#3: 抗体 | 分子量: 24319.373 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #4: 抗体 | 分子量: 23450.996 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-糖 , 5種, 27分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/MAN.gif)
![](data/chem/img/MAN.gif)
#5: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 多糖 | #7: 多糖 | #8: 糖 | ChemComp-NAG / #9: 糖 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Trimeric HIV-1 Env in complex with CH235.12 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2-#4 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 詳細: BLOT FOR 2.5 S BEFORE PLUNGING |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 93.15 K / 最低温度: 93.15 K |
撮影 | 電子線照射量: 66.71 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53398 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 最高解像度: 4.1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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