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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t5p | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human SIMC1-SLF2 complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN / Nse5 / Nse6 / SMC5 / SMC6 / SIMC1 / SLF2 / C5orf25 / viral restriction | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SUMO polymer binding / positive regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / negative regulation of peptidase activity / Smc5-Smc6 complex / peptidase inhibitor activity / protein localization to site of double-strand break / positive regulation of double-strand break repair / regulation of telomere maintenance / protein sumoylation / sarcomere ...SUMO polymer binding / positive regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / negative regulation of peptidase activity / Smc5-Smc6 complex / peptidase inhibitor activity / protein localization to site of double-strand break / positive regulation of double-strand break repair / regulation of telomere maintenance / protein sumoylation / sarcomere / double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of protein-containing complex assembly / site of double-strand break / chromosome, telomeric region / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / protein-containing complex binding / chromatin / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Maeda, S. / Oravcova, M. / Boddy, M.N. / Otomo, T. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2022 タイトル: The Nse5/6-like SIMC1-SLF2 complex localizes SMC5/6 to viral replication centers. 著者: Martina Oravcová / Minghua Nie / Nicola Zilio / Shintaro Maeda / Yasaman Jami-Alahmadi / Eros Lazzerini-Denchi / James A Wohlschlegel / Helle D Ulrich / Takanori Otomo / Michael N Boddy / 要旨: The human SMC5/6 complex is a conserved guardian of genome stability and an emerging component of antiviral responses. These disparate functions likely require distinct mechanisms of SMC5/6 ...The human SMC5/6 complex is a conserved guardian of genome stability and an emerging component of antiviral responses. These disparate functions likely require distinct mechanisms of SMC5/6 regulation. In yeast, Smc5/6 is regulated by its Nse5/6 subunits, but such regulatory subunits for human SMC5/6 are poorly defined. Here, we identify a novel SMC5/6 subunit called SIMC1 that contains SUMO interacting motifs (SIMs) and an Nse5-like domain. We isolated SIMC1 from the proteomic environment of SMC5/6 within polyomavirus large T antigen (LT)-induced subnuclear compartments. SIMC1 uses its SIMs and Nse5-like domain to localize SMC5/6 to polyomavirus replication centers (PyVRCs) at SUMO-rich PML nuclear bodies. SIMC1's Nse5-like domain binds to the putative Nse6 orthologue SLF2 to form an anti-parallel helical dimer resembling the yeast Nse5/6 structure. SIMC1-SLF2 structure-based mutagenesis defines a conserved surface region containing the N-terminus of SIMC1's helical domain that regulates SMC5/6 localization to PyVRCs. Furthermore, SLF1, which recruits SMC5/6 to DNA lesions via its BRCT and ARD motifs, binds SLF2 analogously to SIMC1 and forms a separate Nse5/6-like complex. Thus, two Nse5/6-like complexes with distinct recruitment domains control human SMC5/6 localization. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t5p.cif.gz | 295.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7t5p.ent.gz | 235.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t5p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7t5p_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7t5p_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7t5p_validation.xml.gz | 35.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7t5p_validation.cif.gz | 53.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/7t5p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/7t5p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 25706MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67021.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIMC1, C5orf25, PLEIAD 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8NDZ2 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 61867.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLF2, C10orf6, FAM178A 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8IX21 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human SIMC1-SLF2 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 88 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 73000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 66 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39826 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL |