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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t4f | ||||||
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タイトル | Structure of bacteriophage lambda tube protein V in C3 | ||||||
要素 | Tail tube protein | ||||||
キーワード | VIRUS / Phage / Lambda / Siphoviridae / Tail / Tube | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / viral tail assembly / host cell cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia virus Lambda (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Prokhorov, N.S. / Yang, Q. / Catalano, C.E. / Morais, M.C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of bacteriophage lambda tube protein V in C6 著者: Prokhorov, N.S. / Yang, Q. / Catalano, C.E. / Morais, M.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t4f.cif.gz | 178.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7t4f.ent.gz | 142.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t4f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7t4f_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7t4f_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7t4f_validation.xml.gz | 39.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7t4f_validation.cif.gz | 58.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/7t4f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/7t4f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 25675MC 7t2eC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25700.582 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia virus Lambda (ウイルス) 遺伝子: V, lambdap13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03733 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Escherichia virus Lambda / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia virus Lambda (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 35.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 3 SIGMA CUT-OFF / 粒子像の数: 653608 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |