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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7srq | ||||||
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タイトル | 5-HT2B receptor bound to LSD obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM) | ||||||
要素 | 5-hydroxytryptamine receptor 2B | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / 5-HT2B receptor / serotonin receptor / GPCR / Lysergic acid diethylamide / LSD / cryoEM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intestine smooth muscle contraction / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor complex / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / protein kinase C signaling / regulation of behavior / Serotonin receptors / serotonin receptor signaling pathway ...intestine smooth muscle contraction / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor complex / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / protein kinase C signaling / regulation of behavior / Serotonin receptors / serotonin receptor signaling pathway / embryonic morphogenesis / cellular response to temperature stimulus / serotonin binding / G protein-coupled receptor internalization / vasoconstriction / : / G protein-coupled serotonin receptor activity / cardiac muscle hypertrophy / neural crest cell differentiation / neural crest cell migration / cGMP-mediated signaling / neurotransmitter receptor activity / positive regulation of cell division / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / G-protein alpha-subunit binding / heart morphogenesis / phosphorylation / release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of endothelial cell proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / GTPase activator activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of cytokine production / calcium-mediated signaling / positive regulation of MAP kinase activity / intracellular calcium ion homeostasis / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to xenobiotic stimulus / G protein-coupled receptor signaling pathway / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / synapse / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Barros-Alvarez, X. / Cao, C. / Panova, O. / Roth, B.L. / Skiniotis, G. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Neuron / 年: 2022 タイトル: Signaling snapshots of a serotonin receptor activated by the prototypical psychedelic LSD. 著者: Can Cao / Ximena Barros-Álvarez / Shicheng Zhang / Kuglae Kim / Marc A Dämgen / Ouliana Panova / Carl-Mikael Suomivuori / Jonathan F Fay / Xiaofang Zhong / Brian E Krumm / Ryan H Gumpper / ...著者: Can Cao / Ximena Barros-Álvarez / Shicheng Zhang / Kuglae Kim / Marc A Dämgen / Ouliana Panova / Carl-Mikael Suomivuori / Jonathan F Fay / Xiaofang Zhong / Brian E Krumm / Ryan H Gumpper / Alpay B Seven / Michael J Robertson / Nevan J Krogan / Ruth Hüttenhain / David E Nichols / Ron O Dror / Georgios Skiniotis / Bryan L Roth / 要旨: Serotonin (5-hydroxytryptamine [5-HT]) 5-HT2-family receptors represent essential targets for lysergic acid diethylamide (LSD) and all other psychedelic drugs. Although the primary psychedelic drug ...Serotonin (5-hydroxytryptamine [5-HT]) 5-HT2-family receptors represent essential targets for lysergic acid diethylamide (LSD) and all other psychedelic drugs. Although the primary psychedelic drug effects are mediated by the 5-HT serotonin receptor (HTR2A), the 5-HT serotonin receptor (HTR2B) has been used as a model receptor to study the activation mechanisms of psychedelic drugs due to its high expression and similarity to HTR2A. In this study, we determined the cryo-EM structures of LSD-bound HTR2B in the transducer-free, Gq-protein-coupled, and β-arrestin-1-coupled states. These structures provide distinct signaling snapshots of LSD's action, ranging from the transducer-free, partially active state to the transducer-coupled, fully active states. Insights from this study will both provide comprehensive molecular insights into the signaling mechanisms of the prototypical psychedelic LSD and accelerate the discovery of novel psychedelic drugs. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7srq.cif.gz | 70.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7srq.ent.gz | 49.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7srq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7srq_validation.pdf.gz | 714.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7srq_full_validation.pdf.gz | 715.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7srq_validation.xml.gz | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7srq_validation.cif.gz | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/7srq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/7srq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 25401MC 7srrC 7srsC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35052.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTR2B 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P41595 |
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / |
#3: 化合物 | ChemComp-7LD / ( |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 5-HT2B receptor bound to LSD / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 6.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 55000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1.23 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 8491352 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 665475 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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