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- PDB-7soy: The structure of the PP2A-B56gamma1 holoenzyme-PME-1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7soy
タイトルThe structure of the PP2A-B56gamma1 holoenzyme-PME-1 complex
要素
  • Isoform Gamma-1 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
  • Protein phosphatase methylesterase 1
  • Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
  • Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
キーワードRECOMBINATION / The structure of PP2A-B56gamma holoenzyme-PME-1 complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphatase methylesterase-1 / protein C-terminal methylesterase activity / protein methylesterase activity / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / regulation of microtubule binding / protein serine/threonine phosphatase complex / mitotic sister chromatid separation / MASTL Facilitates Mitotic Progression ...protein phosphatase methylesterase-1 / protein C-terminal methylesterase activity / protein methylesterase activity / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / regulation of microtubule binding / protein serine/threonine phosphatase complex / mitotic sister chromatid separation / MASTL Facilitates Mitotic Progression / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / protein phosphatase type 2A complex / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / peptidyl-serine dephosphorylation / peptidyl-threonine dephosphorylation / FAR/SIN/STRIPAK complex / positive regulation of microtubule binding / protein demethylation / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / female meiotic nuclear division / protein phosphatase regulator activity / protein antigen binding / GABA receptor binding / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / ERKs are inactivated / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / regulation of growth / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / lncRNA binding / protein phosphatase inhibitor activity / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / myosin phosphatase activity / CTLA4 inhibitory signaling / protein serine/threonine phosphatase activity / Platelet sensitization by LDL / protein-serine/threonine phosphatase / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / regulation of cell differentiation / negative regulation of hippo signaling / ERK/MAPK targets / protein phosphatase activator activity / T cell homeostasis / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / mesoderm development / phosphoprotein phosphatase activity / chromosome, centromeric region / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / DARPP-32 events / lateral plasma membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / meiotic cell cycle / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / protein dephosphorylation / AURKA Activation by TPX2 / protein phosphatase 2A binding / protein tyrosine phosphatase activity / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / response to lead ion / RAF activation / regulation of protein phosphorylation / Spry regulation of FGF signaling / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / tau protein binding / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / PKR-mediated signaling / Cyclin D associated events in G1 / G2/M transition of mitotic cell cycle / spindle pole / Regulation of TP53 Degradation / Negative regulation of MAPK pathway / Separation of Sister Chromatids / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / mitotic cell cycle / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein phosphatase binding / protein-containing complex assembly
類似検索 - 分子機能
Protein phosphatase methylesterase, eukaryotic / Protein phosphatase 2A, regulatory B subunit, B56 / Protein phosphatase 2A regulatory B subunit (B56 family) / : / : / HEAT repeat / HEAT repeat / Lipases, serine active site. / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. ...Protein phosphatase methylesterase, eukaryotic / Protein phosphatase 2A, regulatory B subunit, B56 / Protein phosphatase 2A regulatory B subunit (B56 family) / : / : / HEAT repeat / HEAT repeat / Lipases, serine active site. / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Alpha/beta hydrolase family / HEAT repeats / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Armadillo-like helical / Alpha/Beta hydrolase fold / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform / Protein phosphatase methylesterase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Li, Y. / Balakrishnan, V.K. / Rowse, M. / Novikova, I.V. / Xing, Y.
資金援助3件
組織認可番号国
American Cancer SocietyRSG-10-153-01-DMC
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM096060-01
Other privateA19-3376-5007
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Coupling to short linear motifs creates versatile PME-1 activities in PP2A holoenzyme demethylation and inhibition.
著者: Yitong Li / Vijaya Kumar Balakrishnan / Michael Rowse / Cheng-Guo Wu / Anastasia Phoebe Bravos / Vikash K Yadav / Ylva Ivarsson / Stefan Strack / Irina V Novikova / Yongna Xing /
要旨: Protein phosphatase 2A (PP2A) holoenzymes target broad substrates by recognizing short motifs via regulatory subunits. PP2A methylesterase 1 (PME-1) is a cancer-promoting enzyme and undergoes ...Protein phosphatase 2A (PP2A) holoenzymes target broad substrates by recognizing short motifs via regulatory subunits. PP2A methylesterase 1 (PME-1) is a cancer-promoting enzyme and undergoes methylesterase activation upon binding to the PP2A core enzyme. Here, we showed that PME-1 readily demethylates different families of PP2A holoenzymes and blocks substrate recognition in vitro. The high-resolution cryoelectron microscopy structure of a PP2A-B56 holoenzyme-PME-1 complex reveals that PME-1 disordered regions, including a substrate-mimicking motif, tether to the B56 regulatory subunit at remote sites. They occupy the holoenzyme substrate-binding groove and allow large structural shifts in both holoenzyme and PME-1 to enable multipartite contacts at structured cores to activate the methylesterase. B56 interface mutations selectively block PME-1 activity toward PP2A-B56 holoenzymes and affect the methylation of a fraction of total cellular PP2A. The B56 interface mutations allow us to uncover B56-specific PME-1 functions in p53 signaling. Our studies reveal multiple mechanisms of PME-1 in suppressing holoenzyme functions and versatile PME-1 activities derived from coupling substrate-mimicking motifs to dynamic structured cores.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography
著者: Xing, Y.
履歴
登録2021年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
B: Isoform Gamma-1 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
C: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
P: Protein phosphatase methylesterase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,0624
ポリマ－196,0624
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / Medium tumor antigen-associated 61 kDa protein / PP2A subunit A isoform PR65-alpha / PP2A subunit A ...Medium tumor antigen-associated 61 kDa protein / PP2A subunit A isoform PR65-alpha / PP2A subunit A isoform R1-alpha


分子量: 65378.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2R1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30153
#2: タンパク質 Isoform Gamma-1 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform / PP2A B subunit isoform B'-gamma / PP2A B subunit isoform B56-gamma / PP2A B subunit isoform PR61- ...PP2A B subunit isoform B'-gamma / PP2A B subunit isoform B56-gamma / PP2A B subunit isoform PR61-gamma / PP2A B subunit isoform R5-gamma / Renal carcinoma antigen NY-REN-29


分子量: 52695.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2R5C, KIAA0044 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13362
#3: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / PP2A-alpha / Replication protein C / RP-C


分子量: 35636.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2CA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P67775, protein-serine/threonine phosphatase
#4: タンパク質 Protein phosphatase methylesterase 1 / PME-1


分子量: 42352.379 Da / 分子数: 1 / Mutation: S156A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPME1, PME1, PP2593, PRO0750 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y570, protein phosphatase methylesterase-1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The structure of PP2A-B56gamma holoenzyme-PME-1 complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: cryoSPARC / カテゴリ: CTF補正
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 276737 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 243.24 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00312444
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6316875
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.6314633
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431916
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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