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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7som | ||||||
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タイトル | Ciliary C2 central pair apparatus isolated from Chlamydomonas reinhardtii | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / cilia / microtubule | ||||||
機能・相同性 | ![]() axonemal central apparatus / axonemal central pair / axonemal doublet microtubule / positive regulation of cilium-dependent cell motility / sperm axoneme assembly / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / establishment of protein localization to organelle / cilium movement / axoneme assembly / axonemal microtubule ...axonemal central apparatus / axonemal central pair / axonemal doublet microtubule / positive regulation of cilium-dependent cell motility / sperm axoneme assembly / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / establishment of protein localization to organelle / cilium movement / axoneme assembly / axonemal microtubule / motile cilium / microtubule associated complex / regulation of cytoskeleton organization / axoneme / cilium assembly / sperm flagellum / ciliary basal body / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / transcription coactivator activity / hydrolase activity / GTPase activity / calcium ion binding / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / extracellular exosome / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
![]() | Gui, M. / Wang, X. / Dutcher, S.K. / Brown, A. / Zhang, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Ciliary central apparatus structure reveals mechanisms of microtubule patterning. 著者: Miao Gui / Xiangli Wang / Susan K Dutcher / Alan Brown / Rui Zhang / ![]() 要旨: A pair of extensively modified microtubules form the central apparatus (CA) of the axoneme of most motile cilia, where they regulate ciliary motility. The external surfaces of both CA microtubules ...A pair of extensively modified microtubules form the central apparatus (CA) of the axoneme of most motile cilia, where they regulate ciliary motility. The external surfaces of both CA microtubules are patterned asymmetrically with large protein complexes that repeat every 16 or 32 nm. The composition of these projections and the mechanisms that establish asymmetry and longitudinal periodicity are unknown. Here, by determining cryo-EM structures of the CA microtubules, we identify 48 different CA-associated proteins, which in turn reveal mechanisms for asymmetric and periodic protein binding to microtubules. We identify arc-MIPs, a novel class of microtubule inner protein, that bind laterally across protofilaments and remodel tubulin structure and lattice contacts. The binding mechanisms utilized by CA proteins may be generalizable to other microtubule-associated proteins. These structures establish a foundation to elucidate the contributions of individual CA proteins to ciliary motility and ciliopathies. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 13.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 9.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 9.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 25361MC ![]() 7sqcC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 16種, 198分子 AAACAEAGAIAKBABCBEBGBIBKCCCECGCICKDCDEDGDIDKEAECEEEGEIEKFAFC...
#1: タンパク質 | 分子量: 49665.809 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P04690 #2: タンパク質 | 分子量: 49638.008 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P09204 #3: タンパク質 | 分子量: 64880.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A8IU92 #4: タンパク質 | 分子量: 22262.674 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 81430.711 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 57734.598 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 46261.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A2K3DLJ2 #8: タンパク質 | 分子量: 10089.324 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A2K3DKW3 #9: タンパク質 | 分子量: 22193.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A2K3DUG8 #10: タンパク質 | 分子量: 65929.133 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A2K3D8Z6 #11: タンパク質 | 分子量: 10336.616 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P93107 #12: タンパク質 | 分子量: 233221.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A8I439 #13: タンパク質 | 分子量: 111116.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A2K3CQT7 #14: タンパク質 | 分子量: 102141.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A8JB78 #15: タンパク質 | 分子量: 23511.406 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A8HNF2 #17: タンパク質 | 分子量: 6571.091 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A2K3CXB9 |
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-タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 A1A3
#16: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4103.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A2K3DV98 |
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#18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4017.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A8HZB8 |
-非ポリマー , 3種, 222分子 ![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#19: 化合物 | ChemComp-GDP / #20: 化合物 | ChemComp-GTP / #21: 化合物 | ChemComp-MG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: C2 central pair apparatus complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2, #13-#18, #3, #11-#12, #7-#10, #4-#6 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 39.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104806 / 対称性のタイプ: POINT |