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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sd3 | ||||||
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タイトル | Cytoplasmic tail deleted HIV-1 Env bound with three 4E10 Fabs | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV / envelope / spike / fab / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response ...: / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, S. / Walz, T. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Dynamic HIV-1 spike motion creates vulnerability for its membrane-bound tripod to antibody attack. 著者: Shuang Yang / Giorgos Hiotis / Yi Wang / Junjian Chen / Jia-Huai Wang / Mikyung Kim / Ellis L Reinherz / Thomas Walz / 要旨: Vaccines targeting HIV-1's gp160 spike protein are stymied by high viral mutation rates and structural chicanery. gp160's membrane-proximal external region (MPER) is the target of naturally arising ...Vaccines targeting HIV-1's gp160 spike protein are stymied by high viral mutation rates and structural chicanery. gp160's membrane-proximal external region (MPER) is the target of naturally arising broadly neutralizing antibodies (bnAbs), yet MPER-based vaccines fail to generate bnAbs. Here, nanodisc-embedded spike protein was investigated by cryo-electron microscopy and molecular-dynamics simulations, revealing spontaneous ectodomain tilting that creates vulnerability for HIV-1. While each MPER protomer radiates centrally towards the three-fold axis contributing to a membrane-associated tripod structure that is occluded in the upright spike, tilting provides access to the opposing MPER. Structures of spike proteins with bound 4E10 bnAb Fabs reveal that the antibody binds exposed MPER, thereby altering MPER dynamics, modifying average ectodomain tilt, and imposing strain on the viral membrane and the spike's transmembrane segments, resulting in the abrogation of membrane fusion and informing future vaccine development. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7sd3.cif.gz | 552 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7sd3.ent.gz | 465.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7sd3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7sd3_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7sd3_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7sd3_validation.xml.gz | 94.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7sd3_validation.cif.gz | 140.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/7sd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/7sd3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 25045MC 7sc5C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF
#3: タンパク質 | 分子量: 54064.277 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他) 遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A6H1VID3 #4: タンパク質 | 分子量: 19800.559 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他) 遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A173DX29 |
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-抗体 , 2種, 6分子 HNMGKI
#1: 抗体 | 分子量: 23292.705 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 24180.250 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 3種, 45分子
#5: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 多糖 | #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: HIV-1 gp145 bound with three 4E10 Fabs / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.6 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 80 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 362646 / 対称性のタイプ: POINT |