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万見
- PDB-7sc6: tRNA-like Structure from Brome Mosaic Virus Bound to Tyrosyl-tRNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sc6
タイトルtRNA-like Structure from Brome Mosaic Virus Bound to Tyrosyl-tRNA Synthetase from Phaseolus vulgaris. Conformation: Bound State 1.
要素
  • Tyrosine--tRNA ligase
  • tRNA-like structure from brome mosaic virus RNA 3
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / tRNA-synthetase / Viral RNA / 3' UTR / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Phaseolus vulgaris (インゲン)
Brome mosaic virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.51 Å
データ登録者Kieft, J.S. / Bonilla, S.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118070 米国
National Science Foundation (NSF, United States)F32GM139385 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)Hanna H. Gray Fellowship 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: A viral RNA hijacks host machinery using dynamic conformational changes of a tRNA-like structure.
著者: Steve L Bonilla / Madeline E Sherlock / Andrea MacFadden / Jeffrey S Kieft /
要旨: Viruses require multifunctional structured RNAs to hijack their host’s biochemistry, but their mechanisms can be obscured by the difficulty of solving conformationally dynamic RNA structures. Using ...Viruses require multifunctional structured RNAs to hijack their host’s biochemistry, but their mechanisms can be obscured by the difficulty of solving conformationally dynamic RNA structures. Using cryo–electron microscopy (cryo-EM), we visualized the structure of the mysterious viral transfer RNA (tRNA)–like structure (TLS) from the brome mosaic virus, which affects replication, translation, and genome encapsidation. Structures in isolation and those bound to tyrosyl-tRNA synthetase (TyrRS) show that this ~55-kilodalton purported tRNA mimic undergoes large conformational rearrangements to bind TyrRS in a form that differs substantially from that of tRNA. Our study reveals how viral RNAs can use a combination of static and dynamic RNA structures to bind host machinery through highly noncanonical interactions, and we highlight the utility of cryo-EM for visualizing small, conformationally dynamic structured RNAs.
履歴
登録2021年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-25023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine--tRNA ligase
B: Tyrosine--tRNA ligase
C: tRNA-like structure from brome mosaic virus RNA 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,0093
ポリマ－146,0093
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, 2D classes displayed 2 RNAs bound to tyrosyl-synthetase dimer. One of the RNAs was not well defined. Only one RNA structure was modelled.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine--tRNA ligase


分子量: 45482.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phaseolus vulgaris (インゲン) / 遺伝子: PHAVU_002G027700g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V7CJ18, tyrosine-tRNA ligase
#2: RNA鎖 tRNA-like structure from brome mosaic virus RNA 3


分子量: 55044.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Brome mosaic virus (ウイルス) / 参照: GenBank: 556693

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RNA-protein complex: tyrosyl-tRNA synthetase from Phaseolus vulgaris bound to tRNA-like structure from brome mosaic virus RNA 3.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Phaseolus vulgaris (インゲン)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot for 2.5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: cryoSPARC / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 5.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 129643 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0039738
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.58513953
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.2362776
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0341674
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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