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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rzy | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of Vibrio cholerae transposon Tn6677 AAA+ ATPase TnsC | ||||||
要素 | Tn6677 Vibrio cholerae transposon TnsC (VchTnsC) | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / CRISPR / transposon / ATPase / AAA+ / TnsC | ||||||
機能・相同性 | ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Hoffmann, F.T. / Kim, M. / Beh, L.Y. / Wang, J. / Vo, P.L.H. / Gelsinger, D.R. / Acree, C. / Mohabir, J.T. / Fernandez, I.S. / Sternberg, S.H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Selective TnsC recruitment enhances the fidelity of RNA-guided transposition. 著者: Florian T Hoffmann / Minjoo Kim / Leslie Y Beh / Jing Wang / Phuc Leo H Vo / Diego R Gelsinger / Jerrin Thomas George / Christopher Acree / Jason T Mohabir / Israel S Fernández / Samuel H Sternberg / 要旨: Bacterial transposons are pervasive mobile genetic elements that use distinct DNA-binding proteins for horizontal transmission. For example, Escherichia coli Tn7 homes to a specific attachment site ...Bacterial transposons are pervasive mobile genetic elements that use distinct DNA-binding proteins for horizontal transmission. For example, Escherichia coli Tn7 homes to a specific attachment site using TnsD, whereas CRISPR-associated transposons use type I or type V Cas effectors to insert downstream of target sites specified by guide RNAs. Despite this targeting diversity, transposition invariably requires TnsB, a DDE-family transposase that catalyses DNA excision and insertion, and TnsC, a AAA+ ATPase that is thought to communicate between transposase and targeting proteins. How TnsC mediates this communication and thereby regulates transposition fidelity has remained unclear. Here we use chromatin immunoprecipitation with sequencing to monitor in vivo formation of the type I-F RNA-guided transpososome, enabling us to resolve distinct protein recruitment events before integration. DNA targeting by the TniQ-Cascade complex is surprisingly promiscuous-hundreds of genomic off-target sites are sampled, but only a subset of those sites is licensed for TnsC and TnsB recruitment, revealing a crucial proofreading checkpoint. To advance the mechanistic understanding of interactions responsible for transpososome assembly, we determined structures of TnsC using cryogenic electron microscopy and found that ATP binding drives the formation of heptameric rings that thread DNA through the central pore, thereby positioning the substrate for downstream integration. Collectively, our results highlight the molecular specificity imparted by consecutive factor binding to genomic target sites during RNA-guided transposition, and provide a structural roadmap to guide future engineering efforts. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rzy.cif.gz | 419.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rzy.ent.gz | 344.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rzy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rzy_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rzy_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7rzy_validation.xml.gz | 69.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rzy_validation.cif.gz | 99.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/7rzy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/7rzy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 24783MC 7ufiC 7ufmC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37596.043 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 化合物 | ChemComp-ATP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: VchTnsC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.238 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 65000 X / 倍率(補正後): 65000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Calibrated defocus min: 550 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 1900 nm / Cs: 0.001 mm / C2レンズ絞り径: 51 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 80 K / 最低温度: 70 K |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C7 (7回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 109000 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: BACKBONE TRACE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.5→3.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.787 / SU B: 58.051 / SU ML: 0.814 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 78.326 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 17507 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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