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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ryh | ||||||
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タイトル | A. baumannii Ribosome-TP-6076 complex: Empty 70S | ||||||
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![]() | Ribosome/RNA / Antibiotic / Ribosome / tetracycline / Ribosome-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.43 Å | ||||||
![]() | Morgan, C.E. / Yu, E.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: An Analysis of the Novel Fluorocycline TP-6076 Bound to Both the Ribosome and Multidrug Efflux Pump AdeJ from Acinetobacter baumannii. 著者: Christopher E Morgan / Zhemin Zhang / Robert A Bonomo / Edward W Yu / ![]() 要旨: Antibiotic resistance among bacterial pathogens continues to pose a serious global health threat. Multidrug-resistant (MDR) strains of the Gram-negative organism Acinetobacter baumannii utilize a ...Antibiotic resistance among bacterial pathogens continues to pose a serious global health threat. Multidrug-resistant (MDR) strains of the Gram-negative organism Acinetobacter baumannii utilize a number of resistance determinants to evade current antibiotics. One of the major resistance mechanisms employed by these pathogens is the use of multidrug efflux pumps. These pumps extrude xenobiotics directly out of bacterial cells, resulting in treatment failures when common antibiotics are administered. Here, the structure of the novel tetracycline antibiotic TP-6076, bound to both the cinetobacter rug fflux pump AdeJ and the ribosome from Acinetobacter baumannii, using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), is elucidated. In this work, the structure of the AdeJ-TP-6076 complex is solved, and we show that AdeJ utilizes a network of hydrophobic interactions to recognize this fluorocycline. Concomitant with this, we elucidate three structures of TP-6076 bound to the A. baumannii ribosome and determine that its binding is stabilized largely by electrostatic interactions. We then compare the differences in binding modes between TP-6076 and the related tetracycline antibiotic eravacycline in both targets. These differences suggest that modifications to the tetracycline core may be able to alter AdeJ binding while maintaining interactions with the ribosome. Together, this work highlights how different mechanisms are used to stabilize the binding of tetracycline-based compounds to unique bacterial targets and provides guidance for the future clinical development of tetracycline antibiotics. Treatment of antibiotic-resistant organisms such as A. baumannii represents an ongoing issue for modern medicine. The multidrug efflux pump AdeJ serves as a major resistance determinant in A. baumannii through its action of extruding antibiotics from the cell. In this work, we use cryo-EM to show how AdeJ recognizes the experimental tetracycline antibiotic TP-6076 and prevents this drug from interacting with the A. baumannii ribosome. Since AdeJ and the ribosome use different binding modes to stabilize interactions with TP-6076, exploiting these differences may guide future drug development for combating antibiotic-resistant A. baumannii and potentially other strains of MDR bacteria. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 181 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 320.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 0123CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
-RNA鎖 , 3種, 3分子 ABa
#5: RNA鎖 | 分子量: 945315.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 |
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#6: RNA鎖 | 分子量: 36996.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: GenBank: 1577037162 |
#31: RNA鎖 | 分子量: 500297.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: GenBank: 1211343212 |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu
#32: タンパク質 | 分子量: 27680.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: UniProt: V5VBC2 |
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#33: タンパク質 | 分子量: 27972.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: UniProt: V5V9N0 |
#34: タンパク質 | 分子量: 23311.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA15 |
#35: タンパク質 | 分子量: 17181.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA22 |
#36: タンパク質 | 分子量: 14986.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IBC1 |
#37: タンパク質 | 分子量: 17733.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I7S0 |
#38: タンパク質 | 分子量: 14250.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA25 |
#39: タンパク質 | 分子量: 14287.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: UniProt: V5VBA5 |
#40: タンパク質 | 分子量: 11718.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: UniProt: A0A009L7S8 |
#41: タンパク質 | 分子量: 13558.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: UniProt: A0A4R0F9S8 |
#42: タンパク質 | 分子量: 13797.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I7R9 |
#43: タンパク質 | 分子量: 13295.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA17 |
#44: タンパク質 | 分子量: 11438.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA26 |
#45: タンパク質 | 分子量: 10145.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I3U0 |
#46: タンパク質 | 分子量: 11223.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: UniProt: A0A1V3DIZ9 |
#47: タンパク質 | 分子量: 9543.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA30 |
#48: タンパク質 | 分子量: 9009.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: UniProt: A0A022IPE7 |
#49: タンパク質 | 分子量: 10206.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA35 |
#50: タンパク質 | 分子量: 9723.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I5N9 |
#51: タンパク質 | 分子量: 8474.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: AB0057 / 参照: UniProt: A0A0Q7FMS9 |
-非ポリマー , 3種, 8分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/80P.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/80P.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#52: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
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#53: 化合物 | #54: 化合物 | ChemComp-MG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: A. baumannii 70S ribosome in complex with TP-6076 / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#51 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 127249 / 対称性のタイプ: POINT |