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万見
- PDB-7rx0: Complex of AMPPNP-Kif7 and Gli2 Zinc-Finger domain bound to micro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rx0
タイトルComplex of AMPPNP-Kif7 and Gli2 Zinc-Finger domain bound to microtubules
要素
  • Kinesin-like protein KIF7
  • Tubulin alpha-1A chain
  • Tubulin beta chain
  • Zinc finger protein GLI2
キーワードMOTOR PROTEIN / Kinesin / Microtubule / Transcription factor / motor domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary tip / spindle elongation / positive regulation of smoothened signaling pathway / microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement / Hedgehog 'off' state / negative regulation of smoothened signaling pathway / mitotic spindle organization / ciliary basal body ...ciliary tip / spindle elongation / positive regulation of smoothened signaling pathway / microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement / Hedgehog 'off' state / negative regulation of smoothened signaling pathway / mitotic spindle organization / ciliary basal body / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Hedgehog 'on' state / structural constituent of cytoskeleton / cilium / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. ...Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Tubulin alpha-1A chain / Tubulin beta chain / Kinesin-like protein KIF7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Mani, N. / Wilson-Kubalek, E.M. / Haque, F. / Freniere, C. / Milligan, R.A. / Subramanian, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Cancer Society 米国
引用ジャーナル: Nat Cell Biol / 年: 2022
タイトル: Cytoskeletal regulation of a transcription factor by DNA mimicry via coiled-coil interactions.
著者: Farah Haque / Christian Freniere / Qiong Ye / Nandini Mani / Elizabeth M Wilson-Kubalek / Pei-I Ku / Ronald A Milligan / Radhika Subramanian /
要旨: A long-established strategy for transcription regulation is the tethering of transcription factors to cellular membranes. By contrast, the principal effectors of Hedgehog signalling, the GLI ...A long-established strategy for transcription regulation is the tethering of transcription factors to cellular membranes. By contrast, the principal effectors of Hedgehog signalling, the GLI transcription factors, are regulated by microtubules in the primary cilium and the cytoplasm. How GLI is tethered to microtubules remains unclear. Here, we uncover DNA mimicry by the ciliary kinesin KIF7 as a mechanism for the recruitment of GLI to microtubules, wherein the coiled-coil dimerization domain of KIF7, characterized by its striking shape, size and charge similarity to DNA, forms a complex with the DNA-binding zinc fingers in GLI, thus revealing a mode of tethering a DNA-binding protein to the cytoskeleton. GLI increases KIF7 microtubule affinity and consequently modulates the localization of both proteins to microtubules and the cilium tip. Thus, the kinesin-microtubule system is not a passive GLI tether but a regulatable platform tuned by the kinesin-transcription factor interaction. We retooled this coiled-coil-based GLI-KIF7 interaction to inhibit the nuclear and cilium localization of GLI. This strategy can potentially be exploited to downregulate erroneously activated GLI in human cancers.
履歴
登録2021年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Kinesin-like protein KIF7
G: Zinc finger protein GLI2
A: Tubulin alpha-1A chain
B: Tubulin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,9778
ポリマ－167,4034
非ポリマー1,5754
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area9220 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area51170 Å2

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 CGAB

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF7


分子量: 59525.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF7, UNQ340/PRO539
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q2M1P5
#2: タンパク質 Zinc finger protein GLI2


分子量: 7847.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: タンパク質 Tubulin alpha-1A chain / Alpha-tubulin 1 / Tubulin alpha-1 chain


分子量: 50121.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P02550
#4: タンパク質 Tubulin beta chain / Beta-tubulin


分子量: 49907.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P02554

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非ポリマー , 4種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-G2P / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMPCPP


分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Microtubule-bound complex of Kif7 and Gli2 zinc finger domainCOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2Kinesin Kif7COMPLEX#11RECOMBINANT
3Zinc-finger protein Gli2COMPLEX#21RECOMBINANT
4MicrotubulesCOMPLEX#3-#41NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Sus scrofa (ブタ)9823
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
12Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
23Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008BL21(DE3)
緩衝液pH: 6.8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
180 mMPIPESC8H18N2O6S21
21 mMMagnesium ChlorideMgCl21
32 mMEGTA1
41 mMAMPPNP1
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 280 K / 詳細: Blotted from behind the grid for 2 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 36 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 0-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
12FREALIX３次元再構成
19PHENIX1.17.1-3660モデル精密化
画像処理詳細: The images were corrected by motionCorr2
CTF補正詳細: CTF correction using CTFFIND4 / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
らせん対称回転角度/サブユニット: -25.747 ° / 軸方向距離/サブユニット: 8.956 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 50639
詳細: Segments were picked along helical segments manually using Appion
3次元再構成解像度: 3.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25730 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 150 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
13J6E

3j6e

A3J6E1
23J6E

3j6e

B3J6E1
36MLR

6mlr

C6MLR2
42GLI

2gli

G2GLI3
精密化最高解像度: 3.89 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0059866
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.64413408
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.3441380
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421505
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041750

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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