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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rwa | ||||||
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タイトル | AP2 bound to heparin and Tgn38 tyrosine cargo peptide | ||||||
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![]() | ENDOCYTOSIS / AP2 / clathrin vesicle / lipid-binding / adaptor / membrane / transport / cargo | ||||||
機能・相同性 | ![]() Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / clathrin adaptor complex / clathrin coat / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane ...Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / clathrin adaptor complex / clathrin coat / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / VLDLR internalisation and degradation / cardiac septum development / Recycling pathway of L1 / AP-2 adaptor complex / regulation of vesicle size / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / clathrin coat assembly / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / clathrin adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / vesicle budding from membrane / membrane coat / clathrin-dependent endocytosis / MHC class II antigen presentation / coronary vasculature development / neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of protein localization to membrane / signal sequence binding / aorta development / negative regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / ventricular septum development / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / positive regulation of endocytosis / positive regulation of receptor internalization / synaptic vesicle endocytosis / protein serine/threonine kinase binding / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / phosphatidylinositol binding / secretory granule / kidney development / intracellular protein transport / cytoplasmic side of plasma membrane / kinase binding / disordered domain specific binding / synaptic vesicle / heart development / cytoplasmic vesicle / postsynapse / protein-containing complex assembly / transmembrane transporter binding / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / lipid binding / synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | ||||||
![]() | Baker, R.W. / Hollopeter, G. / Partlow, E.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of an endocytic checkpoint that primes the AP2 clathrin adaptor for cargo internalization. 著者: Edward A Partlow / Kevin S Cannon / Gunther Hollopeter / Richard W Baker / ![]() 要旨: Clathrin-mediated endocytosis (CME) is the main route of internalization from the plasma membrane. It is known that the heterotetrameric AP2 clathrin adaptor must open to simultaneously engage ...Clathrin-mediated endocytosis (CME) is the main route of internalization from the plasma membrane. It is known that the heterotetrameric AP2 clathrin adaptor must open to simultaneously engage membrane and endocytic cargo, yet it is unclear how transmembrane cargos are captured to catalyze CME. Using cryogenic-electron microscopy, we discover a new way in which mouse AP2 can reorganize to expose membrane- and cargo-binding pockets, which is not observed in clathrin-coated structures. Instead, it is stimulated by endocytic pioneer proteins called muniscins, which do not enter vesicles. Muniscin-engaged AP2 is primed to rearrange into the vesicle-competent conformation on binding the tyrosine cargo internalization motif (YxxΦ). We propose adaptor priming as a checkpoint to ensure cargo internalization. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 460.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 320.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 75.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 126.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 24712MC ![]() 7rw8C ![]() 7rw9C ![]() 7rwbC ![]() 7rwcC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70573.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: purified with a C-terminal GST tag, removed with PreScission Protease 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 66953.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 49726.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 17038.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #5: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1810.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: AP2 bound to heparin and Tgn38 tyrosine cargo peptide タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Heparin added at a 2-fold excess 20 mM HEPES pH 7.4, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.05% beta-OG | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot force -10, 4 second blot, 4 uL sample |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 36000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Counting Mode | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 372971 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 詳細: phenix.real_space_refine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 2VGL Accession code: 2VGL / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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