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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rsn | ||||||||||||
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タイトル | AMC018 SOSIP.v4.2 in complex with PGV04 Fab | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV / Env / antibody / bnAb / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Cottrell, C.A. / Ward, A.B. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2022 タイトル: The Glycan Hole Area of HIV-1 Envelope Trimers Contributes Prominently to the Induction of Autologous Neutralization. 著者: Anna Schorcht / Christopher A Cottrell / Pavel Pugach / Rajesh P Ringe / Alvin X Han / Joel D Allen / Tom L G M van den Kerkhof / Gemma E Seabright / Edith E Schermer / Thomas J Ketas / ...著者: Anna Schorcht / Christopher A Cottrell / Pavel Pugach / Rajesh P Ringe / Alvin X Han / Joel D Allen / Tom L G M van den Kerkhof / Gemma E Seabright / Edith E Schermer / Thomas J Ketas / Judith A Burger / Jelle van Schooten / Celia C LaBranche / Gabriel Ozorowski / Natalia de Val / Daniel L V Bader / Hanneke Schuitemaker / Colin A Russell / David C Montefiori / Marit J van Gils / Max Crispin / P J Klasse / Andrew B Ward / John P Moore / Rogier W Sanders / 要旨: The human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) trimeric envelope glycoprotein (Env) is heavily glycosylated, creating a dense glycan shield that protects the underlying peptidic surface from ...The human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) trimeric envelope glycoprotein (Env) is heavily glycosylated, creating a dense glycan shield that protects the underlying peptidic surface from antibody recognition. The absence of conserved glycans, due to missing potential N-linked glycosylation sites (PNGS), can result in strain-specific, autologous neutralizing antibody (NAb) responses. Here, we sought to gain a deeper understanding of the autologous neutralization by introducing holes in the otherwise dense glycan shields of the AMC011 and AMC016 SOSIP trimers. Specifically, when we knocked out the N130 and N289 glycans, which are absent from the well-characterized B41 SOSIP trimer, we observed stronger autologous NAb responses. We also analyzed the highly variable NAb responses induced in rabbits by diverse SOSIP trimers from subtypes A, B, and C. Statistical analysis, using linear regression, revealed that the cumulative area exposed on a trimer by glycan holes correlates with the magnitude of the autologous NAb response. Forty years after the first description of HIV-1, the search for a protective vaccine is still ongoing. The sole target for antibodies that can neutralize the virus are the trimeric envelope glycoproteins (Envs) located on the viral surface. The glycoprotein surface is covered with glycans that shield off the underlying protein components from recognition by the immune system. However, the Env trimers of some viral strains have holes in the glycan shield. Immunized animals developed antibodies against such glycan holes. These antibodies are generally strain specific. Here, we sought to gain a deeper understanding of what drives these specific immune responses. First, we show that strain-specific neutralizing antibody responses can be increased by creating artificial holes in the glycan shield. Second, when studying a diverse set of Env trimers with different characteristics, we found that the surface area of the glycan holes contributes prominently to the induction of strain-specific neutralizing antibodies. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rsn.cif.gz | 487.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rsn.ent.gz | 412.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rsn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rsn_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rsn_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7rsn_validation.xml.gz | 77.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rsn_validation.cif.gz | 113.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/7rsn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/7rsn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 9分子 ACGBDILJK
#1: タンパク質 | 分子量: 54705.789 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: タンパク質 | 分子量: 17152.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: タンパク質 | 分子量: 23073.822 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-抗体 , 1種, 3分子 HEF
#3: 抗体 | 分子量: 24759.861 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 5種, 48分子
#5: 多糖 | #6: 多糖 | #7: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #8: 多糖 | #9: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: AMC018 SOSIP.v4.2 in complex with PGV04 Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 26.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3916 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 35 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 150333 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |