PDB-7rsb: CLC-ec1 at pH 4.5 100 mM NaGluconate Turn

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rsb

タイトル

CLC-ec1 at pH 4.5 100 mM NaGluconate Turn

要素

H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / CLC / chloride transporter

機能・相同性

Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / voltage-gated chloride channel activity / antiporter activity / plasma membrane / H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å

データ登録者

Fortea, E. / Boudker, O. / Accardi, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of common gate activation in CLC transporters
著者: Fortea, E. / Lee, S. / Argyros, Y. / Chadda, R. / Ciftci, D. / Huysmans, G. / Robertson, J.L. / Boudker, O. / Accardi, A.

履歴

登録	2021年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月5日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rsb.cif.gz	153.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rsb.ent.gz	121.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rsb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/7rsb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/7rsb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	24668MC 24241C 24263C 24582C 24584C 24612C 24613C 24629C 7n8pC 7n9wC 7rnxC 7ro0C 7rp5C 7rp6C 7rq7C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA

B: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA 分子量: 50390.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yadQ, clcA, eriC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J7Q633

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Structure of ecCLC at pH 4.5 in 100mM NaGluconate Turn タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 100 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 4.5
試料	濃度: 1.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結	凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 294.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 65.64 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
phenix.real_space_refine	1.14_3260	精密化
PHENIX	1.14_3260	精密化

CTF補正

タイプ: NONE

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 116129 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

立体化学のターゲット値: CDL v1.2

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0073	6774
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	1.076	9200
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0617	1086
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.008	1154
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	10.4226	3922

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関連情報:EMDBヘッダ

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