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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rr7 | |||||||||
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タイトル | Multidrug efflux pump subunit AcrB | |||||||||
![]() | Multidrug efflux pump subunit AcrB | |||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Multidrug efflux pump subunit AcrB / NCMN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å | |||||||||
![]() | Trinh, T.K.H. / Cabezas, A. / Catalano, C. / Qiu, W. / des Georges, A. / Guo, Y. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Multidrug efflux pump subunit AcrB 著者: Trinh, T.K.H. / Cabezas, A. / Catalano, C. / Qiu, W. / des Georges, A. / Guo, Y. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 523.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 428.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 91.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 135.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 24654MC ![]() 7rr6C ![]() 7rr8C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 114736.289 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P31224 #2: 化合物 | ChemComp-PTY / #3: 化合物 | ChemComp-D12 / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Multidrug efflux pump subunit AcrB / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: YES |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 染色剤: 2% uranyl acetate |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 67.15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73352 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6BAJ Accession code: 6BAJ / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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