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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rr6 | |||||||||
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タイトル | Multidrug efflux pump subunit AcrB | |||||||||
要素 | Multidrug efflux pump subunit AcrB | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Multidrug efflux pump subunit AcrB / NCMN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / periplasmic side of plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / xenobiotic transport ...alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / periplasmic side of plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / xenobiotic transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / fatty acid transport / response to toxic substance / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Trinh, T.K.H. / Cabezas, A. / Catalano, C. / Qiu, W. / des Georges, A. / Guo, Y. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Multidrug efflux pump subunit AcrB 著者: Trinh, T.K.H. / Cabezas, A. / Catalano, C. / Qiu, W. / des Georges, A. / Guo, Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rr6.cif.gz | 529.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rr6.ent.gz | 429.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rr6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rr6_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rr6_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7rr6_validation.xml.gz | 99.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rr6_validation.cif.gz | 145.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/7rr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/7rr6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 24653MC 7rr7C 7rr8C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 114736.289 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P31224 #2: 化合物 | ChemComp-PTY / #3: 化合物 | ChemComp-D12 / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Multidrug efflux pump subunit AcrB / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: YES |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 染色剤: 2% uranyl acetate |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R0.6/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 75.9 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73352 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6BAJ Accession code: 6BAJ / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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