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万見
- PDB-7rqx: Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 25 degrees... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rqx
タイトルCryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 25 degrees Celsius, in an intermediate-open state, class A
要素Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ligand-gating ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of iodide transmembrane transport / positive regulation of membrane depolarization / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / response to capsazepine / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / cellular response to temperature stimulus / positive regulation of sensory perception of pain / temperature-gated ion channel activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain ...negative regulation of iodide transmembrane transport / positive regulation of membrane depolarization / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / response to capsazepine / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / cellular response to temperature stimulus / positive regulation of sensory perception of pain / temperature-gated ion channel activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of renal sodium excretion / negative regulation of axon regeneration / TRP channels / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / smooth muscle contraction involved in micturition / fever generation / detection of temperature stimulus involved in thermoception / thermoception / urinary bladder smooth muscle contraction / response to pH / glutamate secretion / monoatomic cation transmembrane transporter activity / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of urine volume / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / dendritic spine membrane / negative regulation of heart rate / response to acidic pH / response to pain / diet induced thermogenesis / cellular response to alkaloid / temperature homeostasis / cellular response to cytokine stimulus / cellular response to ATP / intracellularly gated calcium channel activity / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / negative regulation of mitochondrial membrane potential / calcium ion import across plasma membrane / behavioral response to pain / positive regulation of vasoconstriction / monoatomic ion channel activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity / monoatomic cation channel activity / cellular response to acidic pH / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / phosphatidylinositol binding / sensory perception of pain / axon terminus / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / sarcoplasmic reticulum / lipid metabolic process / phosphoprotein binding / microglial cell activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / cellular response to growth factor stimulus / response to peptide hormone / GABA-ergic synapse / calcium ion transmembrane transport / cellular response to tumor necrosis factor / calcium channel activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / calcium ion transport / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to heat / sensory perception of taste / response to heat / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / monoatomic ion transmembrane transport / protein homotetramerization / calmodulin binding / postsynaptic membrane / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / membrane / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
resiniferatoxin / Chem-6OU / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Kwon, D.H. / Suo, Y. / Lee, S.-Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R35NS097241 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Vanilloid-dependent TRPV1 opening trajectory from cryoEM ensemble analysis.
著者: Do Hoon Kwon / Feng Zhang / Justin G Fedor / Yang Suo / Seok-Yong Lee /
要旨: Single particle cryo-EM often yields multiple protein conformations within a single dataset, but experimentally deducing the temporal relationship of these conformers within a conformational ...Single particle cryo-EM often yields multiple protein conformations within a single dataset, but experimentally deducing the temporal relationship of these conformers within a conformational trajectory is not trivial. Here, we use thermal titration methods and cryo-EM in an attempt to obtain temporal resolution of the conformational trajectory of the vanilloid receptor TRPV1 with resiniferatoxin (RTx) bound. Based on our cryo-EM ensemble analysis, RTx binding to TRPV1 appears to induce intracellular gate opening first, followed by selectivity filter dilation, then pore loop rearrangement to reach the final open state. This apparent conformational wave likely arises from the concerted, stepwise, additive structural changes of TRPV1 over many subdomains. Greater understanding of the RTx-mediated long-range allostery of TRPV1 could help further the therapeutic potential of RTx, which is a promising drug candidate for pain relief associated with advanced cancer or knee arthritis.
履歴
登録2021年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
C: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)412,13630
ポリマ－394,8794
非ポリマー17,25726
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1 / TrpV1 / Capsaicin receptor / Osm-9-like TRP channel 1 / OTRPC1 / Vanilloid receptor 1 / Vanilloid ...TrpV1 / Capsaicin receptor / Osm-9-like TRP channel 1 / OTRPC1 / Vanilloid receptor 1 / Vanilloid receptor type 1-like


分子量: 98719.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Trpv1, Vr1, Vr1l / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O35433
#2: 化合物
ChemComp-LBN / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / (2R)-2-[(9Z)-9-Octadecenoyloxy]-3-(palmitoyloxy)propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate


分子量: 760.076 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物
ChemComp-6OU / [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate


分子量: 717.996 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物
ChemComp-6EU / resiniferatoxin / RTX


分子量: 628.708 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H40O9 / コメント: 毒素*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMHEPES1
2150 mMsodium chloride1
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 44 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4023
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM3画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7PHENIX1.18.2モデルフィッティング
9RELION3.1.0初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
11cryoSPARC分類
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIX1.18.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2700
3次元再構成解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32121 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 116 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7LP9

7lp9


PDB chain-ID: A / Accession code: 7LP9 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00316564
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.50422492
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.612580
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0342536
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052752

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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