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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rmp | ||||||
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タイトル | Structure of ACLY D1026A - substrates-asym | ||||||
![]() | ATP-citrate synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / mutant | ||||||
機能・相同性 | ![]() ATP citrate synthase activity / ATP citrate synthase / Fatty acyl-CoA biosynthesis / citrate metabolic process / ChREBP activates metabolic gene expression / acetyl-CoA biosynthetic process / oxaloacetate metabolic process / coenzyme A metabolic process / lipid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process ...ATP citrate synthase activity / ATP citrate synthase / Fatty acyl-CoA biosynthesis / citrate metabolic process / ChREBP activates metabolic gene expression / acetyl-CoA biosynthetic process / oxaloacetate metabolic process / coenzyme A metabolic process / lipid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / tricarboxylic acid cycle / fatty acid biosynthetic process / azurophil granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
![]() | Wei, X. / Marmorstein, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Allosteric role of the citrate synthase homology domain of ATP citrate lyase. 著者: Xuepeng Wei / Kollin Schultz / Hannah L Pepper / Emily Megill / Austin Vogt / Nathaniel W Snyder / Ronen Marmorstein / ![]() ![]() 要旨: ATP citrate lyase (ACLY) is the predominant nucleocytosolic source of acetyl-CoA and is aberrantly regulated in many diseases making it an attractive therapeutic target. Structural studies of ACLY ...ATP citrate lyase (ACLY) is the predominant nucleocytosolic source of acetyl-CoA and is aberrantly regulated in many diseases making it an attractive therapeutic target. Structural studies of ACLY reveal a central homotetrameric core citrate synthase homology (CSH) module flanked by acyl-CoA synthetase homology (ASH) domains, with ATP and citrate binding the ASH domain and CoA binding the ASH-CSH interface to produce acetyl-CoA and oxaloacetate products. The specific catalytic role of the CSH module and an essential D1026A residue contained within it has been a matter of debate. Here, we report biochemical and structural analysis of an ACLY-D1026A mutant demonstrating that this mutant traps a (3S)-citryl-CoA intermediate in the ASH domain in a configuration that is incompatible with the formation of acetyl-CoA, is able to convert acetyl-CoA and OAA to (3S)-citryl-CoA in the ASH domain, and can load CoA and unload acetyl-CoA in the CSH module. Together, this data support an allosteric role for the CSH module in ACLY catalysis. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 713.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 583.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 114.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 171 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 24577MC ![]() 7rigC ![]() 7rkzC ![]() 8g1eC ![]() 8g1fC ![]() 8g5cC ![]() 8g5dC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 120940.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 60分子 ![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/Q5B.gif)
![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/Q5B.gif)
![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-FLC / #5: 化合物 | 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #6: 化合物 | ChemComp-COA / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: ACLY D1026A mutant in complex with CoA and citrate / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.48 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 4.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 100062 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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