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万見
- PDB-7r6l: 5 prime exon-free pre-2S intermediate of the Tetrahymena group I ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r6l
タイトル5 prime exon-free pre-2S intermediate of the Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic dimeric construct
要素
  • Group I intron, 3 prime fragment plus 3 prime exon
  • Group I intron, 5 prime fragment
キーワードRNA / Ribozyme / Group I intron / catalytic RNA
機能・相同性: / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Thelot, F. / Liu, D. / Liao, M. / Yin, P.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM122797 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5DP1GM133052 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CMMI-1333215 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CMMI-1344915 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CBET-1729397 米国
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2022
タイトル: Sub-3-Å cryo-EM structure of RNA enabled by engineered homomeric self-assembly.
著者: Di Liu / François A Thélot / Joseph A Piccirilli / Maofu Liao / Peng Yin /
要旨: High-resolution structural studies are essential for understanding the folding and function of diverse RNAs. Herein, we present a nanoarchitectural engineering strategy for efficient structural ...High-resolution structural studies are essential for understanding the folding and function of diverse RNAs. Herein, we present a nanoarchitectural engineering strategy for efficient structural determination of RNA-only structures using single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM). This strategy-ROCK (RNA oligomerization-enabled cryo-EM via installing kissing loops)-involves installing kissing-loop sequences onto the functionally nonessential stems of RNAs for homomeric self-assembly into closed rings with multiplied molecular weights and mitigated structural flexibility. ROCK enables cryo-EM reconstruction of the Tetrahymena group I intron at 2.98-Å resolution overall (2.85 Å for the core), allowing de novo model building of the complete RNA, including the previously unknown peripheral domains. ROCK is further applied to two smaller RNAs-the Azoarcus group I intron and the FMN riboswitch, revealing the conformational change of the former and the bound ligand in the latter. ROCK holds promise to greatly facilitate the use of cryo-EM in RNA structural studies.
履歴
登録2021年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Group I intron, 5 prime fragment
B: Group I intron, 3 prime fragment plus 3 prime exon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,63222
ポリマ－133,1462
非ポリマー48620
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, native gel supports the dimeric assembly, the submitted map and model are for the symmetry-expanded monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area5250 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area53820 Å2

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要素

#1: RNA鎖 Group I intron, 5 prime fragment


分子量: 121342.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: GenBank: V01416
#2: DNA/RNAハイブリッド Group I intron, 3 prime fragment plus 3 prime exon


分子量: 11803.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: GenBank: V01416
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 5 prime exon-free pre-2S intermediate of Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic dimeric construct
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: SYNTHETIC
分子量値: 0.13 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris-acetateTris-acetate1
230 mMMagnesium chlorideMgCl21
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 倍率（公称値）: 105000 X / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 47 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 82575 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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