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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r3k | ||||||
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タイトル | Chlamydomonas reinhardtii TSP9 mutant small Photosystem I complex | ||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / Complex / Green algae | ||||||
機能・相同性 | ![]() photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane ...photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å | ||||||
![]() | Klaiman, D. / Schwartz, T. / Nelson, N. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of Photosystem I Supercomplex Isolated from a Cytochrome b6f Temperature-Sensitive Mutant. 著者: Tom Schwartz / Mariia Fadeeva / Daniel Klaiman / Nathan Nelson / ![]() 要旨: The unicellular green alga, , has been widely used as a model system to study photosynthesis. Its possibility to generate and analyze specific mutants has made it an excellent tool for mechanistic ...The unicellular green alga, , has been widely used as a model system to study photosynthesis. Its possibility to generate and analyze specific mutants has made it an excellent tool for mechanistic and biogenesis studies. Using negative selection of ultraviolet (UV) irradiation-mutated cells, we isolated a mutant (TSP9) with a single amino acid mutation in the Rieske protein of the cytochrome b6f complex. The W143R mutation in the petC gene resulted in total loss of cytochrome b6f complex function at the non-permissive temperature of 37 °C and recovery at the permissive temperature of 25 °C. We then isolated photosystem I (PSI) and photosystem II (PSII) supercomplexes from cells grown at the non-permissive temperature and determined the PSI structure with high-resolution cryogenic electron microscopy. There were several structural alterations compared with the structures obtained from wild-type cells. Our structural data suggest that the mutant responded by excluding the Lhca2, Lhca9, PsaL, and PsaH subunits. This structural alteration prevents state two transition, where LHCII migrates from PSII to bind to the PSI complex. We propose this as a possible response mechanism triggered by the TSP9 phenotype at the non-permissive temperature. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 931.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 14.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 15.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 329.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 390.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 14248MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 83239.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: Chloroplast / 参照: UniProt: P12154, photosystem I |
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#2: タンパク質 | 分子量: 82184.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: Chloroplast / 参照: UniProt: P09144, photosystem I |
-タンパク質 , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質 | 分子量: 8869.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: Chloroplast / 参照: UniProt: Q00914, photosystem I |
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-Photosystem I reaction center subunit ... , 7種, 7分子 DEFGIJK
#4: タンパク質 | 分子量: 21401.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: Chloroplast / 参照: UniProt: Q39615 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 10786.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: Chloroplast / 参照: UniProt: P12352 |
#6: タンパク質 | 分子量: 24088.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: Chloroplast / 参照: UniProt: P12356 |
#7: タンパク質 | 分子量: 13236.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: Chloroplast / 参照: UniProt: P14224 |
#8: タンパク質 | 分子量: 10586.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: Chloroplast / 参照: UniProt: A8IFG7 |
#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4750.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: Chloroplast / 参照: UniProt: P59777 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11214.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: Chloroplast / 参照: UniProt: P14225 |
-Chlorophyll a-b binding protein, ... , 7種, 8分子 1Z378456
#11: タンパク質 | 分子量: 23923.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: Chloroplast / 参照: UniProt: Q05093 #12: タンパク質 | | 分子量: 32629.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: Chloroplast / 参照: UniProt: A8JF10 #13: タンパク質 | | 分子量: 26248.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: Chloroplast / 参照: UniProt: Q84Y02 #14: タンパク質 | | 分子量: 25948.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: Chloroplast / 参照: UniProt: Q75VY7 #15: タンパク質 | | 分子量: 28729.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: Chloroplast / 参照: UniProt: Q75VZ0 #16: タンパク質 | | 分子量: 28257.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: Chloroplast / 参照: UniProt: Q75VY8 #17: タンパク質 | | 分子量: 27812.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 器官: Chloroplast / 参照: UniProt: Q75VY6 |
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-糖 , 2種, 17分子 ![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
#24: 糖 | ChemComp-LMT / #25: 糖 | ChemComp-DGD / | |
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-非ポリマー , 20種, 867分子 ![](data/chem/img/CL0.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/PQN.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/RRX.gif)
![](data/chem/img/C7Z.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/DAO.gif)
![](data/chem/img/LUT.gif)
![](data/chem/img/CHL.gif)
![](data/chem/img/SPH.gif)
![](data/chem/img/3PH.gif)
![](data/chem/img/DGA.gif)
![](data/chem/img/PLM.gif)
![](data/chem/img/SQD.gif)
![](data/chem/img/ERG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
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![](data/chem/img/C7Z.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/DAO.gif)
![](data/chem/img/LUT.gif)
![](data/chem/img/CHL.gif)
![](data/chem/img/SPH.gif)
![](data/chem/img/3PH.gif)
![](data/chem/img/DGA.gif)
![](data/chem/img/PLM.gif)
![](data/chem/img/SQD.gif)
![](data/chem/img/ERG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#18: 化合物 | ChemComp-CL0 / | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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#19: 化合物 | ChemComp-CLA / #20: 化合物 | #21: 化合物 | #22: 化合物 | ChemComp-BCR / #23: 化合物 | ChemComp-LHG / #26: 化合物 | ChemComp-CA / | #27: 化合物 | #28: 化合物 | #29: 化合物 | #30: 化合物 | ChemComp-DAO / | #31: 化合物 | ChemComp-LUT / ( #32: 化合物 | ChemComp-CHL / #33: 化合物 | #34: 化合物 | ChemComp-3PH / #35: 化合物 | ChemComp-DGA / | #36: 化合物 | ChemComp-PLM / | #37: 化合物 | ChemComp-SQD / | #38: 化合物 | #39: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: C. reinhardtii Photosystem I supercomplex / タイプ: COMPLEX / 詳細: Contains 10 core subunits and 8 antenna proteins / Entity ID: #1-#17 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.78 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 細胞内の位置: Chloroplast thylakoid membrane / Organelle: Chloroplast |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Chlorophyll concentration was provided |
試料支持 | 詳細: Harrick Plasma cleaner PDC-32G-2 / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 295 K / 詳細: blot for 3 seconds before plunging |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 9000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
撮影 | 平均露光時間: 2.6 sec. / 電子線照射量: 57.74 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 13173 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1009378 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 173187 / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6JO5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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