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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qve | ||||||
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タイトル | Spinach 20S proteasome | ||||||
![]() | (Proteasome subunit ...) x 14 | ||||||
![]() | PLANT PROTEIN / PROTEASOME / UPS / PLANT / SPINACH | ||||||
機能・相同性 | ![]() proteasome core complex / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / threonine-type endopeptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process ...proteasome core complex / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / threonine-type endopeptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
![]() | Kandolf, S. / Grishkovskaya, I. / Meinhart, A. / Haselbach, D. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the plant 26S proteasome. 著者: Susanne Kandolf / Irina Grishkovskaya / Katarina Belačić / Derek L Bolhuis / Sascha Amann / Brent Foster / Richard Imre / Karl Mechtler / Alexander Schleiffer / Hemant D Tagare / Ellen D ...著者: Susanne Kandolf / Irina Grishkovskaya / Katarina Belačić / Derek L Bolhuis / Sascha Amann / Brent Foster / Richard Imre / Karl Mechtler / Alexander Schleiffer / Hemant D Tagare / Ellen D Zhong / Anton Meinhart / Nicholas G Brown / David Haselbach / ![]() ![]() ![]() 要旨: Targeted proteolysis is a hallmark of life. It is especially important in long-lived cells that can be found in higher eukaryotes, like plants. This task is mainly fulfilled by the ubiquitin- ...Targeted proteolysis is a hallmark of life. It is especially important in long-lived cells that can be found in higher eukaryotes, like plants. This task is mainly fulfilled by the ubiquitin-proteasome system. Thus, proteolysis by the 26S proteasome is vital to development, immunity, and cell division. Although the yeast and animal proteasomes are well characterized, there is only limited information on the plant proteasome. We determined the first plant 26S proteasome structure from Spinacia oleracea by single-particle electron cryogenic microscopy at an overall resolution of 3.3 Å. We found an almost identical overall architecture of the spinach proteasome compared with the known structures from mammals and yeast. Nevertheless, we noticed a structural difference in the proteolytic active β1 subunit. Furthermore, we uncovered an unseen compression state by characterizing the proteasome's conformational landscape. We suspect that this new conformation of the 20S core protease, in correlation with a partial opening of the unoccupied gate, may contribute to peptide release after proteolysis. Our data provide a structural basis for the plant proteasome, which is crucial for further studies. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 877.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 700.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 724.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 121.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 185.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 14175MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of spinach 26S proteasome [micrographs - multiframe] Data #2: Unaligned multi-frame micrographs of spinach 26S proteasome [micrographs - multiframe] Data #3: Unaligned multi-frame micrographs of spinach 26S proteasome [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Proteasome subunit ... , 14種, 28分子 iCjDkElFmGnXBhoapbqcrdsetfug
#1: タンパク質 | 分子量: 25588.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 27504.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 26844.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 26027.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 29932.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 27322.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 27211.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 25324.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 29404.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #10: タンパク質 | 分子量: 22847.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #11: タンパク質 | 分子量: 22950.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #12: タンパク質 | 分子量: 29652.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #13: タンパク質 | 分子量: 24835.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #14: タンパク質 | 分子量: 27098.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Spinach 26S proteasome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 1.7 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.02 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS | ||||||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: ![]() | ||||||||||||||||||
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU | ||||||||||||||||||
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER | ||||||||||||||||||
撮影 |
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画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 951422 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 951422 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 109.9 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6MSB |