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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qoo | ||||||
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タイトル | Structure of the human inner kinetochore CCAN complex | ||||||
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![]() | CELL CYCLE / INNER KINETOCHORE / CCAN / COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of protein localization to kinetochore / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / kinetochore organization / spindle attachment to meiosis I kinetochore / metaphase chromosome alignment / kinetochore binding / centromeric DNA binding / sex differentiation / CENP-A containing chromatin assembly ...positive regulation of protein localization to kinetochore / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / kinetochore organization / spindle attachment to meiosis I kinetochore / metaphase chromosome alignment / kinetochore binding / centromeric DNA binding / sex differentiation / CENP-A containing chromatin assembly / chordate embryonic development / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / kinetochore assembly / inner kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / centriolar satellite / chromosome organization / pericentric heterochromatin / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / NRIF signals cell death from the nucleus / mitotic spindle organization / positive regulation of epithelial cell proliferation / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / nuclear matrix / Separation of Sister Chromatids / actin cytoskeleton / chromosome / mitotic cell cycle / midbody / nuclear body / cell adhesion / protein heterodimerization activity / cell division / apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / signal transduction / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | ||||||
![]() | Vetter, I.R. / Pesenti, M. / Raisch, T. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the human inner kinetochore CCAN complex and its significance for human centromere organization. 著者: Marion E Pesenti / Tobias Raisch / Duccio Conti / Kai Walstein / Ingrid Hoffmann / Dorothee Vogt / Daniel Prumbaum / Ingrid R Vetter / Stefan Raunser / Andrea Musacchio / ![]() 要旨: Centromeres are specialized chromosome loci that seed the kinetochore, a large protein complex that effects chromosome segregation. A 16-subunit complex, the constitutive centromere associated ...Centromeres are specialized chromosome loci that seed the kinetochore, a large protein complex that effects chromosome segregation. A 16-subunit complex, the constitutive centromere associated network (CCAN), connects between the specialized centromeric chromatin, marked by the histone H3 variant CENP-A, and the spindle-binding moiety of the kinetochore. Here, we report a cryo-electron microscopy structure of human CCAN. We highlight unique features such as the pseudo GTPase CENP-M and report how a crucial CENP-C motif binds the CENP-LN complex. The CCAN structure has implications for the mechanism of specific recognition of the CENP-A nucleosome. A model consistent with our structure depicts the CENP-C-bound nucleosome as connected to the CCAN through extended, flexible regions of CENP-C. An alternative model identifies both CENP-C and CENP-N as specificity determinants but requires CENP-N to bind CENP-A in a mode distinct from the classical nucleosome octamer. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 572.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 446.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 81.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 125.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 14098MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Centromere protein ... , 14種, 14分子 CHIKLMNOPUQRTW
#1: タンパク質 | 分子量: 61856.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28520.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 86820.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 31696.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 39039.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 19761.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 39609.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 33830.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 33210.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 47609.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 30648.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 20228.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 60502.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 10087.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 X
#15: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1294.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: human inner kinetochore CCAN complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.451 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 6.8 / 詳細: 0.0025% Triton |
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 286 K / 詳細: blot for 3.5 seconds at blot force -3 |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 76.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 1540 詳細: Images were collected in movie mode with 80 frames per image in superresolution mode with 0.35 A/px (0.7A native) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 140910 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25206 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |