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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qiz | |||||||||||||||
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タイトル | Specific features and methylation sites of a plant 80S ribosome | |||||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / Solanum lycopersicum / cytosolic ribosome / 80S / plant / rRNA | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() pectinesterase / pectinesterase activity / : / cell wall modification / pectin catabolic process / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / MAP kinase activity / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...pectinesterase / pectinesterase activity / : / cell wall modification / pectin catabolic process / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / MAP kinase activity / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / chloroplast / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å | |||||||||||||||
![]() | Cottilli, P. / Itoh, Y. / Amunts, A. | |||||||||||||||
資金援助 | European Union, 4件
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure and rRNA modification sites of a plant ribosome. 著者: Patrick Cottilli / Yuzuru Itoh / Yuko Nobe / Anton S Petrov / Purificación Lisón / Masato Taoka / Alexey Amunts / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Protein synthesis in crop plants contributes to the balance of food and fuel on our planet, which influences human metabolic activity and lifespan. Protein synthesis can be regulated with respect to ...Protein synthesis in crop plants contributes to the balance of food and fuel on our planet, which influences human metabolic activity and lifespan. Protein synthesis can be regulated with respect to changing environmental cues via the deposition of chemical modifications into rRNA. Here, we present the structure of a plant ribosome from tomato and a quantitative mass spectrometry analysis of its rRNAs. The study reveals fine features of the ribosomal proteins and 71 plant-specific rRNA modifications, and it re-annotates 30 rRNA residues in the available sequence. At the protein level, isoAsp is found in position 137 of uS11, and a zinc finger previously believed to be universal is missing from eL34, suggesting a lower effect of zinc deficiency on protein synthesis in plants. At the rRNA level, the plant ribosome differs markedly from its human counterpart with respect to the spatial distribution of modifications. Thus, it represents an additional layer of gene expression regulation, highlighting the molecular signature of a plant ribosome. The results provide a reference model of a plant ribosome for structural studies and an accurate marker for molecular ecology. | |||||||||||||||
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 301.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 552 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+60S ribosomal protein ... , 22種, 22分子 DKLMNUVWXbdefghikmnpqt
+タンパク質 , 22種, 22分子 FGHIJOQRYZajorNAOAPAVAYAzEAHA
-Ribosomal protein ... , 5種, 5分子 EPTlIA
#3: タンパク質 | 分子量: 44518.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#13: タンパク質 | 分子量: 24233.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 24786.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#35: タンパク質 | 分子量: 10809.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#76: タンパク質 | 分子量: 16389.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Ribosomal L18e/L15P domain-containing ... , 2種, 2分子 Sc
#16: タンパク質 | 分子量: 20764.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#26: タンパク質 | 分子量: 16479.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 7種, 7分子 s258S2aAbA
#42: RNA鎖 | 分子量: 589.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#43: RNA鎖 | 分子量: 1098453.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#44: RNA鎖 | 分子量: 38634.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#45: RNA鎖 | 分子量: 53173.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#46: RNA鎖 | 分子量: 583609.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#59: RNA鎖 | 分子量: 4470.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#60: RNA鎖 | 分子量: 895.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-40S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 QARATAUAWAXAZAuvwxyAABADAFAKALAMAJA
#50: タンパク質 | 分子量: 17352.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#51: タンパク質 | 分子量: 16805.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#52: タンパク質 | 分子量: 17574.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#53: タンパク質 | 分子量: 16056.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#55: タンパク質 | 分子量: 7551.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#56: タンパク質 | 分子量: 6455.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#58: タンパク質 | 分子量: 11995.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#62: タンパク質 | 分子量: 32216.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#63: タンパク質 | 分子量: 29741.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#64: タンパク質 | 分子量: 29959.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#65: タンパク質 | 分子量: 22088.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#66: タンパク質 | 分子量: 24918.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#68: タンパク質 | 分子量: 16265.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#69: タンパク質 | 分子量: 9163.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#71: タンパク質 | 分子量: 14608.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#73: タンパク質 | 分子量: 28384.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#77: タンパク質 | 分子量: 15445.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#78: タンパク質 | 分子量: 9620.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#79: タンパク質 | 分子量: 6953.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#80: タンパク質 | 分子量: 14551.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-40S body ribosomal protein ... , 2種, 2分子 CAGA
#70: タンパク質 | 分子量: 15771.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#74: タンパク質 | 分子量: 23051.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-糖 , 1種, 1分子 ![](data/chem/img/BGC.gif)
#87: 糖 | ChemComp-BGC / |
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-非ポリマー , 7種, 5222分子 ![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/SPD.gif)
![](data/chem/img/PUT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/SPD.gif)
![](data/chem/img/PUT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#81: 化合物 | ChemComp-K / #82: 化合物 | ChemComp-MG / #83: 化合物 | ChemComp-ZN / #84: 化合物 | #85: 化合物 | ChemComp-SPD / | #86: 化合物 | ChemComp-PUT / | #88: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: 80S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#80 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 30.2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 335806 / 対称性のタイプ: POINT |