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万見
- PDB-7qiy: Specific features and methylation sites of a plant ribosome. 40S ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qiy
タイトルSpecific features and methylation sites of a plant ribosome. 40S head ribosomal subunit.
要素
  • (40S head ribosomal protein ...) x 5
  • (40S ribosomal protein ...) x 3
  • 18S rRNA head
  • KH type-2 domain-containing protein
  • Mitogen-activated protein kinase
  • Ribosomal_S10 domain-containing protein
  • Ribosomal_S7 domain-containing protein
  • S10_plectin domain-containing protein
  • mRNA
  • tRNA
キーワードRIBOSOME / Solanum lycopersicum / cytosolic ribosome / 80S / plant / rRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP kinase activity / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / protein kinase C binding / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit ...MAP kinase activity / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / protein kinase C binding / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / intracellular signal transduction / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
SPARK domain / SPARK / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal ...SPARK domain / SPARK / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / G-protein beta WD-40 repeat / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / : / 1,4-DIAMINOBUTANE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S29 / Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein ...beta-D-glucopyranose / : / 1,4-DIAMINOBUTANE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S29 / Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S15 / 40S ribosomal protein S18 / 40S ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S16 / Protein kinase domain-containing protein / KH type-2 domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS7 domain-containing protein / Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein / 40S ribosomal protein S28 / Small ribosomal subunit protein eS17
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Cottilli, P. / Itoh, Y. / Amunts, A.
資金援助European Union, 4件
組織認可番号国
Swedish Research CouncilNT_2015-04107European Union
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230European Union
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)H2020-MSCA-IF-2017European Union
引用ジャーナル: Plant Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure and rRNA modification sites of a plant ribosome.
著者: Patrick Cottilli / Yuzuru Itoh / Yuko Nobe / Anton S Petrov / Purificación Lisón / Masato Taoka / Alexey Amunts /
要旨: Protein synthesis in crop plants contributes to the balance of food and fuel on our planet, which influences human metabolic activity and lifespan. Protein synthesis can be regulated with respect to ...Protein synthesis in crop plants contributes to the balance of food and fuel on our planet, which influences human metabolic activity and lifespan. Protein synthesis can be regulated with respect to changing environmental cues via the deposition of chemical modifications into rRNA. Here, we present the structure of a plant ribosome from tomato and a quantitative mass spectrometry analysis of its rRNAs. The study reveals fine features of the ribosomal proteins and 71 plant-specific rRNA modifications, and it re-annotates 30 rRNA residues in the available sequence. At the protein level, isoAsp is found in position 137 of uS11, and a zinc finger previously believed to be universal is missing from eL34, suggesting a lower effect of zinc deficiency on protein synthesis in plants. At the rRNA level, the plant ribosome differs markedly from its human counterpart with respect to the spatial distribution of modifications. Thus, it represents an additional layer of gene expression regulation, highlighting the molecular signature of a plant ribosome. The results provide a reference model of a plant ribosome for structural studies and an accurate marker for molecular ecology.
履歴
登録2021年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年4月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: 18S rRNA head
D: KH type-2 domain-containing protein
E: Ribosomal_S7 domain-containing protein
F: S10_plectin domain-containing protein
G: 40S head ribosomal protein uS19
H: 40S head ribosomal protein uS9
I: 40S ribosomal protein S17
J: 40S head ribosomal protein uS13
K: 40S head ribosomal protein eS19
L: Ribosomal_S10 domain-containing protein
M: 40S head ribosomal protein eS28
N: 40S ribosomal protein S29
O: Mitogen-activated protein kinase
P: 40S ribosomal protein S25
Q: tRNA
R: mRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)819,88357
ポリマ－818,47716
非ポリマー1,40541
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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RNA鎖 , 3種, 3分子 2QR

#1: RNA鎖 18S rRNA head


分子量: 582941.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: GenBank: 2090998067
#15: RNA鎖 tRNA


分子量: 4470.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト)
#16: RNA鎖 mRNA


分子量: 895.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト)

-
タンパク質 , 5種, 5分子 DEFLO

#2: タンパク質 KH type-2 domain-containing protein


分子量: 26828.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7HBR5
#3: タンパク質 Ribosomal_S7 domain-containing protein


分子量: 23686.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7IVL4
#4: タンパク質 S10_plectin domain-containing protein


分子量: 19882.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7JYM3
#10: タンパク質 Ribosomal_S10 domain-containing protein


分子量: 13735.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7EMX2
#13: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase


分子量: 35993.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト)
参照: UniProt: A0A3Q7GX91, mitogen-activated protein kinase

-
40S head ribosomal protein ... , 5種, 5分子 GHJKM

#5: タンパク質 40S head ribosomal protein uS19


分子量: 17352.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7F5X2
#6: タンパク質 40S head ribosomal protein uS9


分子量: 16805.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GDB0
#8: タンパク質 40S head ribosomal protein uS13


分子量: 17574.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7FJL7
#9: タンパク質 40S head ribosomal protein eS19


分子量: 16056.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7FTS1
#11: タンパク質 40S head ribosomal protein eS28


分子量: 7551.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: K4B4Z0

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40S ribosomal protein ... , 3種, 3分子 INP

#7: タンパク質 40S ribosomal protein S17


分子量: 16251.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: P49215
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 6455.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A1U7V0A7
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 11995.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7F3F2

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糖 , 1種, 1分子

#20: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 265分子

#17: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#18: 化合物 ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE / プトレシン


分子量: 88.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N2
#19: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#21: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#22: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 40S head ribosomal subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#16 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 30.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4GctfCTF補正
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 335806 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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