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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qix | |||||||||||||||
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タイトル | Specific features and methylation sites of a plant ribosome. 40S body ribosomal subunit. | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Solanum lycopersicum / cytosolic ribosome / 80S / plant / rRNA | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / chloroplast / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / chloroplast / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Solanum lycopersicum (トマト) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Cottilli, P. / Itoh, Y. / Amunts, A. | |||||||||||||||
資金援助 | European Union, 4件
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引用 | ジャーナル: Plant Commun / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure and rRNA modification sites of a plant ribosome. 著者: Patrick Cottilli / Yuzuru Itoh / Yuko Nobe / Anton S Petrov / Purificación Lisón / Masato Taoka / Alexey Amunts / 要旨: Protein synthesis in crop plants contributes to the balance of food and fuel on our planet, which influences human metabolic activity and lifespan. Protein synthesis can be regulated with respect to ...Protein synthesis in crop plants contributes to the balance of food and fuel on our planet, which influences human metabolic activity and lifespan. Protein synthesis can be regulated with respect to changing environmental cues via the deposition of chemical modifications into rRNA. Here, we present the structure of a plant ribosome from tomato and a quantitative mass spectrometry analysis of its rRNAs. The study reveals fine features of the ribosomal proteins and 71 plant-specific rRNA modifications, and it re-annotates 30 rRNA residues in the available sequence. At the protein level, isoAsp is found in position 137 of uS11, and a zinc finger previously believed to be universal is missing from eL34, suggesting a lower effect of zinc deficiency on protein synthesis in plants. At the rRNA level, the plant ribosome differs markedly from its human counterpart with respect to the spatial distribution of modifications. Thus, it represents an additional layer of gene expression regulation, highlighting the molecular signature of a plant ribosome. The results provide a reference model of a plant ribosome for structural studies and an accurate marker for molecular ecology. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qix.cif.gz | 1.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qix.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qix.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qix_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qix_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7qix_validation.xml.gz | 98.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qix_validation.cif.gz | 170 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/7qix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/7qix | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-40S ribosomal protein ... , 12種, 12分子 EFHIKLNPUVWT
#3: タンパク質 | 分子量: 32216.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7H1U4 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 29741.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7I881 |
#6: タンパク質 | 分子量: 22088.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7H0E8 |
#7: タンパク質 | 分子量: 24918.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7HJ03 |
#9: タンパク質 | 分子量: 16265.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: P49215 |
#10: タンパク質 | 分子量: 9163.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7G7P4 |
#12: タンパク質 | 分子量: 14608.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GRY8 |
#14: タンパク質 | 分子量: 28384.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7HSH1 |
#18: タンパク質 | 分子量: 15445.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7I5D6 |
#19: タンパク質 | 分子量: 9620.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A1U8DQX3 |
#20: タンパク質 | 分子量: 6953.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A0V0GRY5 |
#21: タンパク質 | 分子量: 14551.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A1U7YEG5 |
-40S body ribosomal protein ... , 3種, 3分子 GMQ
#5: タンパク質 | 分子量: 29959.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) |
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#11: タンパク質 | 分子量: 15771.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: K4D3L7 |
#15: タンパク質 | 分子量: 23051.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: K4ATQ2 |
-タンパク質 , 3種, 3分子 JOR
#8: タンパク質 | 分子量: 17740.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: K4C998 |
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#13: タンパク質 | 分子量: 30630.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7G7F0 |
#16: タンパク質 | 分子量: 17099.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: K4CYU9 |
-Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 SX
#17: タンパク質 | 分子量: 16389.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: Q38JI8 |
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#22: タンパク質 | 分子量: 24786.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GQ29 |
-RNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 2D
#1: RNA鎖 | 分子量: 583160.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3445.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: K4C3A4 |
-非ポリマー , 4種, 650分子
#23: 化合物 | ChemComp-K / #24: 化合物 | ChemComp-MG / #25: 化合物 | ChemComp-ZN / | #26: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 40S body ribosomal subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#22 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Solanum lycopersicum (トマト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 30.2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 335806 / 対称性のタイプ: POINT |