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- PDB-7qiw: Specific features and methylation sites of a plant ribosome. 60S ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qiw
タイトルSpecific features and methylation sites of a plant ribosome. 60S ribosomal subunit.
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 21
  • (Ribosomal protein ...) x 4
  • (Ribosomal_L7Ae domain-containing ...) x 2
  • 25S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 50S ribosomal protein L22, chloroplastic
  • 5S rRNA
  • KOW domain-containing protein
  • Putative 60S ribosomal protein L27a-3-like
  • Ribos_L4_asso_C domain-containing protein
  • Ribosomal_L14e domain-containing protein
  • Ribosomal_L18_c domain-containing protein
  • Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein
  • Ribosomal_L23eN domain-containing protein
  • Ribosomal_L28e domain-containing protein
  • Ribosomal_L6e_N domain-containing protein
  • Similar to 60S ribosomal protein L35
  • TRASH domain-containing protein
  • Thaliana 60S ribosomal protein L7
  • Ubiquitin-like domain-containing protein
  • tRNA
キーワードRIBOSOME / Solanum lycopersicum / cytosolic ribosome / 80S / plant / rRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding ...protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L29e ...Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L30/YlxQ / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L6e / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L32e, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SPERMIDINE / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...: / SPERMIDINE / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Putative 60S ribosomal protein L27a-3-like / Ribosomal_L7Ae domain-containing protein / 60S ribosomal protein L32 / KOW domain-containing protein / Uncharacterized protein / 60S ribosomal protein L35a / Ribosomal protein L37 / Ribosomal eL28/Mak16 domain-containing protein / 60S ribosomal protein L34 / 60S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein uL6 N-terminal domain-containing protein / Ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein eL8/eL30/eS12/Gadd45 domain-containing protein / 60S ribosomal protein L27 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL18 C-terminal eukaryotes domain-containing protein / Ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein uL4 C-terminal domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein / 60S ribosomal protein L22 / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L21 / TRASH domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL23 N-terminal domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL14 domain-containing protein / 60S ribosomal protein L39 / 60S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL6 alpha-beta domain-containing protein / 60S ribosomal protein L31 / Uncharacterized protein / Ubiquitin-like domain-containing protein / 60S ribosomal protein L11 / 60S ribosomal protein L37a / 60S ribosomal protein L23 / Thaliana 60S ribosomal protein L7 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL38 / 60S ribosomal protein L10 / Similar to 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L3
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Cottilli, P. / Itoh, Y. / Amunts, A.
資金援助European Union, 4件
組織認可番号国
Swedish Research CouncilNT_2015-04107European Union
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230European Union
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)H2020-MSCA-IF-2017European Union
引用ジャーナル: Plant Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure and rRNA modification sites of a plant ribosome.
著者: Patrick Cottilli / Yuzuru Itoh / Yuko Nobe / Anton S Petrov / Purificación Lisón / Masato Taoka / Alexey Amunts /
要旨: Protein synthesis in crop plants contributes to the balance of food and fuel on our planet, which influences human metabolic activity and lifespan. Protein synthesis can be regulated with respect to ...Protein synthesis in crop plants contributes to the balance of food and fuel on our planet, which influences human metabolic activity and lifespan. Protein synthesis can be regulated with respect to changing environmental cues via the deposition of chemical modifications into rRNA. Here, we present the structure of a plant ribosome from tomato and a quantitative mass spectrometry analysis of its rRNAs. The study reveals fine features of the ribosomal proteins and 71 plant-specific rRNA modifications, and it re-annotates 30 rRNA residues in the available sequence. At the protein level, isoAsp is found in position 137 of uS11, and a zinc finger previously believed to be universal is missing from eL34, suggesting a lower effect of zinc deficiency on protein synthesis in plants. At the rRNA level, the plant ribosome differs markedly from its human counterpart with respect to the spatial distribution of modifications. Thus, it represents an additional layer of gene expression regulation, highlighting the molecular signature of a plant ribosome. The results provide a reference model of a plant ribosome for structural studies and an accurate marker for molecular ecology.
履歴
登録2021年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 60S ribosomal protein L8
F: Ribos_L4_asso_C domain-containing protein
E: Ribosomal protein L3
G: Ribosomal_L18_c domain-containing protein
H: Ribosomal_L6e_N domain-containing protein
I: Thaliana 60S ribosomal protein L7
J: Ribosomal_L7Ae domain-containing protein
K: 60S ribosomal protein uL6
L: 60S ribosomal protein L10
M: 60S ribosomal protein uL5
N: 60S ribosomal protein L13
O: Ribosomal_L14e domain-containing protein
P: Ribosomal protein L15
Q: 60S ribosomal protein uL13
R: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic
S: Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein
T: Ribosomal protein L19
U: 60S ribosomal protein L18a
V: 60S ribosomal protein eL21
W: 60S ribosomal protein eL22
X: 60S ribosomal protein uL14
Y: TRASH domain-containing protein
Z: Ribosomal_L23eN domain-containing protein
a: KOW domain-containing protein
b: 60S ribosomal protein L27
c: Putative 60S ribosomal protein L27a-3-like
d: 60S ribosomal protein L29
e: Ribosomal_L7Ae domain-containing protein
f: 60S ribosomal protein eL31
g: 60S ribosomal protein eL32
h: 60S ribosomal protein eL33
i: 60S ribosomal protein eL34
j: Similar to 60S ribosomal protein L35
k: 60S ribosomal protein L36
l: Ribosomal protein L37
m: 60S ribosomal protein L38
n: 60S ribosomal protein eL39
o: Ubiquitin-like domain-containing protein
p: 60S ribosomal protein eL42
q: 60S ribosomal protein eL43
r: Ribosomal_L28e domain-containing protein
s: tRNA
2: 25S rRNA
5: 5S rRNA
8: 5.8S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,992,651419
ポリマ－1,981,41145
非ポリマー11,241374
水70,8893935
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area476690 Å2
ΔGint-3041 kcal/mol
Surface area585150 Å2

-
要素

+
60S ribosomal protein ... , 21種, 21分子 DKLMNQUVWXbdfghikmnpq

#1: タンパク質 60S ribosomal protein L8 / L2 / Ribosomal protein TL2


分子量: 28331.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: P29766
#8: タンパク質 60S ribosomal protein uL6


分子量: 22004.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7JDZ0
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L10


分子量: 24913.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: Q3SC85
#10: タンパク質 60S ribosomal protein uL5


分子量: 20826.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: K4CG62
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 23620.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7JCM5
#14: タンパク質 60S ribosomal protein uL13


分子量: 23613.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A6N2B4A3
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 21476.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7IGB1
#19: タンパク質 60S ribosomal protein eL21


分子量: 18715.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7IJQ0
#20: タンパク質 60S ribosomal protein eL22


分子量: 13996.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7I7E8
#21: タンパク質 60S ribosomal protein uL14


分子量: 15040.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: K4CUW3
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15698.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GZ83
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 6989.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GK12
#29: タンパク質 60S ribosomal protein eL31


分子量: 13890.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7JRW8
#30: タンパク質 60S ribosomal protein eL32


分子量: 15673.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7F2B5
#31: タンパク質 60S ribosomal protein eL33


分子量: 12952.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7FPS6
#32: タンパク質 60S ribosomal protein eL34


分子量: 13815.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GDM4
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12406.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GUG2
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8101.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: P46291
#37: タンパク質 60S ribosomal protein eL39


分子量: 6489.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7J415
#39: タンパク質 60S ribosomal protein eL42


分子量: 12037.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7H1I0
#40: タンパク質 60S ribosomal protein eL43


分子量: 10280.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: K4CND1

-
タンパク質 , 14種, 14分子 FGHIORSYZacjor

#2: タンパク質 Ribos_L4_asso_C domain-containing protein


分子量: 44852.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7HW81
#4: タンパク質 Ribosomal_L18_c domain-containing protein


分子量: 34667.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7H274
#5: タンパク質 Ribosomal_L6e_N domain-containing protein


分子量: 25621.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GMA5
#6: タンパク質 Thaliana 60S ribosomal protein L7


分子量: 28057.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: M1BRF8
#12: タンパク質 Ribosomal_L14e domain-containing protein


分子量: 15400.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7J0J5
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L22, chloroplastic


分子量: 19785.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7FNQ5
#16: タンパク質 Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein


分子量: 20764.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7I5W4
#22: タンパク質 TRASH domain-containing protein


分子量: 18712.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7IN69
#23: タンパク質 Ribosomal_L23eN domain-containing protein


分子量: 17427.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7INK3
#24: タンパク質 KOW domain-containing protein


分子量: 16750.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: MKYNPRVSSSRRKSRKAHFTAPSSLRRVLMSAPLSSELRAKYSVRSMPVRKDDEVQVVRG TYKGREGKVVQVYRKKWVIHIERITREKVNGSTVNVGIHPSKVVISKLRLDKDRRSLLDR KAKGRAAADKDKGTKFTTEEIMQAID
由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7FBC6
#26: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L27a-3-like


分子量: 16479.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A0V0H357
#33: タンパク質 Similar to 60S ribosomal protein L35


分子量: 14324.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: Q53U38
#38: タンパク質 Ubiquitin-like domain-containing protein


分子量: 14745.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: K4B017
#41: タンパク質 Ribosomal_L28e domain-containing protein


分子量: 16018.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7FVJ9

-
Ribosomal protein ... , 4種, 4分子 EPTl

#3: タンパク質 Ribosomal protein L3


分子量: 44518.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: Q6SKP4
#13: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24233.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7HQH0
#17: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 24786.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GQ29
#35: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10809.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7FV98

-
Ribosomal L7Ae domain-containing ... , 2種, 2分子 Je

#7: タンパク質 Ribosomal_L7Ae domain-containing protein


分子量: 29362.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GV73
#28: タンパク質 Ribosomal_L7Ae domain-containing protein


分子量: 12367.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7E9D6

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 s258

#42: RNA鎖 tRNA


分子量: 589.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト)
#43: RNA鎖 25S rRNA


分子量: 1098453.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: GenBank: 2090998066
#44: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38634.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: GenBank: 19159
#45: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 53173.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: GenBank: 1418500722

-
非ポリマー , 6種, 4309分子

#46: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#47: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#48: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#49: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#50: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#51: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3935 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 60S ribosomal subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#45 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 30.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.19.2_4158:phenix.real_space_refine) / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4GctfCTF補正
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 335806 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: THROUGHOUT
原子変位パラメータBiso max: 77.84 Å2 / Biso mean: 13.508 Å2 / Biso min: 0.04 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002132906
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.414195711
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0324281
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00313438
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.23261976

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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