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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qcd | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of the Smc5/6-holocomplex (composite structure) | ||||||
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![]() | RECOMBINATION / Structural Maintenance of Chromosomes / SMC / holo-complex / stalled replication fork | ||||||
機能・相同性 | ![]() Smc5-Smc6 complex / resolution of DNA recombination intermediates / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / chromosome separation / SUMO ligase activity / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Platelet degranulation / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / chromatin looping / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの ...Smc5-Smc6 complex / resolution of DNA recombination intermediates / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / chromosome separation / SUMO ligase activity / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Platelet degranulation / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / chromatin looping / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / postreplication repair / SUMO transferase activity / recombinational repair / regulation of telomere maintenance / protein sumoylation / double-strand break repair via homologous recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / nuclear envelope / site of double-strand break / single-stranded DNA binding / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / DNA repair / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8 Å | ||||||
![]() | Hallett, S.T. / Oliver, A.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the Smc5/6 holo-complex. 著者: Stephen T Hallett / Isabella Campbell Harry / Pascale Schellenberger / Lihong Zhou / Nora B Cronin / Jonathan Baxter / Thomas J Etheridge / Johanne M Murray / Antony W Oliver / ![]() 要旨: The Smc5/6 complex plays an essential role in the resolution of recombination intermediates formed during mitosis or meiosis, or as a result of the cellular response to replication stress. It also ...The Smc5/6 complex plays an essential role in the resolution of recombination intermediates formed during mitosis or meiosis, or as a result of the cellular response to replication stress. It also functions as a restriction factor preventing viral replication. Here, we report the cryogenic EM (cryo-EM) structure of the six-subunit budding yeast Smc5/6 holo-complex, reconstituted from recombinant proteins expressed in insect cells - providing both an architectural overview of the entire complex and an understanding of how the Nse1/3/4 subcomplex binds to the hetero-dimeric SMC protein core. In addition, we demonstrate that a region within the head domain of Smc5, equivalent to the 'W-loop' of Smc4 or 'F-loop' of Smc1, mediates an important interaction with Nse1. Notably, mutations that alter the surface-charge profile of the region of Nse1 which accepts the Smc5-loop, lead to a slow-growth phenotype and a global reduction in the chromatin-associated fraction of the Smc5/6 complex, as judged by single molecule localisation microscopy experiments in live yeast. Moreover, when taken together, our data indicates functional equivalence between the structurally unrelated KITE and HAWK accessory subunits associated with SMC complexes. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 574.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 436.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 787.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 930.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 96.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 144.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 13895MC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Structural maintenance of chromosomes protein ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 126236.180 Da / 分子数: 1 / 変異: E1015Q / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Saccharomyces cerevisiase Smc5 fused to C-terminal FLAG-tag. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SMC5, YOL034W 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q08204 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 128198.742 Da / 分子数: 1 / 変異: E1048Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SMC6, RHC18, YLR383W, L3502.2 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q12749 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 CD
#3: タンパク質 | 分子量: 31817.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Saccharomyces cerevisiae Nse2 fused to N-terminal HA-tag. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MMS21, NSE2, YEL019C 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P38632, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの |
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#4: タンパク質 | 分子量: 40943.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Saccharomyces cerevisiae Nse1 fused to N-terminal TEV-cleavable His6-tag. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NSE1, YLR007W 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q07913, RING-type E3 ubiquitin transferase |
-Non-structural maintenance of chromosome element ... , 2種, 2分子 EF
#5: タンパク質 | 分子量: 34005.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Saccharomyces cerevisiae Nse3, untagged. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NSE3, YDR288W 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q05541 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 81441.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Saccharomyces cerevisiae Nse4 fused to a C-terminal HALO-myc tag. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NSE4, QRI2, YDL105W, D2354 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P43124 |
-非ポリマー , 1種, 3分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
#7: 化合物 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Smc5/6 holo-complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Glow-discharged for a period of 60 seconds at 15mA, PELCO easiGlow, Leica Microsystems, Germany. グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 293 K 詳細: Held in chamber for a period of 10 seconds, before blotting for 2.5 to 4.5 seconds (auto-sensor) then plunged into liquid ethane before being stored under liquid nitrogen. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 1.3 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 4 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 8 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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