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- PDB-7qca: Spraguea lophii ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qca
タイトルSpraguea lophii ribosome
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 23
  • (60S ribosomal protein ...) x 27
  • (Ribosomal protein ...) x 7
  • Guanine nucleotide binding protein beta subunit
  • RNA 23S
  • RNA 5S
  • RNA SSU
  • Ribosomal L29 protein
  • S60 ribosomal protein L10
  • Ubiquitin
  • Ubiquitin/40s ribosomal protein S27a fusion
  • eL14 LM0
  • eL37 LJJ
  • eS1 SB0
  • eS17 SR0
  • eS27 SBB
  • eS28 SCC
  • eS30 SEE
  • uL15 LAA
  • uS12 SX0
キーワードRIBOSOME / Microsporidia
機能・相同性
機能・相同性情報


translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / ribosome binding ...translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily ...Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L32e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S5 / 60S ribosomal protein L6 / 60S ribosomal protein L35a / 40S ribosomal protein S14 / Ribosomal protein L15 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S5 / 60S ribosomal protein L6 / 60S ribosomal protein L35a / 40S ribosomal protein S14 / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein L34 / 40S ribosomal protein S12 / 40S Ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S2 / 60S ribosomal protein L26 / 40S ribosomal protein S9 / 60s ribosomal protein L21 / 40s ribosomal protein s24 / 40S ribosomal protein S11 / 40S ribosomal protein S0 / 60S ribosomal protein L7 / Large ribosomal subunit protein eL22 / 40S ribosomal protein S20 / 40S ribosomal protein S26 / Ubiquitin/40s ribosomal protein S27a fusion / Ribosomal protein S21E / 60S ribosomal protein L20 / 60S ribosomal protein L18 / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S3 / 60S ribosomal protein L3 / 60S ribosomal protein L11 / S60 ribosomal protein L10 / 60S ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L4 / 60S ribosomal protein L17 / 40S ribosomal protein S16 / 60S ribosomal protein L36 / 60S ribosomal protein L3 / 60S ribosomal protein L23a / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S8 / 60S ribosomal protein L5 / 40S ribosomal protein S18 / 40S ribosomal protein S29 / 40S ribosomal protein S15A / 60S ribosomal protein L32 / Ribosomal protein S19 / 60S ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L9 / Ubiquitin / Ribosomal protein L24E / 60S ribosomal protein L39 / 60S ribosomal protein L27 / 40S ribosomal protein S10 / 60S ribosomal protein L8 / Ribosomal protein L13A / 40S ribosomal protein S7 / Guanine nucleotide binding protein beta subunit / 60S ribosomal protein L13 / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S13 / 60S ribosomal protein L31
類似検索 - 構成要素
生物種Spraguea lophii 42_110 (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Gil Diez, P. / McLaren, M. / Isupov, M.N. / Daum, B. / Conners, R. / Williams, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust212439/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2023
タイトル: CryoEM reveals that ribosomes in microsporidian spores are locked in a dimeric hibernating state
著者: McLaren, M. / Conners, R. / Isupov, M.N. / Gil-Diez, P. / Gambelli, L. / Gold, V.A.M. / Walter, A. / Connell, S.R. / Williams, B. / Daum, B.
履歴
登録2021年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / em_3d_fitting_list / refine
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low
改定 1.22023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L50: RNA 23S
L70: RNA 5S
LA0: 60S ribosomal protein L8
LAA: uL15 LAA
LB0: 60S ribosomal protein L3
LC0: 60S ribosomal protein L4
LCC: 60S ribosomal protein L3
LD0: 60S ribosomal protein L5
LDD: 60S ribosomal protein L31
LE0: 60S ribosomal protein L6
LEE: 60S ribosomal protein L32
LF0: 60S ribosomal protein L7
LFF: 60S ribosomal protein L35a
LG0: 60S ribosomal protein L8
LGG: Ribosomal protein L34
LH0: 60S ribosomal protein L9
LHH: Ribosomal L29 protein
LI0: S60 ribosomal protein L10
LII: 60S ribosomal protein L36
LJ0: 60S ribosomal protein L11
LJJ: eL37 LJJ
LL0: 60S ribosomal protein L13
LLL: 60S ribosomal protein L39
LM0: eL14 LM0
LMM: Ubiquitin
LN0: Ribosomal protein L15
LO0: Ribosomal protein L13A
LOO: 60S ribosomal protein L44
LP0: 60S ribosomal protein L17
LPP: 60S ribosomal protein L37a
LQ0: 60S ribosomal protein L18
LR0: 60S ribosomal protein L19
LS0: 60S ribosomal protein L20
LT0: 60s ribosomal protein L21
LU0: 60S ribosomal protein L22
LV0: Ribosomal protein L23
LW0: Ribosomal protein L24E
LX0: 60S ribosomal protein L23a
LY0: 60S ribosomal protein L26
LZ0: 60S ribosomal protein L27
S60: RNA SSU
SA0: 40S ribosomal protein S0
SAA: 40S ribosomal protein S26
SB0: eS1 SB0
SBB: eS27 SBB
SC0: 40S ribosomal protein S2
SCC: eS28 SCC
SD0: 40S ribosomal protein S3
SDD: 40S ribosomal protein S29
SE0: 40S ribosomal protein S4
SEE: eS30 SEE
SF0: 40S ribosomal protein S5
SFF: Ubiquitin/40s ribosomal protein S27a fusion
SG0: 40S ribosomal protein S6
SGG: Guanine nucleotide binding protein beta subunit
SH0: 40S ribosomal protein S7
SI0: 40S ribosomal protein S8
SJ0: 40S ribosomal protein S9
SK0: 40S ribosomal protein S10
SL0: 40S ribosomal protein S11
SM0: 40S ribosomal protein S12
SN0: 40S ribosomal protein S13
SO0: 40S ribosomal protein S14
SP0: Ribosomal protein S19
SQ0: 40S ribosomal protein S16
SR0: eS17 SR0
SS0: 40S ribosomal protein S18
ST0: 40S Ribosomal protein S19
SU0: 40S ribosomal protein S20
SV0: Ribosomal protein S21E
SW0: 40S ribosomal protein S15A
SX0: uS12 SX0
SY0: 40s ribosomal protein s24
SZ0: 40S ribosomal protein S25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,642,117442
ポリマ－2,629,85974
非ポリマー12,258368
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 L50L70S60

#1: RNA鎖 RNA 23S


分子量: 849039.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類)
#2: RNA鎖 RNA 5S


分子量: 38356.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類)
#41: RNA鎖 RNA SSU


分子量: 444812.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類)

+
60S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 LA0LB0LC0LCCLD0LDDLE0LEELF0LFFLG0LH0LIILJ0LL0LLLLOOLP0LPPLQ0LR0LS0LT0LU0LX0LY0LZ0

#3: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 27005.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_78 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類)
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L3


分子量: 44320.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_68 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XFB1
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L4


分子量: 37241.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_73 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7WCM8
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L3


分子量: 12484.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_69 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7WAY0
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L5


分子量: 33892.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_75 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XIG7
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 12854.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_2196 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XW48
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 20220.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_2210 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W5S3
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 16075.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_70 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XKE0
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L7


分子量: 27935.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_76 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W946
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L35a


分子量: 12757.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_71 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W662
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 23604.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_77 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XU63
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L9


分子量: 21538.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_79 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XRZ9
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 11350.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_72 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7WED1
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 19484.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_56 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7WB69
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 19513.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_32 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XVM9
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L39


分子量: 6227.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_2202 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XTP1
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L44


分子量: 11990.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_74 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XL20
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L17


分子量: 19114.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_58 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7WDR4
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L37a


分子量: 10151.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_2590 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類)
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L18


分子量: 21378.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_59 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7WAI2
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L19


分子量: 19549.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_60 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7WBY9
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L20


分子量: 20043.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_61 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7WAG4
#34: タンパク質 60s ribosomal protein L21


分子量: 18344.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_62 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W8F6
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L22


分子量: 12854.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_63 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W958
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L23a


分子量: 12557.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_64 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XFW8
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L26


分子量: 15026.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_65 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W884
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 18247.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_66 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XU08

-
タンパク質 , 14種, 14分子 LAALHHLI0LJJLM0LMMSB0SBBSCCSEESFFSGGSR0SX0

#4: タンパク質 uL15 LAA


分子量: 16609.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類)
#17: タンパク質 Ribosomal L29 protein


分子量: 14183.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_2194 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類)
#18: タンパク質 S60 ribosomal protein L10


分子量: 25142.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_1601 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7WBF8
#21: タンパク質 eL37 LJJ


分子量: 10517.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類)
#24: タンパク質 eL14 LM0


分子量: 14158.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_1179 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XVN9
#25: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 14563.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_2019 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XSQ3
#44: タンパク質 eS1 SB0


分子量: 25934.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類)
#45: タンパク質 eS27 SBB


分子量: 9189.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類)
#47: タンパク質 eS28 SCC


分子量: 7288.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類)
#51: タンパク質 eS30 SEE


分子量: 6816.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類)
#53: タンパク質 Ubiquitin/40s ribosomal protein S27a fusion


分子量: 16937.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_2039 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W9X5
#55: タンパク質 Guanine nucleotide binding protein beta subunit


分子量: 36182.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_2232 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XVG3
#66: タンパク質 eS17 SR0


分子量: 14055.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類)
#72: タンパク質 uS12 SX0


分子量: 15822.722 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類)

-
Ribosomal protein ... , 7種, 7分子 LGGLN0LO0LV0LW0SP0SV0

#15: タンパク質 Ribosomal protein L34


分子量: 12020.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_1567 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W7C6
#26: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24200.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_1565 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W7A2
#27: タンパク質 Ribosomal protein L13A


分子量: 22885.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_1564 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XUD8
#36: タンパク質 Ribosomal protein L23


分子量: 15239.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_2233 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XLC4
#37: タンパク質 Ribosomal protein L24E


分子量: 15342.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_1566 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XSY2
#64: タンパク質 Ribosomal protein S19


分子量: 18514.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_1570 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XKY9
#70: タンパク質 Ribosomal protein S21E


分子量: 7768.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_2726 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7WAC1

+
40S ribosomal protein ... , 23種, 23分子 SA0SAASC0SD0SDDSE0SF0SG0SH0SI0SJ0SK0SL0SM0SN0SO0SQ0SS0ST0SU0SW0SY0SZ0

#42: タンパク質 40S ribosomal protein S0


分子量: 26201.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_25 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W8R1
#43: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 11974.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_1572 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W9M7
#46: タンパク質 40S ribosomal protein S2


分子量: 27241.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_2189 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W7R5
#48: タンパク質 40S ribosomal protein S3


分子量: 27516.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_40 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7WAW0
#49: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 7891.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_2174 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XJB1
#50: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 31442.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_43 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XG51
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S5


分子量: 21982.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_44 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W4M9
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 26238.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_45 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類)
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 19132.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_46 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XV29
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 19912.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_47 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XGW2
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 21365.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_48 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W8E3
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S10


分子量: 12702.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_26 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XU48
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 18109.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_27 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W8R0
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 14343.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_28 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W7D2
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S13


分子量: 16191.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_29 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XVZ9
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S14


分子量: 14708.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_30 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W6I0
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S16


分子量: 16415.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_2103 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7WDU9
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 18171.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_33 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XJA1
#68: タンパク質 40S Ribosomal protein S19


分子量: 16603.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_34 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W7P5
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S20


分子量: 13777.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_35 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W986
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S15A


分子量: 14620.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_31 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XK92
#73: タンパク質 40s ribosomal protein s24


分子量: 17189.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_37 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W8J5
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 14777.071 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_1571 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7WAV8

-
非ポリマー , 3種, 368分子

#75: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#76: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#77: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#74 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Spraguea lophii 42_110 (菌類)
緩衝液pH: 7.5
詳細: Solution with HEPES, Potassium Acetate and Magnesium acetate was autoclaved. DTT was added fresh just before sample preparation.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHEPESHEPES1
2100 mMPotassium AcetateCH3CO2K1
31 mMDithiothreitolDTT1
415 mMMagnessium AcetateMg(C2H3O2)21
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monomeric ribosomes from Spraguea lophii
試料支持詳細: 20 mA. Carbon coated grid / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288.15 K / 詳細: blot force -1 and blot time 4 s

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
EM imaging

電子線源: FIELD EMISSION GUN / 照射モード: FLOOD BEAM / モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Specimen-ID: 1

ID加速電圧 (kV)モデル
1300TFS KRIOS
2200TFS TALOS
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル
1141.5GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
2241.34GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリImaging-ID
2EPU画像取得1
4Warp1.09CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9UCSF Chimeraモデルフィッティング
10UCSF ChimeraXモデルフィッティング
11MOLREPモデルフィッティング
12REFMACモデル精密化
14RELION3.1初期オイラー角割当
15RELION3.1最終オイラー角割当
16RELION3.1分類
17RELION3.1３次元再構成
30EPU画像取得2
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 977879
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 285940 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 6RM3

6rm3


Accession code: 6RM3 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 2.79→2.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.877 / WRfactor Rwork: 0.256 / SU B: 9.074 / SU ML: 0.169 / Average fsc overall: 0.8886 / Average fsc work: 0.8886 / ESU R: 0.168 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2561 3740202 -
all0.256 --
Rfree--0 %
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 79.767 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.139 Å20.139 Å20.036 Å2
2---0.25 Å2-0.102 Å2
3---0.389 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0060.011182727
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.8321.758265020
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg7.116510555
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg31.39821.3344475
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg13.4071517796
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg18.69115729
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1630.231079
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0080.02104414
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.1840.284948
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.2890.2227528
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.10.23066
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined0.0760.224
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it6.4459.27842442
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it11.1113.90452923
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it6.3737.227140285
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it10.33610.538212097
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it22.782131.401734220
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc workWRfactor Rwork
2.78-2.8520.4362768140.4362768140.7150.436
2.852-2.9310.4082704850.4082704850.7540.408
2.931-3.0150.3762617640.3762617640.7980.376
3.015-3.1080.342547710.342547710.840.34
3.108-3.210.3022473610.3022473610.8770.302
3.21-3.3230.2662385620.2662385620.9070.266
3.323-3.4480.2412304560.2412304560.9250.241
3.448-3.5890.232219300.232219300.9330.23
3.589-3.7490.2262125620.2262125620.9360.226
3.749-3.9320.222033900.222033900.9420.22
3.932-4.1440.2151933740.2151933740.9480.215
4.144-4.3960.2121822970.2121822970.9530.212
4.396-4.6990.2091718310.2091718310.9580.209
4.699-5.0750.2011601070.2011601070.960.201
5.075-5.560.21470780.21470780.9550.2
5.56-6.2160.2111329820.2111329820.9450.211
6.216-7.1770.2351173100.2351173100.930.235
7.177-8.7890.243988280.243988280.9280.243
8.789-12.4250.243764770.243764770.940.243
12.425-337.280.369418230.369418230.960.369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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