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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q5a | ||||||||||||
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タイトル | Lanreotide nanotube | ||||||||||||
要素 | Lanreotide | ||||||||||||
キーワード | HORMONE / Lanreotide / nanotube / assembly | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.46 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Pieri, L. / Wang, F. / Arteni, A.A. / Bressanelli, S. / Egelman, E.H. / Paternostre, M. | ||||||||||||
資金援助 | フランス, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Atomic structure of Lanreotide nanotubes revealed by cryo-EM. 著者: Laura Pieri / Fengbin Wang / Ana-Andreea Arteni / Matthijn Vos / Jean-Marie Winter / Marie-Hélène Le Du / Franck Artzner / Frédéric Gobeaux / Pierre Legrand / Yves Boulard / Stéphane ...著者: Laura Pieri / Fengbin Wang / Ana-Andreea Arteni / Matthijn Vos / Jean-Marie Winter / Marie-Hélène Le Du / Franck Artzner / Frédéric Gobeaux / Pierre Legrand / Yves Boulard / Stéphane Bressanelli / Edward H Egelman / Maité Paternostre / 要旨: Functional and versatile nano- and microassemblies formed by biological molecules are found at all levels of life, from cell organelles to full organisms. Understanding the chemical and ...Functional and versatile nano- and microassemblies formed by biological molecules are found at all levels of life, from cell organelles to full organisms. Understanding the chemical and physicochemical determinants guiding the formation of these assemblies is crucial not only to understand the biological processes they carry out but also to mimic nature. Among the synthetic peptides forming well-defined nanostructures, the octapeptide Lanreotide has been considered one of the best characterized, in terms of both the atomic structure and its self-assembly process. In the present work, we determined the atomic structure of Lanreotide nanotubes at 2.5-Å resolution by cryoelectron microscopy (cryo-EM). Surprisingly, the asymmetric unit in the nanotube contains eight copies of the peptide, forming two tetramers. There are thus eight different environments for the peptide, and eight different conformations in the nanotube. The structure built from the cryo-EM map is strikingly different from the molecular model, largely based on X-ray fiber diffraction, proposed 20 y ago. Comparison of the nanotube with a crystal structure at 0.83-Å resolution of a Lanreotide derivative highlights the polymorphism for this peptide family. This work shows once again that higher-order assemblies formed by even well-characterized small peptides are very difficult to predict. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7q5a.cif.gz | 26.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7q5a.ent.gz | 20.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7q5a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7q5a_validation.pdf.gz | 704.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7q5a_full_validation.pdf.gz | 703.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7q5a_validation.xml.gz | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7q5a_validation.cif.gz | 24.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/7q5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/7q5a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13830MC 7q5gC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10873 (タイトル: Atomic structure of Lanreotide nanotubes revealed by cryo-EM Data size: 362.5 Data #1: Lanreotide nanotube, subset of the final particles [picked particles - multiframe - processed]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 100
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1098.339 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Lanreotide / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 1.096 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
緩衝液 | pH: 6 |
緩衝液成分 | 濃度: 40 mg/ml / 名称: Pure water |
試料 | 濃度: 20 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: Current intensity 15 mA グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K / 詳細: Blot for 30 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 1.69 sec. / 電子線照射量: 39 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 19497 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / 色収差補正装置: No corrector / 詳細: Bioquantum + K3 camera / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 球面収差補正装置: No corrector |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 26.219 ° / 軸方向距離/サブユニット: 1.04 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 5109922 / 詳細: Template-based picking | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2264921 / クラス平均像の数: 20 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.52 Å2 |