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- PDB-7q5a: Lanreotide nanotube -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q5a
タイトルLanreotide nanotube
要素Lanreotide
キーワードHORMONE / Lanreotide / nanotube / assembly
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Pieri, L. / Wang, F. / Arteni, A.A. / Bressanelli, S. / Egelman, E.H. / Paternostre, M.
資金援助 フランス, 米国, 3件
組織認可番号国
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INSB-05-01 フランス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122510 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99GM138756 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Atomic structure of Lanreotide nanotubes revealed by cryo-EM.
著者: Laura Pieri / Fengbin Wang / Ana-Andreea Arteni / Matthijn Vos / Jean-Marie Winter / Marie-Hélène Le Du / Franck Artzner / Frédéric Gobeaux / Pierre Legrand / Yves Boulard / Stéphane ...著者: Laura Pieri / Fengbin Wang / Ana-Andreea Arteni / Matthijn Vos / Jean-Marie Winter / Marie-Hélène Le Du / Franck Artzner / Frédéric Gobeaux / Pierre Legrand / Yves Boulard / Stéphane Bressanelli / Edward H Egelman / Maité Paternostre /
要旨: Functional and versatile nano- and microassemblies formed by biological molecules are found at all levels of life, from cell organelles to full organisms. Understanding the chemical and ...Functional and versatile nano- and microassemblies formed by biological molecules are found at all levels of life, from cell organelles to full organisms. Understanding the chemical and physicochemical determinants guiding the formation of these assemblies is crucial not only to understand the biological processes they carry out but also to mimic nature. Among the synthetic peptides forming well-defined nanostructures, the octapeptide Lanreotide has been considered one of the best characterized, in terms of both the atomic structure and its self-assembly process. In the present work, we determined the atomic structure of Lanreotide nanotubes at 2.5-Å resolution by cryoelectron microscopy (cryo-EM). Surprisingly, the asymmetric unit in the nanotube contains eight copies of the peptide, forming two tetramers. There are thus eight different environments for the peptide, and eight different conformations in the nanotube. The structure built from the cryo-EM map is strikingly different from the molecular model, largely based on X-ray fiber diffraction, proposed 20 y ago. Comparison of the nanotube with a crystal structure at 0.83-Å resolution of a Lanreotide derivative highlights the polymorphism for this peptide family. This work shows once again that higher-order assemblies formed by even well-characterized small peptides are very difficult to predict.
履歴
登録2021年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lanreotide
B: Lanreotide
C: Lanreotide
D: Lanreotide
E: Lanreotide
F: Lanreotide
G: Lanreotide
H: Lanreotide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7878
ポリマ－8,7878
非ポリマー00
水00
1
A: Lanreotide
B: Lanreotide
C: Lanreotide
D: Lanreotide
E: Lanreotide
F: Lanreotide
G: Lanreotide
H: Lanreotide
x 100


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)878,671800
ポリマ－878,671800
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
point symmetry operation99

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Lanreotide


分子量: 1098.339 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Lanreotide / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 1.096 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 6
緩衝液成分濃度: 40 mg/ml / 名称: Pure water
試料濃度: 20 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Current intensity 15 mA
グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K / 詳細: Blot for 30 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 1.69 sec. / 電子線照射量: 39 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 19497
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / 色収差補正装置: No corrector / 詳細: Bioquantum + K3 camera / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 球面収差補正装置: No corrector
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.2粒子像選択
2EPU2.12.1.278REL画像取得FEI Thermofisher
4cryoSPARC3.2CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC3.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.2分類
13cryoSPARC3.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 26.219 ° / 軸方向距離/サブユニット: 1.04 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 5109922 / 詳細: Template-based picking
3次元再構成解像度: 2.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2264921 / クラス平均像の数: 20 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 18.52 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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