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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q3h | ||||||||||||
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タイトル | Pentameric ligand-gated ion channel, DeCLIC at pH 7 with 10 mM EDTA | ||||||||||||
要素 | Neur_chan_LBD domain-containing protein | ||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ion channel / ligand-gated channel / pentameric channel | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Desulfofustis sp. PB-SRB1 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lycksell, M. / Rovsnik, U. / Hanke, A. / Howard, R.J. / Lindahl, E. | ||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Biophysical characterization of calcium-binding and modulatory-domain dynamics in a pentameric ligand-gated ion channel. 著者: Marie Lycksell / Urška Rovšnik / Anton Hanke / Anne Martel / Rebecca J Howard / Erik Lindahl / 要旨: Pentameric ligand-gated ion channels (pLGICs) perform electrochemical signal transduction in organisms ranging from bacteria to humans. Among the prokaryotic pLGICs, there is architectural diversity ...Pentameric ligand-gated ion channels (pLGICs) perform electrochemical signal transduction in organisms ranging from bacteria to humans. Among the prokaryotic pLGICs, there is architectural diversity involving N-terminal domains (NTDs) not found in eukaryotic relatives, exemplified by the calcium-sensitive channel (DeCLIC) from a deltaproteobacterium, which has an NTD in addition to the canonical pLGIC structure. Here, we have characterized the structure and dynamics of DeCLIC through cryoelectron microscopy (cryo-EM), small-angle neutron scattering (SANS), and molecular dynamics (MD) simulations. In the presence and absence of calcium, cryo-EM yielded structures with alternative conformations of the calcium-binding site. SANS profiles further revealed conformational diversity at room temperature beyond that observed in static structures, shown through MD to be largely attributable to rigid-body motions of the NTD relative to the protein core, with expanded and asymmetric conformations improving the fit of the SANS data. This work reveals the range of motion available to the DeCLIC NTD and calcium-binding site, expanding the conformational landscape of the pLGIC family. Further, these findings demonstrate the power of combining low-resolution scattering, high-resolution structural, and MD simulation data to elucidate interfacial interactions that are highly conserved in the pLGIC family. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7q3h.cif.gz | 473.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7q3h.ent.gz | 389.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7q3h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7q3h_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7q3h_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7q3h_validation.xml.gz | 79.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7q3h_validation.cif.gz | 117.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/7q3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/7q3h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13792MC 7q3gC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 71733.992 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Desulfofustis sp. PB-SRB1 (バクテリア) 遺伝子: N839_03575 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V4JF97 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pentameric ligand-gated ion channel DeCLIC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 364.31 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Desulfofustis sp. PB-SRB1 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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