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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7po4 | ||||||||||||
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タイトル | Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome large subunit (largely unfolded rRNA with MALSU1, L0R8F8 and ACP) | ||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / Small subunit / mitochondrion / biogenesis / maturation | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / Complex I biogenesis / negative regulation of ribosome biogenesis / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / rRNA import into mitochondrion / Respiratory electron transport / mitochondrial transcription / mitochondrial translational elongation ...negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / Complex I biogenesis / negative regulation of ribosome biogenesis / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / rRNA import into mitochondrion / Respiratory electron transport / mitochondrial transcription / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / iron-sulfur cluster assembly complex / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation initiation / mitochondrial large ribosomal subunit binding / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / mitochondrial fission / mitochondrial large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase / [2Fe-2S] cluster assembly / mitochondrial small ribosomal subunit / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / iron-sulfur cluster assembly / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / ribosomal large subunit binding / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / acyl carrier activity / anatomical structure morphogenesis / RNA processing / Mitochondrial protein degradation / aerobic respiration / rescue of stalled ribosome / ribosomal large subunit biogenesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / fatty acid binding / mitochondrial membrane / fibrillar center / fatty acid biosynthetic process / double-stranded RNA binding / cell junction / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / endonuclease activity / cytosolic large ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / cytoplasmic translation / nuclear body / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / cell cycle / protein domain specific binding / nucleotide binding / mRNA binding / apoptotic process / synapse / calcium ion binding / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / RNA binding / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å | ||||||||||||
![]() | Itoh, Y. / Khawaja, A. / Rorbach, J. / Amunts, A. | ||||||||||||
資金援助 | European Union, 3件
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of mitoribosomal small subunit biogenesis and preinitiation. 著者: Yuzuru Itoh / Anas Khawaja / Ivan Laptev / Miriam Cipullo / Ilian Atanassov / Petr Sergiev / Joanna Rorbach / Alexey Amunts / ![]() ![]() ![]() 要旨: Mitoribosomes are essential for the synthesis and maintenance of bioenergetic proteins. Here we use cryo-electron microscopy to determine a series of the small mitoribosomal subunit (SSU) ...Mitoribosomes are essential for the synthesis and maintenance of bioenergetic proteins. Here we use cryo-electron microscopy to determine a series of the small mitoribosomal subunit (SSU) intermediates in complex with auxiliary factors, revealing a sequential assembly mechanism. The methyltransferase TFB1M binds to partially unfolded rRNA h45 that is promoted by RBFA, while the mRNA channel is blocked. This enables binding of METTL15 that promotes further rRNA maturation and a large conformational change of RBFA. The new conformation allows initiation factor mtIF3 to already occupy the subunit interface during the assembly. Finally, the mitochondria-specific ribosomal protein mS37 (ref. ) outcompetes RBFA to complete the assembly with the SSU-mS37-mtIF3 complex that proceeds towards mtIF2 binding and translation initiation. Our results explain how the action of step-specific factors modulate the dynamic assembly of the SSU, and adaptation of a unique protein, mS37, links the assembly to initiation to establish the catalytic human mitoribosome. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.9 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 220 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 384.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 13562MC ![]() 7pntC ![]() 7pnuC ![]() 7pnvC ![]() 7pnwC ![]() 7pnxC ![]() 7pnyC ![]() 7pnzC ![]() 7po0C ![]() 7po1C ![]() 7po2C ![]() 7po3C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 500671.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 22989.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() |
+39S ribosomal protein ... , 47種, 52分子 DEFHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ01235678...
-タンパク質 , 6種, 6分子 opqzazbzc
#47: タンパク質 | 分子量: 12292.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() |
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#48: タンパク質 | 分子量: 23674.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() |
#49: タンパク質 | 分子量: 25426.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() |
#53: タンパク質 | 分子量: 26203.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() |
#54: タンパク質 | 分子量: 8460.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() |
#55: タンパク質 | 分子量: 17434.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() |
-非ポリマー , 6種, 2589分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/8Q1.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/8Q1.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#56: 化合物 | ChemComp-MG / #57: 化合物 | ChemComp-K / #58: 化合物 | ChemComp-ZN / | #59: 化合物 | ChemComp-FES / | #60: 化合物 | ChemComp-8Q1 / | #61: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Assembly intermediate of the large subunit of human mitochondrial ribosome タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#55 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 297 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 31 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 20583 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1073141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 180400 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6ZM6 Accession code: 6ZM6 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |