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- PDB-7pkt: Large subunit of the Chlamydomonas reinhardtii mitoribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pkt
タイトルLarge subunit of the Chlamydomonas reinhardtii mitoribosome
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 2
  • (Mitochondrial ribosomal protein ...) x 6
  • KOW domain-containing protein,uL24m
  • L1 rRNA
  • L2a rRNA
  • L3a rRNA (5S)
  • L3b rRNA
  • L4 rRNA
  • L5 rRNA
  • L6 rRNA
  • L7 rRNA
  • L8 rRNA
  • PPR*
  • Plastid ribosomal protein L6
  • Ribosomal_L16 domain-containing protein
  • Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein
  • Ribosomal_L2_C domain-containing protein
  • Ribosomal_L30 domain-containing protein
  • Ribosomal_TL5_C domain-containing protein
  • Unk1
  • Unk2
  • bL21m
  • bL27m
  • bL28m
  • bL32m
  • bL34m
  • bL35m
  • bL36m
  • mL113
  • mL114
  • mL115
  • mL116
  • mL117
  • mL118
  • mL119
  • mL40
  • mL41
  • mL43
  • mL59/64
  • mL63/57/60
  • mL80
  • mL87
  • uL14m
  • uL22m
  • uL29m
  • uL3m
  • uL4m
  • uL5m
キーワードRIBOSOME / Mitochondria / mitoribosome / alga
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast rRNA processing / regulation of mitochondrial mRNA stability / ribonucleoprotein granule / mitochondrial RNA processing / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / chloroplast / large ribosomal subunit / transferase activity ...chloroplast rRNA processing / regulation of mitochondrial mRNA stability / ribonucleoprotein granule / mitochondrial RNA processing / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / chloroplast / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / mitochondrial matrix / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 domain superfamily / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal ...: / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 domain superfamily / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / L28p-like / : / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein L2, conserved site / : / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 3 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal protein L2, C-terminal / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding N-terminal domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal protein L2 / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain / Ribosomal protein L30p/L7e / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Ribosomal protein L15
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Large ribosomal subunit protein bL34m / Uncharacterized protein / Mitochondrial ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein uL4m / Flagellar associated protein / Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein ...FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Large ribosomal subunit protein bL34m / Uncharacterized protein / Mitochondrial ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein uL4m / Flagellar associated protein / Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL21m / KOW domain-containing protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL2 C-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL9c / Mitochondrial ribosomal protein L22 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial ribosomal protein L17 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL25 beta domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL3m / Ribosomal protein L27 / 50S ribosomal protein L20 / Predicted protein / Predicted protein / Predicted protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / 50S ribosomal protein L14 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL6 alpha-beta domain-containing protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial ribosomal protein L23 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial ribosomal protein L17
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Waltz, F. / Soufari, H. / Hashem, Y.
資金援助European Union, フランス, 4件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)TransTryp ID:759120European Union
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-11-LABX-0057_MITOCROSS フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)MITRA, ANR-16-CE11-0024-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)DAMIA, ANR-20-CE11-0021 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: How to build a ribosome from RNA fragments in Chlamydomonas mitochondria.
著者: Florent Waltz / Thalia Salinas-Giegé / Robert Englmeier / Herrade Meichel / Heddy Soufari / Lauriane Kuhn / Stefan Pfeffer / Friedrich Förster / Benjamin D Engel / Philippe Giegé / ...著者: Florent Waltz / Thalia Salinas-Giegé / Robert Englmeier / Herrade Meichel / Heddy Soufari / Lauriane Kuhn / Stefan Pfeffer / Friedrich Förster / Benjamin D Engel / Philippe Giegé / Laurence Drouard / Yaser Hashem /
要旨: Mitochondria are the powerhouse of eukaryotic cells. They possess their own gene expression machineries where highly divergent and specialized ribosomes, named hereafter mitoribosomes, translate the ...Mitochondria are the powerhouse of eukaryotic cells. They possess their own gene expression machineries where highly divergent and specialized ribosomes, named hereafter mitoribosomes, translate the few essential messenger RNAs still encoded by mitochondrial genomes. Here, we present a biochemical and structural characterization of the mitoribosome in the model green alga Chlamydomonas reinhardtii, as well as a functional study of some of its specific components. Single particle cryo-electron microscopy resolves how the Chlamydomonas mitoribosome is assembled from 13 rRNA fragments encoded by separate non-contiguous gene pieces. Additional proteins, mainly OPR, PPR and mTERF helical repeat proteins, are found in Chlamydomonas mitoribosome, revealing the structure of an OPR protein in complex with its RNA binding partner. Targeted amiRNA silencing indicates that these ribosomal proteins are required for mitoribosome integrity. Finally, we use cryo-electron tomography to show that Chlamydomonas mitoribosomes are attached to the inner mitochondrial membrane via two contact points mediated by Chlamydomonas-specific proteins. Our study expands our understanding of mitoribosome diversity and the various strategies these specialized molecular machines adopt for membrane tethering.
履歴
登録2021年8月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: Ribosomal_L2_C domain-containing protein
b: uL3m
c: uL4m
d: uL5m
f: 50S ribosomal protein L9, chloroplastic
i: Mitochondrial ribosomal protein L13
j: uL14m
k: Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein
l: Ribosomal_L16 domain-containing protein
m: Mitochondrial ribosomal protein L17,bL17m
n: Mitochondrial ribosomal protein L19
o: 50S ribosomal protein L20
p: bL21m
q: uL22m
r: Mitochondrial ribosomal protein L23
s: KOW domain-containing protein,uL24m
t: Ribosomal_TL5_C domain-containing protein
u: bL27m
v: bL28m
w: uL29m
x: Ribosomal_L30 domain-containing protein
y: bL32m
z: Mitochondrial ribosomal protein L33
A: bL34m
B: bL35m
e: Plastid ribosomal protein L6
D: mL40
E: mL41
F: mL43
G: Mitochondrial ribosomal protein L17
I: mL63/57/60
J: mL59/64
K: mL80
L: mL87
C: bL36m
M: mL113
N: mL114
O: mL115
P: mL116
Q: mL117
R: mL118
S: mL119
X: Unk1
Y: PPR*
Z: Unk2
1: L1 rRNA
2: L2a rRNA
0: L3a rRNA (5S)
3: L3b rRNA
4: L4 rRNA
5: L5 rRNA
6: L6 rRNA
7: L7 rRNA
8: L8 rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,926,381125
ポリマ－1,924,46354
非ポリマー1,91871
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 34種, 34分子 abcdjklpqstuvwxyABeDEFIJKLMNOP...

#1: タンパク質 Ribosomal_L2_C domain-containing protein


分子量: 41087.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DL58
#2: タンパク質 uL3m


分子量: 44936.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3E681
#3: タンパク質 uL4m


分子量: 45910.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D422
#4: タンパク質 uL5m


分子量: 23054.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DYN2
#7: タンパク質 uL14m


分子量: 13356.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IYH4
#8: タンパク質 Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein


分子量: 35532.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D8F3
#9: タンパク質 Ribosomal_L16 domain-containing protein


分子量: 27922.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DP67
#13: タンパク質 bL21m


分子量: 40170.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DDN8
#14: タンパク質 uL22m


分子量: 39180.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DSG6
#16: タンパク質 KOW domain-containing protein,uL24m


分子量: 31164.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DJU3
#17: タンパク質 Ribosomal_TL5_C domain-containing protein


分子量: 38730.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3E0K7
#18: タンパク質 bL27m


分子量: 18010.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: N-ter is extend compared to A0A2K3E880,N-ter is extend compared to A0A2K3E880,N-ter is extend compared to A0A2K3E880,N-ter is extend compared to A0A2K3E880
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3E880
#19: タンパク質 bL28m


分子量: 17000.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D077
#20: タンパク質 uL29m


分子量: 14799.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HUW1
#21: タンパク質 Ribosomal_L30 domain-containing protein


分子量: 24367.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DSP9
#22: タンパク質 bL32m


分子量: 13370.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JGW4
#24: タンパク質 bL34m


分子量: 29646.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CX36
#25: タンパク質 bL35m


分子量: 17493.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DKX8
#26: タンパク質 Plastid ribosomal protein L6


分子量: 22275.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J503
#27: タンパク質 mL40


分子量: 17749.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D9N2
#28: タンパク質 mL41


分子量: 12623.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J2J1
#29: タンパク質 mL43


分子量: 16217.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HW20
#31: タンパク質 mL63/57/60


分子量: 14645.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IS96
#32: タンパク質 mL59/64


分子量: 14372.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HPK3
#33: タンパク質 mL80


分子量: 27176.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DBX4
#34: タンパク質 mL87


分子量: 23535.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J535
#36: タンパク質 mL113


分子量: 84437.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DVD3
#37: タンパク質 mL114


分子量: 48757.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DR53
#38: タンパク質 mL115


分子量: 72344.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J070
#39: タンパク質 mL116


分子量: 53018.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DXQ3
#40: タンパク質 mL117


分子量: 75804.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CXJ4
#41: タンパク質 mL118


分子量: 64122.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DTE5
#42: タンパク質 mL119


分子量: 36808.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D424
#44: タンパク質 PPR*


分子量: 14656.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

-
50S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 fo

#5: タンパク質 50S ribosomal protein L9, chloroplastic / CL9


分子量: 30622.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DRF9
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13140.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HNL1

-
Mitochondrial ribosomal protein ... , 6種, 6分子 imnrzG

#6: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L13


分子量: 29714.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J810
#10: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L17,bL17m


分子量: 21380.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The protein is a mixture of A0A2K3DXS2 and A8JH49,The protein is a mixture of A0A2K3DXS2 and A8JH49
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JH49, UniProt: A0A2K3DXS2
#11: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L19


分子量: 33412.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I7A8
#15: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L23


分子量: 25593.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J6R9
#23: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L33


分子量: 6864.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J9C3
#30: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L17


分子量: 27320.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IWI1

-
タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 CXZ

#35: タンパク質・ペプチド bL36m


分子量: 3081.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#43: タンパク質・ペプチド Unk1


分子量: 2656.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#45: タンパク質・ペプチド Unk2


分子量: 4188.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

-
RNA鎖 , 9種, 9分子 120345678

#46: RNA鎖 L1 rRNA


分子量: 51976.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#47: RNA鎖 L2a rRNA


分子量: 27512.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#48: RNA鎖 L3a rRNA (5S)


分子量: 24033.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#49: RNA鎖 L3b rRNA


分子量: 59395.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#50: RNA鎖 L4 rRNA


分子量: 38253.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#51: RNA鎖 L5 rRNA


分子量: 47720.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#52: RNA鎖 L6 rRNA


分子量: 43923.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#53: RNA鎖 L7 rRNA


分子量: 186482.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#54: RNA鎖 L8 rRNA


分子量: 132907.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

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非ポリマー , 3種, 71分子

#55: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#56: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#57: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Large subunit of the mitochondrial ribosome of Chlamydomonas reinhardtii
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#54 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
Organelle: Mitochondria
緩衝液pH: 7.6
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
画像スキャン動画フレーム数/画像: 65

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
2SerialEM画像取得
11RELION分類
12RELION３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101291 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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