+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pkq | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Small subunit of the Chlamydomonas reinhardtii mitoribosome | |||||||||||||||
要素 |
| |||||||||||||||
キーワード | RIBOSOME / Mitochondria / mitoribosome / alga | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex ...mitochondrial small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Waltz, F. / Soufari, H. / Hashem, Y. | |||||||||||||||
資金援助 | フランス, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The Chlamydomonas mitochondrial ribosome: how to build a ribosome from RNA fragments 著者: Waltz, F. / Salinas-Giege, T. / Englmeier, R. / Meichel, H. / Soufari, H. / Kuhn, L. / Pfeffer, S. / Foerster, F. / Engel, B.D. / Giege, P. / Drouard, L. / Hashem, Y. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pkq.cif.gz | 1.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7pkq.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pkq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7pkq_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7pkq_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7pkq_validation.xml.gz | 165.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7pkq_validation.cif.gz | 279.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/7pkq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/7pkq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13477MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
+タンパク質 , 34種, 36分子 BCDKLMNOPVWXYZdprwabeozvqlhkju...
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 U
#8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2826.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
---|
-Mitochondrial ribosomal protein ... , 3種, 3分子 fmn
#15: タンパク質 | 分子量: 13661.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8JGX6 |
---|---|
#34: タンパク質 | 分子量: 13758.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8J3J1 |
#35: タンパク質 | 分子量: 13009.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8J6P9 |
-RNA鎖 , 4種, 4分子 1423
#19: RNA鎖 | 分子量: 32590.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: GenBank: 12503 |
---|---|
#20: RNA鎖 | 分子量: 133231.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
#21: RNA鎖 | 分子量: 68527.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: GenBank: 12503 |
#22: RNA鎖 | 分子量: 126928.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: GenBank: 12503 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Small subunit of the Chlamydomonas reinhardtii mitochondrial ribosome タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) Organelle: Mitochondrion |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40131 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT |