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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pk6 | |||||||||
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タイトル | Providencia stuartii Arginine decarboxylase (Adc), stack structure | |||||||||
要素 | Biodegradative arginine decarboxylase | |||||||||
キーワード | LYASE / Decarboxylase / LAOdc / PLP-dependant enzyme / Adc | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 arginine decarboxylase / arginine decarboxylase activity / amino acid metabolic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Providencia stuartii (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Jessop, M. / Desfosses, A. / Bacia-Verloop, M. / Gutsche, I. | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: Structural and biochemical characterisation of the Providencia stuartii arginine decarboxylase shows distinct polymerisation and regulation. 著者: Matthew Jessop / Karine Huard / Ambroise Desfosses / Guillaume Tetreau / Diego Carriel / Maria Bacia-Verloop / Caroline Mas / Philippe Mas / Angélique Fraudeau / Jacques-Philippe Colletier / Irina Gutsche / 要旨: Bacterial homologous lysine and arginine decarboxylases play major roles in the acid stress response, physiology, antibiotic resistance and virulence. The Escherichia coli enzymes are considered as ...Bacterial homologous lysine and arginine decarboxylases play major roles in the acid stress response, physiology, antibiotic resistance and virulence. The Escherichia coli enzymes are considered as their archetypes. Whereas acid stress triggers polymerisation of the E. coli lysine decarboxylase LdcI, such behaviour has not been observed for the arginine decarboxylase Adc. Here we show that the Adc from a multidrug-resistant human pathogen Providencia stuartii massively polymerises into filaments whose cryo-EM structure reveals pronounced differences between Adc and LdcI assembly mechanisms. While the structural determinants of Adc polymerisation are conserved only in certain Providencia and Burkholderia species, acid stress-induced polymerisation of LdcI appears general for enterobacteria. Analysis of the expression, activity and oligomerisation of the P. stuartii Adc further highlights the distinct properties of this unusual protein and lays a platform for future investigation of the role of supramolecular assembly in the superfamily or arginine and lysine decarboxylases. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pk6.cif.gz | 2.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pk6.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7pk6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7pk6_validation.pdf.gz | 966.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7pk6_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7pk6_validation.xml.gz | 322.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7pk6_validation.cif.gz | 462.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/7pk6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/7pk6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13466MC 7p9bC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 86150.250 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Providencia stuartii (バクテリア) 遺伝子: adiA, NCTC11800_00068, NCTC12257_03729 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A379GV98, arginine decarboxylase 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Stacked decamer form of P. stuartii Adc / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.858 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Providencia stuartii (バクテリア) / 株: ATCC 29914 |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 6.5 詳細: 25 mM MES, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.1 mM PLP, pH 6.5 |
試料 | 濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 215000 X |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 10023 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 438429 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D5 (2回x5回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 268579 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL |