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- PDB-7phr: Structure of a fully assembled T-cell receptor engaging a tumor-a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7phr
タイトルStructure of a fully assembled T-cell receptor engaging a tumor-associated peptide-MHC I
要素
  • (T-cell receptor ...) x 2
  • (T-cell surface glycoprotein CD3 ...) x 4
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
  • Tumor-associated antigentic peptide gp100
キーワードIMMUNE SYSTEM / T-cell receptor / TCR / Major Histocompatibility Complex / MHC / Antigen / Adaptive Immunity / Cancer / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / cis-Golgi network membrane / positive regulation of melanin biosynthetic process / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Fc-gamma receptor signaling pathway ...regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / cis-Golgi network membrane / positive regulation of melanin biosynthetic process / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Fc-gamma receptor signaling pathway / gamma-delta T cell activation / negative thymic T cell selection / melanin biosynthetic process / melanosome membrane / multivesicular body, internal vesicle / melanosome organization / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / multivesicular body membrane / alpha-beta T cell receptor complex / positive thymic T cell selection / positive regulation of protein localization to cell surface / signal complex assembly / Nef and signal transduction / positive regulation of cell-matrix adhesion / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / T cell receptor complex / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / smoothened signaling pathway / establishment or maintenance of cell polarity / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / positive regulation of interleukin-4 production / dendrite development / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / TAP binding / FCGR activation / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / PD-1 signaling / Role of phospholipids in phagocytosis / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / positive regulation of calcium-mediated signaling / negative regulation of smoothened signaling pathway / detection of bacterium / positive regulation of T cell proliferation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / T cell costimulation / T cell activation / positive regulation of interleukin-2 production / bioluminescence / cerebellum development / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / protein tyrosine kinase binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / generation of precursor metabolites and energy / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / calcium-mediated signaling / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / apoptotic signaling pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / FCGR3A-mediated phagocytosis / cellular response to iron(III) ion / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex
類似検索 - 分子機能
PKD- and KLD-Associated Transmembrane / PKAT, KLD domain / PKAT, KLD domain / PKD domain / CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit ...PKD- and KLD-Associated Transmembrane / PKAT, KLD domain / PKAT, KLD domain / PKD domain / CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Melanocyte protein PMEL / Green fluorescent protein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Susac, L. / Thomas, C. / Tampe, R.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)CRC 807/P16 No. 57566863 ドイツ
German Research Foundation (DFG)TA157/12-1 ドイツ
European Research Council (ERC)Advanced Grant No. 789121 ドイツ
Wellcome Trust207547/Z/17/Z ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Structure of a fully assembled tumor-specific T cell receptor ligated by pMHC.
著者: Lukas Sušac / Mai T Vuong / Christoph Thomas / Sören von Bülow / Caitlin O'Brien-Ball / Ana Mafalda Santos / Ricardo A Fernandes / Gerhard Hummer / Robert Tampé / Simon J Davis /
要旨: The T cell receptor (TCR) expressed by T lymphocytes initiates protective immune responses to pathogens and tumors. To explore the structural basis of how TCR signaling is initiated when the ...The T cell receptor (TCR) expressed by T lymphocytes initiates protective immune responses to pathogens and tumors. To explore the structural basis of how TCR signaling is initiated when the receptor binds to peptide-loaded major histocompatibility complex (pMHC) molecules, we used cryogenic electron microscopy to determine the structure of a tumor-reactive TCRαβ/CD3δγεζ complex bound to a melanoma-specific human class I pMHC at 3.08 Å resolution. The antigen-bound complex comprises 11 subunits stabilized by multivalent interactions across three structural layers, with clustered membrane-proximal cystines stabilizing the CD3-εδ and CD3-εγ heterodimers. Extra density sandwiched between transmembrane helices reveals the involvement of sterol lipids in TCR assembly. The geometry of the pMHC/TCR complex suggests that efficient TCR scanning of pMHC requires accurate pre-positioning of T cell and antigen-presenting cell membranes. Comparisons of the ligand-bound and unliganded receptors, along with molecular dynamics simulations, indicate that TCRs can be triggered in the absence of spontaneous structural rearrangements.
履歴
登録2021年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell receptor alpha chain
B: T-cell receptor beta chain
C: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
D: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain, green fluorescent protein
E: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
H: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
L: Beta-2-microglobulin
P: Tumor-associated antigentic peptide gp100
Z: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
e: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
z: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,50317
ポリマ－201,17611
非ポリマー1,3276
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, gel filtration, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area34150 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area65060 Å2
手法PISA

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要素

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T-cell receptor ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 T-cell receptor alpha chain


分子量: 27979.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: タンパク質 T-cell receptor beta chain


分子量: 32750.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
T-cell surface glycoprotein CD3 ... , 4種, 6分子 CDEeZz

#3: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / T-cell receptor T3 gamma chain


分子量: 13713.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3G, T3G
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P09693
#4: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain, green fluorescent protein / T-cell receptor T3 delta chain


分子量: 39858.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: CD3D, T3D, GFP
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P04234, UniProt: P42212
#5: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell surface antigen T3/Leu-4 epsilon chain


分子量: 15316.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3E, T3E
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P07766
#9: タンパク質・ペプチド T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / T-cell receptor T3 zeta chain


分子量: 4138.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD247, CD3Z, T3Z, TCRZ
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P20963

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タンパク質 , 2種, 2分子 HL

#6: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Human leukocyte antigen A / HLA-A


分子量: 35054.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04439
#7: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11936.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 7分子 P

#10: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: タンパク質・ペプチド Tumor-associated antigentic peptide gp100 / ME20-M / ME20M / Melanocyte protein Pmel 17 / Melanocytes lineage-specific antigen GP100 / Melanoma- ...ME20-M / ME20M / Melanocyte protein Pmel 17 / Melanocytes lineage-specific antigen GP100 / Melanoma-associated ME20 antigen / P1 / P100 / Premelanosome protein / Silver locus protein homolog / Melanocyte protein PMEL


分子量: 974.107 Da / 分子数: 1 / Mutation: A9V / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40967

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Fully assembled T-cell receptor engaging a tumor-associated peptide-MHC I
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21Aequorea victoria (オワンクラゲ)6100
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)10029
21Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 61 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 154408 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00611778
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.76815989
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.5454261
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.051774
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042045

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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