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万見
- PDB-7phr: Structure of a fully assembled T-cell receptor engaging a tumor-a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7phr
タイトルStructure of a fully assembled T-cell receptor engaging a tumor-associated peptide-MHC I
要素
  • (T-cell receptor ...) x 2
  • (T-cell surface glycoprotein CD3 ...) x 4
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
  • Tumor-associated antigentic peptide gp100
キーワードIMMUNE SYSTEM / T-cell receptor / TCR / Major Histocompatibility Complex / MHC / Antigen / Adaptive Immunity / Cancer / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / positive regulation of melanin biosynthetic process / T cell anergy / melanin biosynthetic process / positive regulation of T cell anergy / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / Fc-gamma receptor signaling pathway ...regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / positive regulation of melanin biosynthetic process / T cell anergy / melanin biosynthetic process / positive regulation of T cell anergy / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / Fc-gamma receptor signaling pathway / gamma-delta T cell activation / negative thymic T cell selection / melanosome membrane / multivesicular body, internal vesicle / cis-Golgi network membrane / multivesicular body membrane / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / melanosome organization / positive thymic T cell selection / signal complex assembly / positive regulation of protein localization to cell surface / Nef and signal transduction / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / T cell receptor complex / positive regulation of cell-matrix adhesion / smoothened signaling pathway / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of interleukin-4 production / CD8 receptor binding / dendrite development / establishment or maintenance of cell polarity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / protein complex oligomerization / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / alpha-beta T cell activation / beta-2-microglobulin binding / FCGR activation / Generation of second messenger molecules / endoplasmic reticulum exit site / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / TAP binding / Role of phospholipids in phagocytosis / detection of bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / positive regulation of interleukin-2 production / T cell receptor binding / T cell costimulation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of calcium-mediated signaling / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / early endosome lumen / protein tyrosine kinase binding / cerebellum development / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / bioluminescence / T cell activation / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / FCGR3A-mediated phagocytosis / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / negative regulation of smoothened signaling pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / generation of precursor metabolites and energy / regulation of iron ion transport / apoptotic signaling pathway / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / calcium-mediated signaling / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / transferrin transport / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / SH3 domain binding
類似検索 - 分子機能
PKD- and KLD-Associated Transmembrane / PKAT, KLD domain / : / PKAT, KLD domain / PMEL/NMB N-terminal domain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / PKD domain / CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain ...PKD- and KLD-Associated Transmembrane / PKAT, KLD domain / : / PKAT, KLD domain / PMEL/NMB N-terminal domain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / PKD domain / CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / Green fluorescent protein, GFP / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Melanocyte protein PMEL / Green fluorescent protein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Susac, L. / Thomas, C. / Tampe, R.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)CRC 807/P16 No. 57566863 ドイツ
German Research Foundation (DFG)TA157/12-1 ドイツ
European Research Council (ERC)Advanced Grant No. 789121 ドイツ
Wellcome Trust207547/Z/17/Z ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Structure of a fully assembled tumor-specific T cell receptor ligated by pMHC.
著者: Lukas Sušac / Mai T Vuong / Christoph Thomas / Sören von Bülow / Caitlin O'Brien-Ball / Ana Mafalda Santos / Ricardo A Fernandes / Gerhard Hummer / Robert Tampé / Simon J Davis /
要旨: The T cell receptor (TCR) expressed by T lymphocytes initiates protective immune responses to pathogens and tumors. To explore the structural basis of how TCR signaling is initiated when the ...The T cell receptor (TCR) expressed by T lymphocytes initiates protective immune responses to pathogens and tumors. To explore the structural basis of how TCR signaling is initiated when the receptor binds to peptide-loaded major histocompatibility complex (pMHC) molecules, we used cryogenic electron microscopy to determine the structure of a tumor-reactive TCRαβ/CD3δγεζ complex bound to a melanoma-specific human class I pMHC at 3.08 Å resolution. The antigen-bound complex comprises 11 subunits stabilized by multivalent interactions across three structural layers, with clustered membrane-proximal cystines stabilizing the CD3-εδ and CD3-εγ heterodimers. Extra density sandwiched between transmembrane helices reveals the involvement of sterol lipids in TCR assembly. The geometry of the pMHC/TCR complex suggests that efficient TCR scanning of pMHC requires accurate pre-positioning of T cell and antigen-presenting cell membranes. Comparisons of the ligand-bound and unliganded receptors, along with molecular dynamics simulations, indicate that TCRs can be triggered in the absence of spontaneous structural rearrangements.
履歴
登録2021年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月31日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月31日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell receptor alpha chain
B: T-cell receptor beta chain
C: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
D: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain, green fluorescent protein
E: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
H: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
L: Beta-2-microglobulin
P: Tumor-associated antigentic peptide gp100
Z: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
e: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
z: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,50317
ポリマ－201,17611
非ポリマー1,3276
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, gel filtration, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area34150 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area65060 Å2
手法PISA

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要素

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T-cell receptor ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 T-cell receptor alpha chain


分子量: 27979.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: タンパク質 T-cell receptor beta chain


分子量: 32750.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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T-cell surface glycoprotein CD3 ... , 4種, 6分子 CDEeZz

#3: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / T-cell receptor T3 gamma chain


分子量: 13713.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3G, T3G
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P09693
#4: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain, green fluorescent protein / T-cell receptor T3 delta chain


分子量: 39858.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: CD3D, T3D, GFP
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P04234, UniProt: P42212
#5: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell surface antigen T3/Leu-4 epsilon chain


分子量: 15316.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3E, T3E
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P07766
#9: タンパク質・ペプチド T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / T-cell receptor T3 zeta chain


分子量: 4138.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD247, CD3Z, T3Z, TCRZ
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P20963

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タンパク質 , 2種, 2分子 HL

#6: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Human leukocyte antigen A / HLA-A


分子量: 35054.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04439
#7: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11936.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 7分子 P

#10: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: タンパク質・ペプチド Tumor-associated antigentic peptide gp100 / ME20-M / ME20M / Melanocyte protein Pmel 17 / Melanocytes lineage-specific antigen GP100 / Melanoma- ...ME20-M / ME20M / Melanocyte protein Pmel 17 / Melanocytes lineage-specific antigen GP100 / Melanoma-associated ME20 antigen / P1 / P100 / Premelanosome protein / Silver locus protein homolog / Melanocyte protein PMEL


分子量: 974.107 Da / 分子数: 1 / Mutation: A9V / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40967

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Fully assembled T-cell receptor engaging a tumor-associated peptide-MHC I
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21Aequorea victoria (オワンクラゲ)6100
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)10029
21Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 61 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 154408 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00611778
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.76815989
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.5454261
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.051774
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042045

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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