PDB-7p1t: Cryo-EM structure of encapsulin from Mycobacterium tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p1t

タイトル

Cryo-EM structure of encapsulin from Mycobacterium tuberculosis

要素

29 kDa antigen, Cfp29

キーワード

VIRUS LIKE PARTICLE / encapsulin / cfp29 / nanocompartment

機能・相同性

Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidase activity / defense response to bacterium / 29 kDa antigen, Cfp29

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Lewis, C.J. / Berger, C. / Ravelli, R.B.G.

資金援助

オランダ, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Encapsulins in mycobacteria: from single particle to in situ
著者: Lewis, C.J. / Berger, C. / Gao, Y. / Lopez-Iglesias, C. / Peters, P.J. / Ravelli, R.B.G.

履歴

登録	2021年7月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p1t.cif.gz	2.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p1t.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p1t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7p1t_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p1t_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7p1t_validation.xml.gz	300.4 KB	表示
CIF形式データ	7p1t_validation.cif.gz	360.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/7p1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/7p1t	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	13164MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 29 kDa antigen, Cfp29

B: 29 kDa antigen, Cfp29

C: 29 kDa antigen, Cfp29

D: 29 kDa antigen, Cfp29

E: 29 kDa antigen, Cfp29

F: 29 kDa antigen, Cfp29

G: 29 kDa antigen, Cfp29

H: 29 kDa antigen, Cfp29

I: 29 kDa antigen, Cfp29

J: 29 kDa antigen, Cfp29

K: 29 kDa antigen, Cfp29

L: 29 kDa antigen, Cfp29

M: 29 kDa antigen, Cfp29

N: 29 kDa antigen, Cfp29

O: 29 kDa antigen, Cfp29

P: 29 kDa antigen, Cfp29

Q: 29 kDa antigen, Cfp29

R: 29 kDa antigen, Cfp29

S: 29 kDa antigen, Cfp29

T: 29 kDa antigen, Cfp29

U: 29 kDa antigen, Cfp29

V: 29 kDa antigen, Cfp29

W: 29 kDa antigen, Cfp29

X: 29 kDa antigen, Cfp29

Y: 29 kDa antigen, Cfp29

Z: 29 kDa antigen, Cfp29

AA: 29 kDa antigen, Cfp29

BA: 29 kDa antigen, Cfp29

CA: 29 kDa antigen, Cfp29

DA: 29 kDa antigen, Cfp29

EA: 29 kDa antigen, Cfp29

FA: 29 kDa antigen, Cfp29

GA: 29 kDa antigen, Cfp29

HA: 29 kDa antigen, Cfp29

IA: 29 kDa antigen, Cfp29

JA: 29 kDa antigen, Cfp29

KA: 29 kDa antigen, Cfp29

LA: 29 kDa antigen, Cfp29

MA: 29 kDa antigen, Cfp29

NA: 29 kDa antigen, Cfp29

OA: 29 kDa antigen, Cfp29

PA: 29 kDa antigen, Cfp29

QA: 29 kDa antigen, Cfp29

RA: 29 kDa antigen, Cfp29

SA: 29 kDa antigen, Cfp29

TA: 29 kDa antigen, Cfp29

UA: 29 kDa antigen, Cfp29

VA: 29 kDa antigen, Cfp29

WA: 29 kDa antigen, Cfp29

XA: 29 kDa antigen, Cfp29

YA: 29 kDa antigen, Cfp29

ZA: 29 kDa antigen, Cfp29

AB: 29 kDa antigen, Cfp29

BB: 29 kDa antigen, Cfp29

CB: 29 kDa antigen, Cfp29

DB: 29 kDa antigen, Cfp29

EB: 29 kDa antigen, Cfp29

FB: 29 kDa antigen, Cfp29

GB: 29 kDa antigen, Cfp29

HB: 29 kDa antigen, Cfp29

1.73 MDa, 60 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: microscopy

#1: タンパク質	... 29 kDa antigen, Cfp29 / Bacteriocin / Linocin-M18 分子量: 28863.346 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: cfp29, lin, C0094_04325, CAB90_00906, DSI38_23045, E5M05_20280, E5M52_19875, E5M78_19835, ERS007661_02029, ERS007665_01536, ERS007679_03499, ERS007688_03248, ERS007741_01530, ERS013471_ ...遺伝子: cfp29, lin, C0094_04325, CAB90_00906, DSI38_23045, E5M05_20280, E5M52_19875, E5M78_19835, ERS007661_02029, ERS007665_01536, ERS007679_03499, ERS007688_03248, ERS007741_01530, ERS013471_03708, ERS023446_03804, ERS027659_01280, ERS094182_03983, F6W99_03480, FRD82_02930, GCL30_20955, SAMEA2683035_02949 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 参照: UniProt: A0A045HTX8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素

#1: タンパク質

...
29 kDa antigen, Cfp29 / Bacteriocin / Linocin-M18

分子量: 28863.346 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: cfp29, lin, C0094_04325, CAB90_00906, DSI38_23045, E5M05_20280, E5M52_19875, E5M78_19835, ERS007661_02029, ERS007665_01536, ERS007679_03499, ERS007688_03248, ERS007741_01530, ERS013471_ ...
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: A0A045HTX8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: encapsulin shell from Mycobacterium tuberculosis / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 1.729 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: C41
緩衝液	pH: 7
試料	濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 163000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 700 nm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	平均露光時間: 1.8 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	RELION	3.1	粒子像選択
2	EPU		画像取得
4	Gctf		CTF補正
7	PHENIX	1.18.2	モデルフィッティング
8	Coot	0.9.5	モデルフィッティング
10	PHENIX	1.18.2	モデル精密化
11	Coot	0.9.5	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 89072

対称性

点対称性: I (正20面体型対称)

3次元再構成

解像度: 2.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57805 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

B value: 34.36 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: multiple

原子モデル構築

PDB-ID: 619G

619g

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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