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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7otc | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of an Escherichia coli 70S ribosome in complex with elongation factor G and the antibiotic Argyrin B | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / antibiotic / translation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding ...translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli BL21 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Wieland, M. / Koller, T.O. / Wilson, D.N. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: The cyclic octapeptide antibiotic argyrin B inhibits translation by trapping EF-G on the ribosome during translocation. 著者: Maximiliane Wieland / Mikael Holm / Emily J Rundlet / Martino Morici / Timm O Koller / Tinashe P Maviza / Domen Pogorevc / Ilya A Osterman / Rolf Müller / Scott C Blanchard / Daniel N Wilson / 要旨: Argyrins are a family of naturally produced octapeptides that display promising antimicrobial activity against Pseudomonas aeruginosa. Argyrin B (ArgB) has been shown to interact with an elongated ...Argyrins are a family of naturally produced octapeptides that display promising antimicrobial activity against Pseudomonas aeruginosa. Argyrin B (ArgB) has been shown to interact with an elongated form of the translation elongation factor G (EF-G), leading to the suggestion that argyrins inhibit protein synthesis by interfering with EF-G binding to the ribosome. Here, using a combination of cryo-electron microscopy (cryo-EM) and single-molecule fluorescence resonance energy transfer (smFRET), we demonstrate that rather than interfering with ribosome binding, ArgB rapidly and specifically binds EF-G on the ribosome to inhibit intermediate steps of the translocation mechanism. Our data support that ArgB inhibits conformational changes within EF-G after GTP hydrolysis required for translocation and factor dissociation, analogous to the mechanism of fusidic acid, a chemically distinct antibiotic that binds a different region of EF-G. These findings shed light on the mechanism of action of the argyrin-class antibiotics on protein synthesis as well as the nature and importance of rate-limiting, intramolecular conformational events within the EF-G-bound ribosome during late-steps of translocation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7otc.cif.gz | 3.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7otc.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7otc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7otc_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7otc_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7otc_validation.xml.gz | 210.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7otc_validation.cif.gz | 367.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/7otc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/7otc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13058MC 7ug7C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 aAB
#1: RNA鎖 | 分子量: 497061.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: GenBank: 1758835854 |
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#22: RNA鎖 | 分子量: 941505.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
#23: RNA鎖 | 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: GenBank: 1845283434 |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu
#2: タンパク質 | 分子量: 25200.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140NFK2 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N4K1 |
#4: タンパク質 | 分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N548 |
#5: タンパク質 | 分子量: 16532.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N6Z9 |
#6: タンパク質 | 分子量: 12326.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140NGG7 |
#7: タンパク質 | 分子量: 17619.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N6W8 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N537 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N2Z9 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11325.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N6Y5 |
#11: タンパク質 | 分子量: 12487.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N7L9 |
#12: タンパク質 | 分子量: 13683.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N4H3 |
#13: タンパク質 | 分子量: 12738.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N5B4 |
#14: タンパク質 | 分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N7K8 |
#15: タンパク質 | 分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N811 |
#16: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N7D8 |
#17: タンパク質 | 分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N6Z6 |
#18: タンパク質 | 分子量: 7893.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140NGH1 |
#19: タンパク質 | 分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N528 |
#20: タンパク質 | 分子量: 9577.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140NFU3 |
#21: タンパク質 | 分子量: 8392.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N8B4 |
+50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 CDEFGJKLMNOPQRSTUVWXYZ501234
-タンパク質 , 1種, 1分子 w
#52: タンパク質 | 分子量: 77571.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N7C7 |
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-非ポリマー , 7種, 307分子
#53: 化合物 | ChemComp-MG / #54: 化合物 | ChemComp-ATP / | #55: 化合物 | ChemComp-PUT / #56: 化合物 | #57: 化合物 | #58: 化合物 | ChemComp-GDP / | #59: 化合物 | ChemComp-1I7 / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of an Escherichia coli 70S ribosome in complex with elongation factor G and the antibiotic ArgyrinB タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#52 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3/3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 28 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 610946 | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 153360 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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