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- PDB-7omm: Cryo-EM structure of N. gonorhoeae LptDE in complex with ProMacro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7omm
タイトルCryo-EM structure of N. gonorhoeae LptDE in complex with ProMacrobodies (MBPs have not been built de novo)
要素
  • LPS-assembly lipoprotein LptE
  • LPS-assembly protein LptD
  • ProMacrobody 21,Maltodextrin-binding protein
  • ProMacrobody 51,Maltodextrin-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Outer membrane protein LPS transporter Bacterial transporter Neisseria gonorrhoeae Drug target ProMacrobodies Structural chaperone Cryo-electron microscopy
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / carbohydrate transmembrane transporter activity / : / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / LPS transport system D / Lipopolysaccharide-assembly / LPS-assembly lipoprotein LptE / Pectin lyase fold/virulence factor / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltodextrin-binding protein / LPS-assembly lipoprotein LptE / LPS-assembly protein LptD
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
synthetic construct (人工物)
Methanosarcina mazei (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Botte, M. / Ni, D. / Schenck, S. / Zimmermann, I. / Chami, M. / Bocquet, N. / Egloff, P. / Bucher, D. / Trabuco, M. / Cheng, R.K.Y. ...Botte, M. / Ni, D. / Schenck, S. / Zimmermann, I. / Chami, M. / Bocquet, N. / Egloff, P. / Bucher, D. / Trabuco, M. / Cheng, R.K.Y. / Brunner, J.D. / Seeger, M.A. / Stahlberg, H. / Hennig, M.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Innosuisse25864.1 PFLS-LS スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of a LptDE transporter in complex with Pro-macrobodies offer insight into lipopolysaccharide translocation.
著者: Mathieu Botte / Dongchun Ni / Stephan Schenck / Iwan Zimmermann / Mohamed Chami / Nicolas Bocquet / Pascal Egloff / Denis Bucher / Matilde Trabuco / Robert K Y Cheng / Janine D Brunner / ...著者: Mathieu Botte / Dongchun Ni / Stephan Schenck / Iwan Zimmermann / Mohamed Chami / Nicolas Bocquet / Pascal Egloff / Denis Bucher / Matilde Trabuco / Robert K Y Cheng / Janine D Brunner / Markus A Seeger / Henning Stahlberg / Michael Hennig /
要旨: Lipopolysaccharides are major constituents of the extracellular leaflet in the bacterial outer membrane and form an effective physical barrier for environmental threats and for antibiotics in Gram- ...Lipopolysaccharides are major constituents of the extracellular leaflet in the bacterial outer membrane and form an effective physical barrier for environmental threats and for antibiotics in Gram-negative bacteria. The last step of LPS insertion via the Lpt pathway is mediated by the LptD/E protein complex. Detailed insights into the architecture of LptDE transporter complexes have been derived from X-ray crystallography. However, no structure of a laterally open LptD transporter, a transient state that occurs during LPS release, is available to date. Here, we report a cryo-EM structure of a partially opened LptDE transporter in complex with rigid chaperones derived from nanobodies, at 3.4 Å resolution. In addition, a subset of particles allows to model a structure of a laterally fully opened LptDE complex. Our work offers insights into the mechanism of LPS insertion, provides a structural framework for the development of antibiotics targeting LptD and describes a highly rigid chaperone scaffold to enable structural biology of challenging protein targets.
履歴
登録2021年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPS-assembly protein LptD
B: LPS-assembly lipoprotein LptE
C: ProMacrobody 21,Maltodextrin-binding protein
D: ProMacrobody 51,Maltodextrin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,7324
ポリマ－219,7324
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6610 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area80900 Å2
手法PISA
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "D" and (resid 5 through 13 or resid 15...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 5 through 13 or resid 15...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1VALGLYD5 - 13
d_12ens_1VALGLND15 - 16
d_13ens_1GLYGLYD18 - 29
d_14ens_1TRPTRPD39
d_15ens_1ARGGLUD41 - 49
d_16ens_1VALALAD51 - 53
d_17ens_1THRTHRD61
d_18ens_1TYRTHRD63 - 72
d_19ens_1SERSERD74
d_110ens_1ASPALAD76 - 95
d_111ens_1TYRCYSD97 - 99
d_112ens_1GLYGLYD105
d_113ens_1TRPTRPD107
d_114ens_1ALAALAD114
d_115ens_1TYRTYRD116
d_116ens_1TYRPROD118 - 128
d_117ens_1PROTHRD1 - 361
d_21ens_1VALGLYC1 - 9
d_22ens_1VALGLNC11 - 12
d_23ens_1GLYGLYC14 - 25
d_24ens_1TRPTRPC35
d_25ens_1ARGGLUC37 - 45
d_26ens_1VALALAC47 - 49
d_27ens_1THRTHRC57
d_28ens_1TYRTHRC59 - 68
d_29ens_1SERSERC70
d_210ens_1ASPALAC72 - 91
d_211ens_1TYRCYSC93 - 95
d_212ens_1GLYGLYC101
d_213ens_1TRPALAC103 - 104
d_214ens_1TYRTYRC106
d_215ens_1TYRPROC108 - 118
d_216ens_1PROTHRD1 - 361

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.489826801644, -0.211509938388, 0.845773758374), (0.276182027989, -0.882513923739, -0.380647687269), (0.82691788698, 0.420038951016, -0.373863728948)ベクター: 6. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.489826801644, -0.211509938388, 0.845773758374), (0.276182027989, -0.882513923739, -0.380647687269), (0.82691788698, 0.420038951016, -0.373863728948)
ベクター: 6.23031577385, 348.729660034, -1.77372477356)

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要素

#1: タンパク質 LPS-assembly protein LptD


分子量: 87656.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: lptD, imp, ostA, NGO1715 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F651
#2: タンパク質 LPS-assembly lipoprotein LptE


分子量: 18499.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
遺伝子: lptE, F0T10_01625, F0T11_01625, F0T12_01620, WHOF_00235, WHOF_00301
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5K1Q6A7
#3: 抗体 ProMacrobody 21,Maltodextrin-binding protein


分子量: 56714.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌)
遺伝子: malE, DU57_01695 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F8L1I7
#4: 抗体 ProMacrobody 51,Maltodextrin-binding protein


分子量: 56861.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌)
遺伝子: malE, DU57_01695 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F8L1I7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of N. gonorhoeae LptDE in complex with ProMacrobodies
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 184206 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 79.99 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0114321
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.52919431
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d26.2915177
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1862052
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072543

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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