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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oiz | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of 70S ribosome stalled with TnaC peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Arrest Peptide / Translational stalling / Gene regulation / Translation termination | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex ...ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / ribosomal large subunit assembly / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Su, T. / Kudva, R. / Becker, T. / Berninghausen, O. / Heijne, G. / Cheng, J. / Beckmann, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021 タイトル: Structural basis of l-tryptophan-dependent inhibition of release factor 2 by the TnaC arrest peptide. 著者: Ting Su / Renuka Kudva / Thomas Becker / Robert Buschauer / Tobias Komar / Otto Berninghausen / Gunnar von Heijne / Jingdong Cheng / Roland Beckmann / 要旨: In Escherichia coli, elevated levels of free l-tryptophan (l-Trp) promote translational arrest of the TnaC peptide by inhibiting its termination. However, the mechanism by which translation- ...In Escherichia coli, elevated levels of free l-tryptophan (l-Trp) promote translational arrest of the TnaC peptide by inhibiting its termination. However, the mechanism by which translation-termination by the UGA-specific decoding release factor 2 (RF2) is inhibited at the UGA stop codon of stalled TnaC-ribosome-nascent chain complexes has so far been ambiguous. This study presents cryo-EM structures for ribosomes stalled by TnaC in the absence and presence of RF2 at average resolutions of 2.9 and 3.5 Å, respectively. Stalled TnaC assumes a distinct conformation composed of two small α-helices that act together with residues in the peptide exit tunnel (PET) to coordinate a single L-Trp molecule. In addition, while the peptidyl-transferase center (PTC) is locked in a conformation that allows RF2 to adopt its canonical position in the ribosome, it prevents the conserved and catalytically essential GGQ motif of RF2 from adopting its active conformation in the PTC. This explains how translation of the TnaC peptide effectively allows the ribosome to function as a L-Trp-specific small-molecule sensor that regulates the tnaCAB operon. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oiz.cif.gz | 3.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7oiz.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7oiz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7oiz_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7oiz_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7oiz_validation.xml.gz | 196.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7oiz_validation.cif.gz | 347.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/7oiz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/7oiz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 5種, 5分子 AabXV
#1: RNA鎖 | 分子量: 492576.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
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#22: RNA鎖 | 分子量: 893064.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
#23: RNA鎖 | 分子量: 38483.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1373146531 |
#53: RNA鎖 | 分子量: 1851.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
#55: RNA鎖 | 分子量: 24279.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU
#2: タンパク質 | 分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7V0 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7V3 |
#4: タンパク質 | 分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7V8 |
#5: タンパク質 | 分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7W1 |
#6: タンパク質 | 分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P02358 |
#7: タンパク質 | 分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P02359 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7W7 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7X3 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: A0A6D2XQX6 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13871.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: A0A6D2X4T2 |
#12: タンパク質 | 分子量: 13768.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7S3 |
#13: タンパク質 | 分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7S9 |
#14: タンパク質 | 分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG59 |
#15: タンパク質 | 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0ADZ4 |
#16: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: A0A6D2XXS6 |
#17: タンパク質 | 分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG63 |
#18: タンパク質 | 分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7T7 |
#19: タンパク質 | 分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7U3 |
#20: タンパク質 | 分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7U7 |
#21: タンパク質 | 分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P68679 |
+50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 cdefghijklmnopqrstuvwxyz01234
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 7
#54: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1974.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
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-非ポリマー , 4種, 312分子
#56: 化合物 | ChemComp-PAR / | ||||
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#57: 化合物 | ChemComp-MG / #58: 化合物 | ChemComp-TRP / | #59: 化合物 | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 70S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#55 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 28 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / カテゴリ: CTF補正 |
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CTF補正 | タイプ: NONE |
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 459171 / 対称性のタイプ: POINT |