+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oim | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mouse RNF213, with mixed nucleotides bound | |||||||||||||||
要素 | E3 ubiquitin-protein ligase RNF213 | |||||||||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / nucleotide / AAA / RNF213 / E3 ligase | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lipid ubiquitination / lipid droplet formation / negative regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / xenophagy / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / sprouting angiogenesis / immune system process / protein K63-linked ubiquitination / regulation of lipid metabolic process ...lipid ubiquitination / lipid droplet formation / negative regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / xenophagy / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / sprouting angiogenesis / immune system process / protein K63-linked ubiquitination / regulation of lipid metabolic process / protein autoubiquitination / lipid droplet / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / angiogenesis / protein ubiquitination / defense response to bacterium / nucleolus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Grabarczyk, D. / Ahel, J. / Clausen, T. | |||||||||||||||
資金援助 | オーストリア, 英国, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: E3 ubiquitin ligase RNF213 employs a non-canonical zinc finger active site and is allosterically regulated by ATP 著者: Ahel, J. / Fletcher, A.J. / Grabarczyk, D. / Roitinger, E. / Deszcz, L. / Lehner, A. / Virdee, S. / Clausen, T. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oim.cif.gz | 805.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7oim.ent.gz | 651.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7oim.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7oim_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7oim_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7oim_validation.xml.gz | 110 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7oim_validation.cif.gz | 161.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/7oim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/7oim | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 12932MC 7oikC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10712 (タイトル: Transmission electron micrographs of mouse RNF213 incubated with ATPγS Data size: 2.3 TB Data #1: unaligned multi-frame micrographs from a dataset collected without grid tilting [micrographs - multiframe] Data #2: unaligned multi-frame micrographs from a dataset collected with a 30 deg grid tilt [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 552623.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rnf213, Mystr / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: E9Q555, RING-type E3 ubiquitin transferase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
---|
-非ポリマー , 5種, 6分子
#2: 化合物 | ChemComp-ATP / | ||||
---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ADP / | #6: 化合物 | ChemComp-AGS / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RNF213 incubated with ATPgS / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.58 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.2 | ||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R2/2 | ||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA PLUNGER / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS | |||||||||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN | |||||||||||||||||||||
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE | |||||||||||||||||||||
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER | |||||||||||||||||||||
撮影 | Imaging-ID: 1 / 撮影したグリッド数: 1
| |||||||||||||||||||||
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 336000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6TAX PDB chain-ID: A |