+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7og6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Alternanthera Mosaic VLP by cryoEM | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / Potexvirus / VLP. | ||||||
機能・相同性 | Potexviruses and carlaviruses coat protein signature. / Potex/carlavirus coat protein / Viral coat protein / viral capsid / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA / Coat protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Alternanthera mosaic virus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Byrne, M.J. / Ranson, N.A. / Lomonossoff, G.P. / Thuenemann, E.C. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2021 タイトル: A Replicating Viral Vector Greatly Enhances Accumulation of Helical Virus-Like Particles in Plants. 著者: Eva C Thuenemann / Matthew J Byrne / Hadrien Peyret / Keith Saunders / Roger Castells-Graells / Inmaculada Ferriol / Mattia Santoni / John F C Steele / Neil A Ranson / Linda Avesani / Juan ...著者: Eva C Thuenemann / Matthew J Byrne / Hadrien Peyret / Keith Saunders / Roger Castells-Graells / Inmaculada Ferriol / Mattia Santoni / John F C Steele / Neil A Ranson / Linda Avesani / Juan Jose Lopez-Moya / George P Lomonossoff / 要旨: The production of plant helical virus-like particles (VLPs) via plant-based expression has been problematic with previous studies suggesting that an RNA scaffold may be necessary for their efficient ...The production of plant helical virus-like particles (VLPs) via plant-based expression has been problematic with previous studies suggesting that an RNA scaffold may be necessary for their efficient production. To examine this, we compared the accumulation of VLPs from two potexviruses, papaya mosaic virus and alternanthera mosaic virus (AltMV), when the coat proteins were expressed from a replicating potato virus X- based vector (pEff) and a non-replicating vector (pEAQ-). Significantly greater quantities of VLPs could be purified when pEff was used. The pEff system was also very efficient at producing VLPs of helical viruses from different virus families. Examination of the RNA content of AltMV and tobacco mosaic virus VLPs produced from pEff revealed the presence of vector-derived RNA sequences, suggesting that the replicating RNA acts as a scaffold for VLP assembly. Cryo-EM analysis of the AltMV VLPs showed they had a structure very similar to that of authentic potexvirus particles. Thus, we conclude that vectors generating replicating forms of RNA, such as pEff, are very efficient for producing helical VLPs. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7og6.cif.gz | 47.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7og6.ent.gz | 31.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7og6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7og6_validation.pdf.gz | 936.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7og6_full_validation.pdf.gz | 937.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7og6_validation.xml.gz | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7og6_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/7og6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/7og6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22243.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Alternanthera mosaic virus (ウイルス) 遺伝子: CP / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: Q52Z61 |
---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 1485.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Alternanthera mosaic virus (ウイルス) 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Alternanthera mosaic virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Alternanthera mosaic virus (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris-HCl, pH 8.0 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.11 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3.1 / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 41.11 ° / 軸方向距離/サブユニット: 3.959 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32018 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|