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- PDB-7ocy: Enterococcus faecalis EfrCD in complex with a nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ocy
タイトルEnterococcus faecalis EfrCD in complex with a nanobody
要素
  • (ABC transporter ATP-binding protein) x 2
  • Nanobody
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ABC transporter / Nanobody / Enterococcus faecalis
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type transporter activity / membrane => GO:0016020 / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter ATP-binding protein / ABC transporter ATP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.25 Å
データ登録者Ehrenbolger, K. / Hutter, C.A.J. / Meier, G. / Seeger, M.A. / Barandun, J.
資金援助 スウェーデン, スイス, 3件
組織認可番号国
Swedish Research Council2019-02011 スウェーデン
Swiss National Science FoundationPP00P3_144823 スイス
Swiss National Science Foundation310030_188817 スイス
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Deep mutational scan of a drug efflux pump reveals its structure-function landscape.
著者: Gianmarco Meier / Sujani Thavarasah / Kai Ehrenbolger / Cedric A J Hutter / Lea M Hürlimann / Jonas Barandun / Markus A Seeger /
要旨: Drug efflux is a common resistance mechanism found in bacteria and cancer cells, but studies providing comprehensive functional insights are scarce. In this study, we performed deep mutational ...Drug efflux is a common resistance mechanism found in bacteria and cancer cells, but studies providing comprehensive functional insights are scarce. In this study, we performed deep mutational scanning (DMS) on the bacterial ABC transporter EfrCD to determine the drug efflux activity profile of more than 1,430 single variants. These systematic measurements revealed that the introduction of negative charges at different locations within the large substrate binding pocket results in strongly increased efflux activity toward positively charged ethidium, whereas additional aromatic residues did not display the same effect. Data analysis in the context of an inward-facing cryogenic electron microscopy structure of EfrCD uncovered a high-affinity binding site, which releases bound drugs through a peristaltic transport mechanism as the transporter transits to its outward-facing conformation. Finally, we identified substitutions resulting in rapid Hoechst influx without affecting the efflux activity for ethidium and daunorubicin. Hence, single mutations can convert EfrCD into a drug-specific ABC importer.
履歴
登録2021年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年7月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter ATP-binding protein
B: ABC transporter ATP-binding protein
C: Nanobody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,8373
ポリマ－141,8373
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter ATP-binding protein / ATP-binding cassette domain-containing protein / Multidrug ABC transporter ATP-binding protein


分子量: 62905.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
遺伝子: BHU49_08870, BZG32_03820, CUN08_16895, CYQ48_04235, DRJ71_07650, DVW78_12035, EY666_03975, G7X26_03035, GRB94_03325, GTI65_09725, JAOMBFPH_07340
発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XLV2
#2: タンパク質 ABC transporter ATP-binding protein / ABC transporter / ATP-binding/permease protein / ATP-binding cassette domain-containing protein / ...ABC transporter / ATP-binding/permease protein / ATP-binding cassette domain-containing protein / Multidrug ABC transporter permease


分子量: 66213.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
遺伝子: BZG32_03825, CUN08_16890, CYQ48_04230, DVW78_12040, ELS84_1389, EY666_03970, G5T22_05360, GKQ57_11755, GTI65_09720, GTI81_06315, KUB3007_C05280
発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XLV0
#3: 抗体 Nanobody


分子量: 12718.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1EfrCD in complex with a nanobodyCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Enterococcus faecalisCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3nanobodyCOMPLEX#31RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Enterococcus faecalis (乳酸球菌)1351
23Vicugna pacos (アルパカ)30538
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Lactococcus lactis (乳酸菌)1358
33Escherichia coli BL21 (大腸菌)511693
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMTris1
2150 mMNaCl1
30.15 %beta-DDM1
試料濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 %
詳細: blot force of -5, waiting time of 1 second, blot time of 4.5 seconds at 4C

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 52.1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
実像数: 3135
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO1.3.5粒子像選択
2EPU画像取得
4RELION3.1CTF補正
5CTFFIND4.1.13CTF補正
8UCSF Chimera1.13.1 (build 41965)モデルフィッティング
9Coot0.8.9.2モデルフィッティング
10ISOLDE1.2モデルフィッティング
12RELION3.1初期オイラー角割当
13cryoSPARCv3.2最終オイラー角割当
15cryoSPARCv3.2３次元再構成
22PHENIX1.14-3260モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 720893
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 254682 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
詳細: Initial docking in Chimera, local adjustments in COOT
原子モデル構築PDB-ID: 4Q4H

4q4h


Accession code: 4Q4H / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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