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- PDB-7ntm: Cryo-EM structure of S.cerevisiae native alcohol dehydrogenase 1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ntm
タイトルCryo-EM structure of S.cerevisiae native alcohol dehydrogenase 1 (ADH1) in its tetrameric apo state
要素Alcohol dehydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / ADH1 / tetramer / S.cerevisiae
機能・相同性
機能・相同性情報


methylglyoxal reductase (NADH) / octanol dehydrogenase (NAD+) activity / methylglyoxal reductase (NADH) activity / pyruvate fermentation to ethanol / amino acid catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / butanol dehydrogenase (NAD+) activity / ethanol dehydrogenase (NAD+) activity / melatonin binding / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / allyl-alcohol dehydrogenase ...methylglyoxal reductase (NADH) / octanol dehydrogenase (NAD+) activity / methylglyoxal reductase (NADH) activity / pyruvate fermentation to ethanol / amino acid catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / butanol dehydrogenase (NAD+) activity / ethanol dehydrogenase (NAD+) activity / melatonin binding / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / alcohol dehydrogenase / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Alcohol dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Nzigou Mandouckou, J.A. / Carroni, M. / Haeggstrom, J.Z. / Thulasingam, M.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council2018-02818 スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of S.cerevisiae native alcohol dehydrogenase 1 (ADH1) in its tetrameric apo state
著者: Nzigou Mandouckou, J.A. / Carroni, M. / Haeggstrom, J.Z. / Thulasingam, M.
履歴
登録2021年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase 1
B: Alcohol dehydrogenase 1
D: Alcohol dehydrogenase 1
C: Alcohol dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,56312
ポリマ－147,0404
非ポリマー5238
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area12070 Å2
ΔGint-284 kcal/mol
Surface area53160 Å2
手法PISA
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22D
13A
23C
14B
24D
15B
25C
16D
26C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 347 / Label seq-ID: 1 - 347

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22DC
13AA
23CD
14BB
24DC
15BB
25CD
16DC
26CD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
Alcohol dehydrogenase 1 / Alcohol dehydrogenase I / YADH-1


分子量: 36759.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P00330, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tetrameric structure of native ADH1 from S. cereviciae in its apo state.
タイプ: COMPLEX
詳細: Stable homotetramer, composed of four monomers labelled as A, B, C and D.
Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.147 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Residual tilt: 130 mradians
撮影平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14964
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0257 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Warp40粒子像選択
2EPU2.7画像取得
4Warp40CTF補正
7MOLREPモデルフィッティング
9cryoSPARCv2.15.041初期オイラー角割当
10cryoSPARCv2.15.041最終オイラー角割当
12cryoSPARCv2.15.041３次元再構成
15MOLREP分子置換
19REFMAC5モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 639189
対称性点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 222802 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 123 / プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL
詳細: Model building and refinement were done using using CCP-EM software suite (Burnley et al, 2017). The X-ray structure of yeast ADH1 (PDB: 5ENV) was used as a starting model for model building. ...詳細: Model building and refinement were done using using CCP-EM software suite (Burnley et al, 2017). The X-ray structure of yeast ADH1 (PDB: 5ENV) was used as a starting model for model building. This model was docked into our Cryo-EM map using MolRep (Brown et al, 2014). The resulting starting model was manually adjusted in Coot (Emsley et al, 2010). REFMAC 5 (Brown et al, 2014) used for structure model refinement.
原子モデル構築PDB-ID: 5ENV

5env


PDB chain-ID: A / Accession code: 5ENV / Pdb chain residue range: 1-347 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 2.86→242.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.997 / SU B: 0.244 / SU ML: 0.005 / ESU R: 0.012
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射
Rwork0.04464 --
obs0.04464 1282621 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 54.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.01 Å2-0 Å2
2---0.09 Å2-0 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 10336
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0910.01210548
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg6.761.62114300
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg9.09151384
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg35.56923.67436
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg18.792151716
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg20.7921532
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.5820.21352
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0320.027976
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it7.1345.5245548
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it6.5718.216928
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it8.9365.3855000
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined8.79540930
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A195640.11
12B195640.11
21A194980.11
22D194980.11
31A195440.1
32C195440.1
41B196740.1
42D196740.1
51B196220.1
52C196220.1
61D196620.09
62C196620.09
LS精密化 シェル解像度: 2.86→2.934 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.075 94631 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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