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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nsj | |||||||||
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タイトル | 55S mammalian mitochondrial ribosome with tRNA(P/P) and tRNA(E*) | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLATION / Ribosome / Mitochondria / tRNA(E*) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Hormone ligand-binding receptors / gonadotropin-releasing hormone receptor binding / gonadotropin hormone-releasing hormone activity / G alpha (q) signalling events / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial transcription / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / mitochondrial ribosome assembly ...Hormone ligand-binding receptors / gonadotropin-releasing hormone receptor binding / gonadotropin hormone-releasing hormone activity / G alpha (q) signalling events / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial transcription / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / mitochondrial ribosome assembly / translation release factor activity, codon nonspecific / ribonuclease III activity / microprocessor complex / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / organelle membrane / mitochondrial translation / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / RNA processing / rescue of stalled ribosome / double-stranded RNA binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cell junction / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / nuclear membrane / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / nuclear body / rRNA binding / ribosome / mitochondrial matrix / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / protein domain specific binding / mRNA binding / nucleotide binding / synapse / nucleolus / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / RNA binding / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Kummer, E. / Schubert, K. / Ban, N. | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021 タイトル: Structural basis of translation termination, rescue, and recycling in mammalian mitochondria. 著者: Eva Kummer / Katharina Noel Schubert / Tanja Schoenhut / Alain Scaiola / Nenad Ban / 要旨: The mitochondrial translation system originates from a bacterial ancestor but has substantially diverged in the course of evolution. Here, we use single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) as ...The mitochondrial translation system originates from a bacterial ancestor but has substantially diverged in the course of evolution. Here, we use single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) as a screening tool to identify mitochondrial translation termination mechanisms and to describe them in molecular detail. We show how mitochondrial release factor 1a releases the nascent chain from the ribosome when it encounters the canonical stop codons UAA and UAG. Furthermore, we define how the peptidyl-tRNA hydrolase ICT1 acts as a rescue factor on mitoribosomes that have stalled on truncated messages to recover them for protein synthesis. Finally, we present structural models detailing the process of mitochondrial ribosome recycling to explain how a dedicated elongation factor, mitochondrial EFG2 (mtEFG2), has specialized for cooperation with the mitochondrial ribosome recycling factor to dissociate the mitoribosomal subunits at the end of the translation process. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7nsj.cif.gz | 3.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7nsj.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7nsj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7nsj_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7nsj_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7nsj_validation.xml.gz | 361.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7nsj_validation.cif.gz | 600.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/7nsj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/7nsj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+Mitochondrial ribosomal protein ... , 38種, 43分子 B0B1B2B7BFBIBJBKBSBTBUBVBaBbBcBdBeBgB8BiBjBmBnBtBxABACAGAJAL...
+タンパク質 , 37種, 37分子 B3B4B5B6BDBEBNBOBPBQBRBWBXBYBfBhBlBoBpBqBuBvB9AFAIAKAOAQAUAb...
-RNA鎖 , 5種, 6分子 BBAABAAVAYAX
#8: RNA鎖 | 分子量: 23402.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: GenBank: 76262549 | ||
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#51: RNA鎖 | 分子量: 308989.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: GenBank: 11055671 | ||
#53: RNA鎖 | 分子量: 504852.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: GenBank: 33320725 | ||
#86: RNA鎖 | 分子量: 21713.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) #87: RNA鎖 | | 分子量: 1792.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) |
-39S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 BkBw
#39: タンパク質 | 分子量: 29942.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480J9Z6 |
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#49: タンパク質 | 分子量: 49100.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480QIM3 |
-28S ribosomal protein ... , 4種, 4分子 AEAPAhAp
#56: タンパク質 | 分子量: 48213.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SU66 |
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#65: タンパク質 | 分子量: 15182.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480JTD7 |
#77: タンパク質 | 分子量: 44091.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1SQW0 |
#84: タンパク質 | 分子量: 29220.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q767K8 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 AZ
#69: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1549.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: unknown polypeptide modeled as poly-alanine / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) |
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-非ポリマー , 6種, 338分子
#88: 化合物 | ChemComp-MG / #89: 化合物 | ChemComp-ZN / #90: 化合物 | #91: 化合物 | ChemComp-5GP / | #92: 化合物 | ChemComp-GTP / | #93: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 55S mammalian mitochondrial ribosome with tRNA(P/P) and tRNA(E*) タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#87 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26001 / 対称性のタイプ: POINT |